1     M         1.561   1.571   1.597   1.743   1.758   1.796   1.690   1.703   1.738
2     V        -1.331  -1.322  -1.294  -1.212  -1.176  -1.150  -1.105  -1.091  -1.045
3     Q        -1.331  -1.322  -1.294  -1.269  -1.267  -1.207  -1.105  -1.091  -1.045
4     L        -1.331  -1.322  -1.294  -1.282  -1.267  -1.220  -1.105  -1.091  -1.045
5     R        -0.608  -0.579  -0.621  -0.499  -0.454  -0.525  -0.640  -0.601  -0.644
6     R        -1.331  -1.322  -1.294  -1.157  -1.148  -1.095  -1.105  -1.091  -1.045
7     T        -1.331  -1.322  -1.294  -1.308  -1.296  -1.245  -1.105  -1.091  -1.045
8     I         0.115   0.122   0.152  -0.209  -0.194  -0.149  -0.174  -0.162  -0.116
9     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
10    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
11    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
12    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
13    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
14    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
15    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
16    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
17    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
18    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
19    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
20    -        -0.731  -0.725  -0.694  -0.703  -0.683  -0.642  -0.795  -0.783  -0.735
21    -         1.561   1.571   1.597   1.412   1.430   1.466   1.690   1.703   1.738
22    -         0.233   0.226   0.224   0.350   0.338   0.338   0.033   0.020   0.011
23    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
24    T        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
25    T        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
26    N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
27    K        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
28    V         0.233   0.254   0.219   0.162   0.202   0.126   0.033   0.069   0.003
29    F         0.388   0.401   0.312   0.254   0.277   0.126   0.292   0.313   0.163
30    Q        -1.331  -1.322  -1.294  -1.145  -1.139  -1.083  -1.105  -1.091  -1.045
31    A        -1.331  -1.322  -1.294  -1.314  -1.289  -1.252  -1.105  -1.091  -1.045
32    I         1.561   1.571   1.597   1.462   1.471   1.516   1.690   1.703   1.738
33    T        -0.608  -0.647  -0.650  -0.438  -0.487  -0.481  -0.640  -0.685  -0.681
34    S         0.388   0.361   0.284   0.341   0.297   0.163   0.292   0.248   0.115
35    T        -0.608  -0.647  -0.650  -0.429  -0.477  -0.470  -0.640  -0.685  -0.681
36    N        -0.608  -0.620  -0.632  -0.346  -0.369  -0.375  -0.640  -0.652  -0.658
37    D         1.561   1.571   1.597   1.666   1.681   1.719   1.690   1.703   1.738
38    K         1.561   1.571   1.597   1.669   1.688   1.723   1.690   1.703   1.738
39    V        -0.731  -0.722  -0.694  -1.071  -1.057  -1.009  -0.795  -0.780  -0.735
40    A         0.233   0.201   0.197   0.008  -0.063  -0.079   0.033  -0.023  -0.037
41    H         1.561   1.571   1.597   1.787   1.801   1.840   1.690   1.703   1.738
42    F         0.233   0.270   0.219   0.058   0.114   0.044   0.033   0.096   0.003
43    V        -0.731  -0.722  -0.694  -0.938  -0.917  -0.876  -0.795  -0.780  -0.735
44    V         0.233   0.201   0.197  -0.007  -0.058  -0.067   0.033  -0.023  -0.037
45    F         1.561   1.571   1.597   1.378   1.392   1.432   1.690   1.703   1.738
46    M        -0.731  -0.722  -0.694  -0.690  -0.691  -0.629  -0.795  -0.780  -0.735
47    W         0.233   0.255   0.224   0.255   0.285   0.252   0.033   0.071   0.011
48    E         0.233   0.201   0.197   0.255   0.186   0.156   0.033  -0.023  -0.037
49    S         0.233   0.255   0.224   0.158   0.200   0.136   0.033   0.071   0.011
50    W        -0.731  -0.722  -0.694  -0.830  -0.826  -0.769  -0.795  -0.780  -0.735
51    L         0.233   0.201   0.197  -0.081  -0.149  -0.163   0.033  -0.023  -0.037
52    F         1.561   1.571   1.597   1.378   1.392   1.432   1.690   1.703   1.738
53    V        -0.731  -0.722  -0.694  -0.801  -0.771  -0.741  -0.795  -0.780  -0.735
54    K        -0.731  -0.722  -0.694  -0.437  -0.413  -0.377  -0.795  -0.780  -0.735
55    M         0.233   0.201   0.197   0.336   0.272   0.248   0.033  -0.023  -0.037
56    F         0.233   0.201   0.197  -0.089  -0.155  -0.167   0.033  -0.023  -0.037
57    A        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
58    E        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
59    D         1.561   1.571   1.597   1.666   1.681   1.719   1.690   1.703   1.738
60    I         0.115   0.122   0.152  -0.123  -0.114  -0.062  -0.174  -0.162  -0.116
61    V        -0.608  -0.647  -0.650  -0.636  -0.680  -0.686  -0.640  -0.685  -0.681
62    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
63    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
