1     M         1.656   1.660   1.686   1.833   1.842   1.877   1.764   1.770   1.804
2     T        -1.325  -1.319  -1.283  -1.282  -1.276  -1.210  -1.071  -1.062  -1.008
3     E        -1.325  -1.319  -1.283  -1.139  -1.124  -1.068  -1.071  -1.062  -1.008
4     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
5     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
6     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
7     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
8     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
9     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
10    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
11    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
12    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
13    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
14    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
15    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
16    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
17    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
18    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
19    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
20    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
21    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
22    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
23    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
24    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
25    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
26    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
27    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
28    V        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
29    V        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
30    G        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
31    F        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
32    W         0.287   0.318   0.271   0.179   0.222   0.168   0.084   0.136   0.049
33    E         0.165   0.171   0.202  -0.008   0.014   0.056  -0.126  -0.117  -0.070
34    S        -0.580  -0.589  -0.607  -0.543  -0.552  -0.557  -0.599  -0.610  -0.623
35    V         0.447   0.481   0.345   0.323   0.383   0.133   0.347   0.401   0.174
36    S        -0.580  -0.605  -0.606  -0.715  -0.743  -0.751  -0.599  -0.629  -0.622
37    D        -1.325  -1.319  -1.283  -1.193  -1.190  -1.122  -1.071  -1.062  -1.008
38    D        -0.580  -0.605  -0.606  -0.270  -0.308  -0.307  -0.599  -0.629  -0.622
39    E        -0.580  -0.605  -0.606  -0.682  -0.710  -0.722  -0.599  -0.629  -0.622
40    S        -0.580  -0.543  -0.596  -0.487  -0.420  -0.534  -0.599  -0.550  -0.609
41    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
42    E        -0.707  -0.701  -0.667  -1.196  -1.190  -1.124  -0.756  -0.748  -0.696
43    D        -0.707  -0.701  -0.667  -0.738  -0.730  -0.671  -0.756  -0.748  -0.696
44    K        -0.707  -0.701  -0.667  -0.792  -0.784  -0.725  -0.756  -0.748  -0.696
45    D         1.656   1.660   1.686   1.817   1.827   1.861   1.764   1.770   1.804
46    C        -0.707  -0.701  -0.667  -0.716  -0.721  -0.650  -0.756  -0.748  -0.696
47    M        -0.707  -0.701  -0.667  -0.591  -0.590  -0.525  -0.756  -0.748  -0.696
48    E         0.287   0.271   0.262   0.113   0.087   0.080   0.084   0.055   0.034
49    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
50    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
51    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
52    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
53    V        -0.707  -0.701  -0.667  -0.963  -0.956  -0.894  -0.756  -0.748  -0.696
54    Q         0.287   0.318   0.271   0.146   0.190   0.131   0.084   0.136   0.049
55    N         0.287   0.318   0.271   0.113   0.160   0.093   0.084   0.136   0.049
56    T        -0.707  -0.701  -0.667  -0.803  -0.804  -0.736  -0.756  -0.748  -0.696
57    V        -0.707  -0.701  -0.667  -0.893  -0.882  -0.825  -0.756  -0.748  -0.696
58    S         0.287   0.287   0.262   0.072   0.075   0.039   0.084   0.083   0.035
59    A        -0.707  -0.701  -0.667  -1.022  -1.025  -0.952  -0.756  -0.748  -0.696
60    D         0.287   0.271   0.262   0.284   0.250   0.214   0.084   0.055   0.034
