1     M         1.629   1.649   1.693   1.897   1.930   1.999   1.764   1.790   1.859
2     C         0.022  -0.070  -0.148   0.289   0.160   0.024  -0.025  -0.153  -0.266
3     C        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
4     Y        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
5     C        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
6     V        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
7     C         0.794   0.704   0.611   1.001   0.864   0.695   0.770   0.618   0.440
8     C         1.629   1.649   1.693   1.771   1.794   1.875   1.764   1.790   1.859
9     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
10    T         0.587   0.511   0.495   0.610   0.479   0.446   0.422   0.279   0.226
11    V        -0.297  -0.331  -0.293  -0.446  -0.516  -0.457  -0.473  -0.517  -0.467
12    S        -0.245  -0.229  -0.248  -0.463  -0.428  -0.475  -0.423  -0.411  -0.415
13    D         1.629   1.649   1.693   1.732   1.763   1.836   1.764   1.790   1.859
14    F        -0.406  -0.376  -0.319  -0.614  -0.560  -0.478  -0.622  -0.577  -0.502
15    I        -0.834  -0.886  -0.809  -0.892  -0.951  -0.826  -0.821  -0.858  -0.762
16    L         1.629   1.649   1.693   1.512   1.546   1.619   1.764   1.790   1.859
17    Y        -1.263  -1.304  -1.236  -1.126  -1.197  -1.078  -1.019  -1.047  -0.960
18    I        -0.673  -0.748  -0.767  -0.578  -0.694  -0.755  -0.622  -0.705  -0.714
19    V         0.450   0.436   0.441   0.256   0.230   0.188   0.174   0.141   0.123
20    A         0.794   0.738   0.616   0.935   0.841   0.640   0.770   0.674   0.448
21    F        -0.406  -0.385  -0.317  -0.506  -0.474  -0.367  -0.622  -0.590  -0.500
22    F        -0.245  -0.268  -0.248  -0.277  -0.312  -0.300  -0.423  -0.434  -0.413
23    F         1.629   1.649   1.693   1.785   1.813   1.889   1.764   1.790   1.859
24    P         1.629   1.649   1.693   1.448   1.475   1.556   1.764   1.790   1.859
25    P         1.629   1.649   1.693   1.448   1.475   1.556   1.764   1.790   1.859
26    A        -0.406  -0.376  -0.319  -0.635  -0.616  -0.502  -0.622  -0.577  -0.502
27    A         0.345   0.379   0.428   0.000   0.022   0.123  -0.025   0.033   0.097
28    V         1.629   1.649   1.693   1.691   1.732   1.796   1.764   1.790   1.859
29    L        -1.263  -1.147  -1.216  -1.051  -0.828  -1.012  -1.019  -0.900  -0.942
30    L        -0.245  -0.250  -0.238  -0.398  -0.364  -0.376  -0.423  -0.408  -0.397
31    R         0.794   0.704   0.611   1.061   0.943   0.809   0.770   0.618   0.440
32    S        -0.245  -0.315  -0.270  -0.340  -0.419  -0.347  -0.423  -0.506  -0.443
33    G         1.629   1.649   1.693   1.650   1.679   1.756   1.764   1.790   1.859
34    P        -0.834  -0.785  -0.786  -1.058  -0.963  -0.980  -0.821  -0.766  -0.741
35    C         0.794   0.855   0.619   1.035   1.117   0.770   0.770   0.862   0.454
36    S         0.794   0.738   0.616   0.793   0.724   0.534   0.770   0.674   0.448
37    S        -0.245  -0.300  -0.269  -0.353  -0.423  -0.354  -0.423  -0.490  -0.442
38    D         1.629   1.649   1.693   1.732   1.763   1.836   1.764   1.790   1.859
39    F        -0.406  -0.376  -0.321  -0.709  -0.654  -0.571  -0.622  -0.578  -0.504
40    L        -0.245  -0.229  -0.248  -0.423  -0.391  -0.405  -0.423  -0.411  -0.415
41    L         0.345   0.379   0.428   0.026   0.110   0.179  -0.025   0.033   0.097
42    N         1.629   1.649   1.693   1.772   1.798   1.876   1.764   1.790   1.859
43    V        -0.673  -0.748  -0.767  -0.564  -0.694  -0.719  -0.622  -0.705  -0.714
44    L         0.794   0.792   0.640   0.732   0.734   0.515   0.770   0.763   0.490
45    L         1.629   1.649   1.693   1.512   1.546   1.619   1.764   1.790   1.859
46    T         0.345   0.379   0.428   0.262   0.333   0.403  -0.025   0.033   0.097
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48    L         0.022   0.149  -0.139   0.012   0.192  -0.204  -0.025   0.153  -0.253
49    G         1.629   1.649   1.693   1.650   1.679   1.756   1.764   1.790   1.859
50    F         0.794   0.738   0.616   0.988   0.905   0.708   0.770   0.674   0.448