64    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
65    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
66    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
67    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
68    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
69    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
70    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
71    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
72    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
73    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
74    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
75    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
76    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
77    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
78    T        -1.331  -1.322  -1.294  -1.301  -1.287  -1.239  -1.105  -1.091  -1.045
79    F        -1.331  -1.322  -1.294  -1.231  -1.209  -1.169  -1.105  -1.091  -1.045
80    R        -0.608  -0.624  -0.626  -0.480  -0.506  -0.504  -0.640  -0.656  -0.651
81    K        -1.331  -1.322  -1.294  -0.936  -0.924  -0.874  -1.105  -1.091  -1.045
82    L        -1.331  -1.322  -1.294  -1.387  -1.367  -1.325  -1.105  -1.091  -1.045
83    Q        -0.608  -0.620  -0.632  -0.438  -0.452  -0.480  -0.640  -0.652  -0.658
84    A        -0.608  -0.624  -0.626  -0.636  -0.663  -0.657  -0.640  -0.656  -0.651
85    N         1.561   1.571   1.597   1.634   1.646   1.688   1.690   1.703   1.738
86    K         1.561   1.571   1.597   1.649   1.667   1.703   1.690   1.703   1.738
87    Y         1.561   1.571   1.597   1.649   1.659   1.703   1.690   1.703   1.738
88    V        -0.731  -0.722  -0.694  -0.966  -0.948  -0.905  -0.795  -0.780  -0.735
89    L         0.233   0.200   0.197   0.038  -0.020  -0.039   0.033  -0.025  -0.037
90    G        -0.608  -0.576  -0.626  -0.641  -0.602  -0.662  -0.640  -0.596  -0.650
91    V        -1.331  -1.322  -1.294  -1.449  -1.425  -1.386  -1.105  -1.091  -1.045
92    L        -0.608  -0.624  -0.626  -0.795  -0.821  -0.829  -0.640  -0.656  -0.651
93    I         0.115   0.122   0.152  -0.209  -0.194  -0.149  -0.174  -0.162  -0.116
94    C         1.561   1.571   1.597   1.710   1.726   1.763   1.690   1.703   1.738
95    S        -0.608  -0.576  -0.626  -0.480  -0.425  -0.519  -0.640  -0.596  -0.650
96    L        -0.608  -0.624  -0.626  -0.701  -0.717  -0.725  -0.640  -0.656  -0.651
97    C         0.115   0.126   0.157  -0.031  -0.023   0.024  -0.174  -0.155  -0.107
98    A         0.388   0.361   0.284   0.363   0.321   0.211   0.292   0.248   0.115
99    S         0.115   0.126   0.157  -0.006   0.020   0.071  -0.174  -0.155  -0.107
100   V        -0.608  -0.624  -0.626  -0.732  -0.753  -0.761  -0.640  -0.656  -0.651
101   T        -1.331  -1.322  -1.294  -1.269  -1.256  -1.207  -1.105  -1.091  -1.045
102   S         1.561   1.571   1.597   1.520   1.537   1.574   1.690   1.703   1.738
103   E         1.561   1.571   1.597   1.721   1.736   1.774   1.690   1.703   1.738
104   F         0.388   0.356   0.293   0.254   0.204   0.091   0.292   0.239   0.129
105   A         0.388   0.356   0.293   0.288   0.233   0.124   0.292   0.239   0.129
106   Q         1.561   1.571   1.597   1.699   1.719   1.752   1.690   1.703   1.738
107   S        -1.331  -1.322  -1.294  -1.145  -1.119  -1.083  -1.105  -1.091  -1.045
108   V        -1.331  -1.322  -1.294  -1.527  -1.508  -1.464  -1.105  -1.091  -1.045
109   V        -1.331  -1.322  -1.294  -1.520  -1.499  -1.457  -1.105  -1.091  -1.045
110   S         0.388   0.361   0.284   0.451   0.416   0.313   0.292   0.248   0.115
111   R         0.115   0.126   0.157   0.138   0.162   0.215  -0.174  -0.155  -0.107
112   G         0.233   0.200   0.197   0.275   0.213   0.207   0.033  -0.025  -0.037
113   Q         0.233   0.254   0.219   0.303   0.339   0.279   0.033   0.069   0.003
114   R         1.561   1.571   1.597   1.610   1.626   1.664   1.690   1.703   1.738
115   V        -0.608  -0.576  -0.626  -0.676  -0.614  -0.708  -0.640  -0.596  -0.650
116   F         1.561   1.571   1.597   1.439   1.457   1.493   1.690   1.703   1.738
117   D         1.561   1.571   1.597   1.666   1.681   1.719   1.690   1.703   1.738
118   V         0.388   0.361   0.284   0.385   0.360   0.251   0.292   0.248   0.115
119   K        -1.331  -1.322  -1.294  -0.975  -0.960  -0.914  -1.105  -1.091  -1.045
120   D         1.561   1.571   1.597   1.666   1.681   1.719   1.690   1.703   1.738
121   I         1.561   1.571   1.597   1.462   1.471   1.516   1.690   1.703   1.738
122   I        -0.608  -0.579  -0.621  -0.691  -0.645  -0.705  -0.640  -0.601  -0.644
123   C        -0.608  -0.549  -0.612  -0.671  -0.588  -0.670  -0.640  -0.560  -0.632
124   N         0.388   0.356   0.293   0.569   0.520   0.421   0.292   0.239   0.129