61    E         0.287   0.287   0.262   0.021   0.019  -0.027   0.084   0.083   0.035
62    S        -0.707  -0.701  -0.667  -0.749  -0.729  -0.682  -0.756  -0.748  -0.696
63    P         0.287   0.287   0.262   0.370   0.369   0.316   0.084   0.083   0.035
64    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
65    L         0.287   0.314   0.271   0.094   0.135   0.083   0.084   0.128   0.049
66    V         0.447   0.399   0.343   0.414   0.342   0.253   0.347   0.269   0.172
67    Q        -1.325  -1.319  -1.283  -1.209  -1.211  -1.138  -1.071  -1.062  -1.008
68    S        -1.325  -1.319  -1.283  -1.026  -1.011  -0.956  -1.071  -1.062  -1.008
69    L        -0.580  -0.543  -0.596  -0.741  -0.676  -0.775  -0.599  -0.550  -0.609
70    V        -1.325  -1.319  -1.283  -1.425  -1.417  -1.352  -1.071  -1.062  -1.008
71    S        -1.325  -1.319  -1.283  -1.185  -1.166  -1.114  -1.071  -1.062  -1.008
72    F        -0.580  -0.560  -0.595  -0.469  -0.444  -0.483  -0.599  -0.572  -0.608
73    V        -0.580  -0.595  -0.597  -0.808  -0.827  -0.824  -0.599  -0.616  -0.611
74    G        -0.580  -0.560  -0.595  -0.524  -0.490  -0.557  -0.599  -0.572  -0.608
75    S        -1.325  -1.319  -1.283  -1.178  -1.158  -1.107  -1.071  -1.062  -1.008
76    C        -0.580  -0.560  -0.595  -0.463  -0.436  -0.483  -0.599  -0.572  -0.608
77    S         0.165   0.170   0.202  -0.083  -0.073  -0.018  -0.126  -0.119  -0.070
78    I         1.656   1.660   1.686   1.663   1.667   1.708   1.764   1.770   1.804
79    N         1.656   1.660   1.686   1.763   1.773   1.807   1.764   1.770   1.804
80    L         1.656   1.660   1.686   1.413   1.423   1.460   1.764   1.770   1.804
81    L        -0.580  -0.595  -0.597  -0.741  -0.762  -0.778  -0.599  -0.616  -0.611
82    L         1.656   1.660   1.686   1.413   1.423   1.460   1.764   1.770   1.804
83    P         1.656   1.660   1.686   1.805   1.813   1.849   1.764   1.770   1.804
84    F         1.656   1.660   1.686   1.692   1.697   1.737   1.764   1.770   1.804
85    L         0.447   0.481   0.345   0.230   0.282   0.077   0.347   0.401   0.174
86    N         1.656   1.660   1.686   1.763   1.773   1.807   1.764   1.770   1.804
87    G         1.656   1.660   1.686   1.663   1.669   1.708   1.764   1.770   1.804
88    M        -0.580  -0.605  -0.606  -0.555  -0.603  -0.629  -0.599  -0.629  -0.622
89    M         1.656   1.660   1.686   1.833   1.842   1.877   1.764   1.770   1.804
90    L         1.656   1.660   1.686   1.413   1.423   1.460   1.764   1.770   1.804
91    G         1.656   1.660   1.686   1.663   1.669   1.708   1.764   1.770   1.804
92    F         1.656   1.660   1.686   1.692   1.697   1.737   1.764   1.770   1.804
93    G         1.656   1.660   1.686   1.663   1.669   1.708   1.764   1.770   1.804
94    E         1.656   1.660   1.686   1.562   1.577   1.608   1.764   1.770   1.804
95    L         0.165   0.170   0.202  -0.192  -0.183  -0.125  -0.126  -0.119  -0.070
96    F        -0.580  -0.554  -0.598  -0.682  -0.635  -0.729  -0.599  -0.564  -0.611
97    A         1.656   1.660   1.686   1.706   1.711   1.751   1.764   1.770   1.804
98    H         1.656   1.660   1.686   1.847   1.849   1.890   1.764   1.770   1.804
99    E         0.447   0.399   0.343   0.390   0.324   0.232   0.347   0.269   0.172
100   L        -0.580  -0.589  -0.607  -0.775  -0.789  -0.799  -0.599  -0.610  -0.623
101   C        -0.580  -0.589  -0.607  -0.315  -0.338  -0.380  -0.599  -0.610  -0.623
102   W        -0.580  -0.589  -0.607  -0.275  -0.292  -0.324  -0.599  -0.610  -0.623
103   R        -0.580  -0.605  -0.606  -0.493  -0.542  -0.543  -0.599  -0.629  -0.622
104   F        -0.580  -0.595  -0.597  -0.487  -0.529  -0.537  -0.599  -0.616  -0.611
105   N        -0.580  -0.605  -0.606  -0.445  -0.489  -0.490  -0.599  -0.629  -0.622
106   W         1.656   1.660   1.686   1.902   1.911   1.945   1.764   1.770   1.804
107   F        -0.580  -0.589  -0.607  -0.524  -0.546  -0.568  -0.599  -0.610  -0.623
108   N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
109   H        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
110   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
111   R        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