51    L         0.022   0.010  -0.150  -0.021  -0.029  -0.270  -0.025  -0.043  -0.268
52    P         1.629   1.649   1.693   1.448   1.475   1.556   1.764   1.790   1.859
53    G         1.629   1.649   1.693   1.650   1.679   1.756   1.764   1.790   1.859
54    M        -0.245  -0.140  -0.240  -0.321  -0.177  -0.287  -0.423  -0.269  -0.401
55    L         0.450   0.455   0.451   0.288   0.287   0.242   0.174   0.176   0.142
56    H         1.629   1.649   1.693   1.805   1.814   1.908   1.764   1.790   1.859
57    A         0.794   0.738   0.616   0.935   0.841   0.640   0.770   0.674   0.448
58    F        -0.245  -0.235  -0.262  -0.097  -0.084  -0.112  -0.423  -0.421  -0.433
59    Y         1.629   1.649   1.693   1.678   1.707   1.783   1.764   1.790   1.859
60    Y         0.345   0.379   0.428   0.146   0.209   0.287  -0.025   0.033   0.097
61    I         1.629   1.649   1.693   1.725   1.750   1.829   1.764   1.790   1.859
62    T        -0.406  -0.373  -0.319  -0.584  -0.526  -0.446  -0.622  -0.574  -0.502
63    I        -0.673  -0.496  -0.735  -0.310  -0.034  -0.423  -0.622  -0.406  -0.678
64    T        -0.245  -0.315  -0.270  -0.266  -0.374  -0.303  -0.423  -0.506  -0.443
65    S         0.345   0.379   0.428  -0.137  -0.083  -0.001  -0.025   0.033   0.097
66    P         0.702   0.615   0.582   0.527   0.395   0.348   0.619   0.465   0.387
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68    R        -0.131  -0.239  -0.247  -0.044  -0.258  -0.293  -0.240  -0.389  -0.404
69    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
70    N        -0.834  -0.855  -0.799  -0.840  -0.877  -0.796  -0.821  -0.829  -0.753
71    A        -1.263  -1.242  -1.220  -1.080  -1.066  -1.015  -1.019  -0.995  -0.946
72    E         0.450   0.436   0.441   0.514   0.484   0.462   0.174   0.141   0.123
73    Y        -1.263  -1.289  -1.235  -1.201  -1.264  -1.163  -1.019  -1.035  -0.959
74    V        -1.691  -1.660  -1.592  -1.461  -1.397  -1.313  -1.218  -1.184  -1.096
75    Y        -0.834  -0.792  -0.806  -0.817  -0.732  -0.750  -0.821  -0.763  -0.759
76    Y         0.450   0.475   0.467   0.381   0.422   0.403   0.174   0.215   0.173
77    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
78    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
79    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
80    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
81    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
82    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
83    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
84    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
85    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
86    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
87    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
88    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
89    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
90    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
91    Y         0.794   0.792   0.640   0.907   0.903   0.690   0.770   0.763   0.490
92    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
93    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
94    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
95    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
96    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
97    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
98    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
99    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
100   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
101   Q        -0.406  -0.376  -0.319  -0.383  -0.335  -0.244  -0.622  -0.577  -0.502
102   Q         1.629   1.649   1.693   1.772   1.806   1.876   1.764   1.790   1.859
103   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
104   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
105   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
106   G         1.629   1.649   1.693   1.650   1.679   1.756   1.764   1.790   1.859
107   W        -0.673  -0.785  -0.781  -0.333  -0.521  -0.551  -0.622  -0.745  -0.730
