1     M         1.354   1.364   1.428   1.552   1.568   1.659   1.474   1.488   1.578
2     S        -1.237  -1.218  -1.153  -1.270  -1.197  -1.108  -1.113  -1.093  -0.979
3     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
4     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
5     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
6     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
7     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
8     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
9     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
10    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
11    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
12    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
13    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
14    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
15    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
16    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
17    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
18    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
19    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
20    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
21    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
22    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
23    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
24    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
25    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
26    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
27    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
28    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
29    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
30    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
31    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
32    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
33    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
34    G        -1.337  -1.326  -1.201  -1.388  -1.367  -1.179  -1.195  -1.180  -1.018
35    K        -1.337  -1.326  -1.201  -1.345  -1.331  -1.137  -1.195  -1.180  -1.018
36    A        -0.410  -0.385  -0.349  -0.579  -0.518  -0.478  -0.661  -0.630  -0.562
37    S        -1.337  -1.326  -1.201  -1.395  -1.354  -1.185  -1.195  -1.180  -1.018
38    T        -0.723  -0.650  -0.755  -0.793  -0.663  -0.799  -0.750  -0.659  -0.766
39    E         0.601   0.556   0.449   0.604   0.559   0.371   0.548   0.470   0.250
40    G        -1.256  -1.231  -1.164  -1.333  -1.313  -1.182  -1.120  -1.094  -0.986
41    S        -0.325  -0.323  -0.309  -0.524  -0.504  -0.472  -0.568  -0.562  -0.515
42    V        -1.237  -1.258  -1.174  -1.304  -1.328  -1.209  -1.113  -1.125  -0.996
43    T        -0.244  -0.219  -0.305  -0.132  -0.084  -0.269  -0.432  -0.399  -0.503
44    T        -0.781  -0.827  -0.794  -0.980  -1.039  -0.994  -0.840  -0.881  -0.813
45    E        -1.569  -1.528  -1.467  -1.601  -1.537  -1.459  -1.249  -1.211  -1.103
46    F         1.354   1.364   1.428   1.475   1.497   1.585   1.474   1.488   1.578
47    L         1.354   1.364   1.428   1.299   1.295   1.415   1.474   1.488   1.578
48    S         0.023  -0.073  -0.199  -0.076  -0.174  -0.408  -0.023  -0.160  -0.348
49    D        -1.237  -1.233  -1.176  -1.263  -1.269  -1.164  -1.113  -1.105  -0.998
50    I         0.668   0.598   0.473   0.800   0.724   0.479   0.657   0.541   0.294
51    I         1.354   1.364   1.428   1.449   1.493   1.559   1.474   1.488   1.578
52    G         1.354   1.364   1.428   1.245   1.241   1.362   1.474   1.488   1.578
53    K        -0.244  -0.213  -0.281  -0.375  -0.306  -0.448  -0.432  -0.381  -0.469
54    T        -0.781  -0.791  -0.774  -0.680  -0.672  -0.664  -0.840  -0.843  -0.790
55    V         1.354   1.364   1.428   1.281   1.302   1.397   1.474   1.488   1.578
56    N        -1.569  -1.559  -1.481  -1.401  -1.424  -1.293  -1.249  -1.238  -1.114
57    V         0.668   0.598   0.473   0.659   0.573   0.381   0.657   0.541   0.294
58    K         0.354   0.336   0.347   0.366   0.325   0.346   0.113   0.075   0.056
59    L         1.354   1.364   1.428   1.299   1.295   1.415   1.474   1.488   1.578
60    A        -1.569  -1.579  -1.487  -1.260  -1.311  -1.187  -1.249  -1.254  -1.118
61    S         0.354   0.403   0.377   0.066   0.183   0.097   0.113   0.199   0.115
62    G         1.354   1.364   1.428   1.245   1.241   1.362   1.474   1.488   1.578
63    L        -0.575  -0.545  -0.751  -0.535  -0.500  -0.792  -0.568  -0.531  -0.762
64    L        -0.781  -0.809  -0.797  -0.901  -0.943  -0.908  -0.840  -0.861  -0.816
65    Y         1.354   1.364   1.428   1.466   1.473   1.576   1.474   1.488   1.578
66    S        -0.781  -0.761  -0.777  -0.878  -0.820  -0.841  -0.840  -0.811  -0.794
67    G         1.354   1.364   1.428   1.245   1.241   1.362   1.474   1.488   1.578
68    R        -1.569  -1.579  -1.487  -1.452  -1.477  -1.328  -1.249  -1.254  -1.118
69    L         1.354   1.364   1.428   1.299   1.295   1.415   1.474   1.488   1.578
70    E        -0.325  -0.363  -0.324  -0.356  -0.393  -0.375  -0.568  -0.605  -0.532
71    S         0.023   0.000  -0.200   0.020   0.036  -0.239  -0.023  -0.060  -0.349
72    I         0.023  -0.049  -0.212   0.158   0.062  -0.253  -0.023  -0.127  -0.366
73    D         1.354   1.364   1.428   1.510   1.540   1.618   1.474   1.488   1.578
74    G         1.354   1.364   1.428   1.245   1.241   1.362   1.474   1.488   1.578
75    F         0.212   0.213   0.301   0.116   0.101   0.251  -0.160  -0.165  -0.033