125   F        -0.608  -0.647  -0.650  -0.666  -0.714  -0.718  -0.640  -0.685  -0.681
126   W        -1.331  -1.322  -1.294  -1.067  -1.067  -1.005  -1.105  -1.091  -1.045
127   G         1.561   1.571   1.597   1.666   1.681   1.719   1.690   1.703   1.738
128   S         1.561   1.571   1.597   1.520   1.537   1.574   1.690   1.703   1.738
129   L         0.388   0.356   0.293   0.329   0.283   0.193   0.292   0.239   0.129
130   L         0.388   0.356   0.293   0.344   0.300   0.212   0.292   0.239   0.129
131   G         0.388   0.361   0.284   0.487   0.441   0.304   0.292   0.248   0.115
132   V        -0.608  -0.624  -0.626  -0.790  -0.811  -0.825  -0.640  -0.656  -0.651
133   G        -0.608  -0.647  -0.650  -0.591  -0.665  -0.686  -0.640  -0.685  -0.681
134   I        -0.608  -0.647  -0.650  -0.774  -0.850  -0.852  -0.640  -0.685  -0.681
135   A         0.388   0.361   0.284   0.378   0.337   0.232   0.292   0.248   0.115
136   F        -0.608  -0.576  -0.626  -0.581  -0.530  -0.627  -0.640  -0.596  -0.650
137   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
138   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
139   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
140   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
141   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
142   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
143   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
144   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
145   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
146   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
147   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
148   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
149   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
150   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
151   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
152   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
153   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
154   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
155   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
156   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
157   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
158   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
159   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
160   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
161   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
162   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
163   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
164   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
165   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
166   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
167   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
168   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
169   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
170   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
171   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
172   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
173   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
174   -         0.233   0.226   0.224  -0.034  -0.051  -0.059   0.033   0.020   0.011
175   -        -0.731  -0.725  -0.694  -0.641  -0.635  -0.580  -0.795  -0.783  -0.735
176   -        -0.731  -0.725  -0.694  -0.463  -0.452  -0.403  -0.795  -0.783  -0.735
177   -        -0.731  -0.725  -0.694  -0.766  -0.759  -0.705  -0.795  -0.783  -0.735
178   Y         0.388   0.361   0.284   0.558   0.514   0.397   0.292   0.248   0.115
179   Q        -1.331  -1.322  -1.294  -1.061  -1.052  -1.000  -1.105  -1.091  -1.045
180   D        -0.608  -0.576  -0.626  -0.373  -0.325  -0.396  -0.640  -0.596  -0.650
181   R         1.561   1.571   1.597   1.610   1.626   1.664   1.690   1.703   1.738
182   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
183   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
184   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
185   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
186   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
* gap fraction no less than  0.50; conservation set to M-S
  M: mean;  S: standard deviation

al2co - The parameters are:

Input alignment file - ../mafft-mac/clustal/Q3E743
Output conservation file - output/Q3E743
All 9 methods are used - true 
   1. unweighted entropy measure; 2. Henikoff entropy measure;
   3. independent count entropy measure;
   4. unweighted variance measure; 5. Henikoff variance measure;
   6. independent count variance measure;
   7. unweighted matrix-based sum-of-pairs measure;
   8. Henikoff matrix-based sum-of-pairs measure;
   9. independent count matrix-based sum-of-pairs measure;
Window size - 1
Conservation normalized to zero mean and unity variance
Gap fraction to suppress calculation -  0.50