108   V        -0.839  -0.741  -0.804  -0.946  -0.805  -0.879  -0.813  -0.694  -0.754
109   D         0.702   0.615   0.549   0.835   0.698   0.590   0.619   0.465   0.326
110   S        -0.839  -0.859  -0.823  -1.043  -1.075  -1.016  -0.813  -0.829  -0.775
111   E        -0.131  -0.152  -0.231   0.019  -0.042  -0.181  -0.240  -0.272  -0.383
112   R         1.629   1.649   1.693   1.790   1.814   1.893   1.764   1.790   1.859
113   N        -1.353  -1.328  -1.258  -1.318  -1.269  -1.171  -1.099  -1.067  -0.978
114   V        -0.325  -0.358  -0.288  -0.499  -0.549  -0.449  -0.526  -0.557  -0.464
115   P        -0.325  -0.359  -0.286  -0.715  -0.755  -0.627  -0.526  -0.558  -0.462
116   S        -0.131  -0.152  -0.231  -0.308  -0.340  -0.491  -0.240  -0.272  -0.383
117   N        -0.325  -0.358  -0.288  -0.592  -0.674  -0.557  -0.526  -0.557  -0.464
118   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
119   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
120   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
121   R        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
122   P        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
123   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
124   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
125   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
126   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
127   Q        -1.263  -1.261  -1.221  -1.259  -1.264  -1.185  -1.019  -1.011  -0.947
128   N         0.022   0.027  -0.140   0.258   0.232  -0.004  -0.025  -0.025  -0.255
129   S        -0.834  -0.748  -0.798  -0.763  -0.632  -0.711  -0.821  -0.727  -0.752
130   Q        -0.406  -0.376  -0.321  -0.610  -0.544  -0.467  -0.622  -0.578  -0.504
131   T        -0.245  -0.300  -0.269  -0.205  -0.285  -0.229  -0.423  -0.490  -0.442
132   P        -0.673  -0.720  -0.767  -0.762  -0.830  -0.874  -0.622  -0.676  -0.714
133   Q        -0.673  -0.720  -0.767  -0.458  -0.538  -0.612  -0.622  -0.676  -0.714
134   N        -1.263  -1.190  -1.218  -0.986  -0.903  -0.921  -1.019  -0.945  -0.944
135   R        -1.263  -1.147  -1.216  -0.950  -0.792  -0.879  -1.019  -0.900  -0.942
136   P        -0.839  -0.882  -0.824  -0.964  -0.988  -0.899  -0.813  -0.853  -0.775
137   Q        -0.939  -0.922  -0.849  -0.975  -0.944  -0.834  -0.920  -0.894  -0.801
138   Q        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
139   G        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
140   S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
141   S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
142   A        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
143   R        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
144   N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
145   V        -1.353  -1.324  -1.258  -1.310  -1.220  -1.164  -1.099  -1.064  -0.978
146   Y        -1.353  -1.324  -1.258  -1.277  -1.193  -1.131  -1.099  -1.064  -0.978
147   P         0.702   0.749   0.595   0.527   0.594   0.369   0.619   0.693   0.410
148   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
149   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
150   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
151   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
152   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
153   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
154   S        -1.353  -1.324  -1.258  -1.264  -1.190  -1.119  -1.099  -1.064  -0.978
155   V        -0.839  -0.865  -0.823  -0.766  -0.785  -0.737  -0.813  -0.836  -0.775
156   E        -0.131  -0.096  -0.181   0.057   0.111  -0.020  -0.240  -0.192  -0.312
157   T        -1.263  -1.289  -1.235  -1.064  -1.107  -1.023  -1.019  -1.035  -0.959
158   P         1.629   1.649   1.693   1.448   1.475   1.556   1.764   1.790   1.859
159   L         0.022  -0.070  -0.148  -0.052  -0.175  -0.314  -0.025  -0.153  -0.266
160   L        -0.839  -0.864  -0.823  -0.979  -1.000  -0.927  -0.813  -0.835  -0.775
161   Q        -0.839  -0.770  -0.793  -0.805  -0.704  -0.734  -0.813  -0.729  -0.742
162   G        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