76    M         1.354   1.364   1.428   1.552   1.568   1.659   1.474   1.488   1.578
77    N         1.354   1.364   1.428   1.379   1.383   1.492   1.474   1.488   1.578
78    V        -0.244  -0.288  -0.292  -0.393  -0.460  -0.471  -0.432  -0.484  -0.487
79    A        -0.244  -0.235  -0.272  -0.174  -0.135  -0.222  -0.432  -0.409  -0.457
80    L         0.668   0.639   0.468   0.695   0.637   0.428   0.657   0.608   0.286
81    S        -0.450  -0.442  -0.360  -0.739  -0.688  -0.578  -0.704  -0.694  -0.577
82    S        -1.112  -1.168  -1.135  -0.961  -1.012  -0.994  -0.977  -1.031  -0.959
83    A        -0.575  -0.549  -0.709  -0.374  -0.349  -0.626  -0.568  -0.535  -0.714
84    T        -1.237  -1.212  -1.176  -1.205  -1.174  -1.102  -1.113  -1.086  -0.998
85    E         1.354   1.364   1.428   1.379   1.421   1.492   1.474   1.488   1.578
86    H        -0.781  -0.788  -0.795  -0.510  -0.534  -0.546  -0.840  -0.845  -0.815
87    Y        -0.325  -0.323  -0.322  -0.469  -0.476  -0.437  -0.568  -0.562  -0.531
88    E        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
89    S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
90    N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
91    N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
92    N         0.668   0.708   0.491   0.723   0.761   0.436   0.657   0.718   0.328
93    K         0.023   0.091  -0.202  -0.004   0.061  -0.341  -0.023   0.073  -0.352
94    L        -1.237  -1.234  -1.176  -1.251  -1.271  -1.131  -1.113  -1.104  -0.998
95    L        -0.781  -0.745  -0.794  -0.850  -0.837  -0.837  -0.840  -0.808  -0.814
96    N        -1.569  -1.540  -1.476  -1.187  -1.160  -1.050  -1.249  -1.221  -1.110
97    K        -0.244  -0.288  -0.292  -0.194  -0.276  -0.265  -0.432  -0.484  -0.487
98    F        -1.569  -1.556  -1.484  -1.530  -1.544  -1.437  -1.249  -1.235  -1.116
99    N        -0.575  -0.545  -0.751  -0.290  -0.267  -0.540  -0.568  -0.531  -0.762
100   S         0.212   0.226   0.302  -0.257  -0.230  -0.114  -0.160  -0.139  -0.033
101   D         0.668   0.639   0.468   0.876   0.852   0.560   0.657   0.608   0.286
102   V         0.354   0.318   0.344   0.232   0.178   0.217   0.113   0.041   0.050
103   F         1.354   1.364   1.428   1.475   1.497   1.585   1.474   1.488   1.578
104   L        -0.325  -0.323  -0.322  -0.511  -0.510  -0.500  -0.568  -0.562  -0.531
105   R         1.354   1.364   1.428   1.578   1.592   1.683   1.474   1.488   1.578
106   G         1.354   1.364   1.428   1.245   1.241   1.362   1.474   1.488   1.578
107   T        -0.244  -0.239  -0.301  -0.305  -0.307  -0.426  -0.432  -0.415  -0.496
108   Q         0.212   0.226   0.302   0.129   0.135   0.273  -0.160  -0.139  -0.033
109   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
110   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
111   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
112   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
113   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
114   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
115   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
116   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
117   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
118   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
119   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
120   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
121   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
122   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
123   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
124   V         0.354   0.373   0.355   0.201   0.230   0.195   0.113   0.143   0.072
125   M         0.354   0.398   0.376   0.248   0.291   0.283   0.113   0.190   0.113
126   Y         0.668   0.667   0.478   0.848   0.837   0.569   0.657   0.653   0.303
127   I        -0.097  -0.175  -0.254   0.031  -0.099  -0.250  -0.194  -0.308  -0.427
128   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
129   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
130   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
131   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
132   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
133   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
134   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
135   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
136   S         1.354   1.364   1.428   1.198   1.222   1.317   1.474   1.488   1.578
137   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
138   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
139   E        -0.097  -0.175  -0.254  -0.109  -0.234  -0.382  -0.194  -0.308  -0.427
140   Q        -1.256  -1.274  -1.173  -1.054  -1.108  -0.943  -1.120  -1.135  -0.994
141   K        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
142   I        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
* gap fraction no less than  0.50; conservation set to M-S
  M: mean;  S: standard deviation

al2co - The parameters are:

Input alignment file - ../mafft-mac/clustal/Q06406
Output conservation file - output/Q06406
All 9 methods are used - true 
   1. unweighted entropy measure; 2. Henikoff entropy measure;
   3. independent count entropy measure;
   4. unweighted variance measure; 5. Henikoff variance measure;
   6. independent count variance measure;
   7. unweighted matrix-based sum-of-pairs measure;
   8. Henikoff matrix-based sum-of-pairs measure;
   9. independent count matrix-based sum-of-pairs measure;
Window size - 1
Conservation normalized to zero mean and unity variance
Gap fraction to suppress calculation -  0.50