112   N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
113   K        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
114   G         0.287   0.287   0.262   0.284   0.284   0.240   0.084   0.083   0.035
115   Y        -0.707  -0.701  -0.667  -0.450  -0.446  -0.386  -0.756  -0.748  -0.696
116   K         0.287   0.271   0.262   0.323   0.295   0.274   0.084   0.055   0.034
117   V         0.287   0.287   0.262   0.163   0.161   0.124   0.084   0.083   0.035
118   Y        -0.707  -0.701  -0.667  -0.695  -0.698  -0.629  -0.756  -0.748  -0.696
119   P         1.656   1.660   1.686   1.805   1.813   1.849   1.764   1.770   1.804
120   E        -1.325  -1.319  -1.283  -1.273  -1.262  -1.202  -1.071  -1.062  -1.008
121   S        -0.580  -0.589  -0.607  -0.574  -0.581  -0.592  -0.599  -0.610  -0.623
122   R         0.447   0.399   0.343   0.621   0.553   0.470   0.347   0.269   0.172
123   K        -0.580  -0.589  -0.607  -0.385  -0.401  -0.421  -0.599  -0.610  -0.623
124   I        -0.580  -0.554  -0.598  -0.708  -0.665  -0.753  -0.599  -0.564  -0.611
125   A        -0.580  -0.595  -0.597  -0.344  -0.369  -0.370  -0.599  -0.616  -0.611
126   A        -0.580  -0.589  -0.607  -0.555  -0.581  -0.606  -0.599  -0.610  -0.623
127   L        -1.325  -1.319  -1.283  -1.265  -1.255  -1.194  -1.071  -1.062  -1.008
128   K        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
129   E        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
130   I        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
131   S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
132   S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
133   P        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
134   G        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
135   T        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
136   R        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
137   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
138   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
139   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
140   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
141   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
142   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
143   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
144   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
145   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
146   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
147   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
148   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
149   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
150   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
151   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
152   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
153   G        -1.325  -1.319  -1.283  -1.018  -1.010  -0.949  -1.071  -1.062  -1.008
154   R        -0.580  -0.554  -0.598  -0.599  -0.546  -0.645  -0.599  -0.564  -0.611
155   V        -1.325  -1.319  -1.283  -1.178  -1.155  -1.107  -1.071  -1.062  -1.008
156   A        -0.580  -0.605  -0.606  -0.433  -0.473  -0.466  -0.599  -0.629  -0.622
157   S         0.447   0.399   0.343   0.400   0.338   0.262   0.347   0.269   0.172
158   K         0.447   0.399   0.343   0.557   0.482   0.386   0.347   0.269   0.172
159   F        -0.580  -0.589  -0.607  -0.397  -0.417  -0.424  -0.599  -0.610  -0.623
160   L         0.447   0.399   0.343   0.245   0.176   0.095   0.347   0.269   0.172
* gap fraction no less than  0.50; conservation set to M-S
  M: mean;  S: standard deviation

al2co - The parameters are:

Input alignment file - ../mafft-mac/clustal/Q08176
Output conservation file - output/Q08176
All 9 methods are used - true 
   1. unweighted entropy measure; 2. Henikoff entropy measure;
   3. independent count entropy measure;
   4. unweighted variance measure; 5. Henikoff variance measure;
   6. independent count variance measure;
   7. unweighted matrix-based sum-of-pairs measure;
   8. Henikoff matrix-based sum-of-pairs measure;
   9. independent count matrix-based sum-of-pairs measure;
Window size - 1
Conservation normalized to zero mean and unity variance
Gap fraction to suppress calculation -  0.50