163   A        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
164   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
165   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
166   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
167   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
168   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
169   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
170   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
171   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
172   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
173   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
174   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
175   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
176   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
177   A        -0.834  -0.833  -0.793  -0.776  -0.797  -0.726  -0.821  -0.810  -0.747
178   P        -0.673  -0.785  -0.781  -0.814  -0.983  -0.965  -0.622  -0.745  -0.730
179   H        -1.263  -1.190  -1.218  -1.240  -1.171  -1.178  -1.019  -0.945  -0.944
180   -        -1.353  -1.339  -1.258  -1.371  -1.353  -1.224  -1.099  -1.075  -0.978
181   -        -0.839  -0.821  -0.804  -0.926  -0.893  -0.865  -0.813  -0.785  -0.754
182   -        -1.353  -1.339  -1.258  -1.392  -1.368  -1.245  -1.099  -1.075  -0.978
183   D        -0.673  -0.720  -0.767  -0.570  -0.664  -0.747  -0.622  -0.676  -0.714
184   N         0.345   0.365   0.427   0.219   0.250   0.352  -0.025   0.007   0.095
185   K        -0.673  -0.720  -0.767  -0.377  -0.464  -0.568  -0.622  -0.676  -0.714
186   Q        -1.263  -1.242  -1.220  -1.031  -0.992  -0.994  -1.019  -0.995  -0.946
187   S        -1.263  -1.190  -1.218  -1.103  -0.988  -1.037  -1.019  -0.945  -0.944
188   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
189   L        -0.297  -0.311  -0.271  -0.372  -0.409  -0.350  -0.473  -0.488  -0.437
190   V        -0.939  -0.927  -0.849  -0.870  -0.854  -0.730  -0.920  -0.898  -0.801
191   E        -1.263  -1.284  -1.225  -1.082  -1.121  -1.010  -1.019  -1.031  -0.951
192   S        -0.673  -0.714  -0.741  -0.663  -0.745  -0.762  -0.622  -0.666  -0.685
193   P         1.629   1.649   1.693   1.448   1.475   1.556   1.764   1.790   1.859
194   P         1.629   1.649   1.693   1.448   1.475   1.556   1.764   1.790   1.859
195   P         0.022  -0.114  -0.187  -0.122  -0.336  -0.447  -0.025  -0.213  -0.320
196   Y         1.629   1.649   1.693   1.678   1.707   1.783   1.764   1.790   1.859
197   V        -0.673  -0.606  -0.732  -0.657  -0.554  -0.740  -0.622  -0.545  -0.675
198   P        -0.325  -0.357  -0.283  -0.466  -0.481  -0.363  -0.526  -0.555  -0.457
199   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
200   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
201   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
202   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
203   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
204   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
205   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
206   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
207   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
208   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
209   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
210   -        -0.939  -0.928  -0.849  -0.918  -0.898  -0.778  -0.920  -0.899  -0.801
* gap fraction no less than  0.50; conservation set to M-S
  M: mean;  S: standard deviation

al2co - The parameters are:

Input alignment file - ../mafft-mac/clustal/Q07549
Output conservation file - output/Q07549
All 9 methods are used - true 
   1. unweighted entropy measure; 2. Henikoff entropy measure;
   3. independent count entropy measure;
   4. unweighted variance measure; 5. Henikoff variance measure;
   6. independent count variance measure;
   7. unweighted matrix-based sum-of-pairs measure;
   8. Henikoff matrix-based sum-of-pairs measure;
   9. independent count matrix-based sum-of-pairs measure;
Window size - 1
Conservation normalized to zero mean and unity variance
Gap fraction to suppress calculation -  0.50
