1     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
2     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
3     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
4     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
5     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
6     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
7     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
8     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
9     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
10    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
11    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
12    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
13    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
14    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
15    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
16    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
17    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
18    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
19    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
20    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
21    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
22    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
23    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
24    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
25    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
26    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
27    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
28    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
29    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
30    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
31    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
32    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
33    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
34    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
35    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
36    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
37    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
38    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
39    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
40    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
41    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
42    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
43    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
44    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
45    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
46    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
47    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
48    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
49    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
50    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
51    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
52    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
53    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
54    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
55    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
56    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
57    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
58    M         1.335   1.365   1.423   1.521   1.622   1.653   1.434   1.472   1.559
59    T        -0.278  -0.372  -0.443  -0.106  -0.297  -0.348  -0.323  -0.462  -0.539
60    R         1.335   1.365   1.423   1.358   1.441   1.497   1.434   1.472   1.559
61    T         1.335   1.365   1.423   1.371   1.386   1.509   1.434   1.472   1.559
62    S         0.405   0.533   0.268   0.165   0.372  -0.035   0.309   0.511   0.049
63    K         1.335   1.365   1.423   1.153   1.184   1.298   1.434   1.472   1.559
64    W         1.335   1.365   1.423   1.544   1.587   1.675   1.434   1.472   1.559
65    T         1.335   1.365   1.423   1.371   1.386   1.509   1.434   1.472   1.559
66    V         1.335   1.365   1.423   1.507   1.563   1.640   1.434   1.472   1.559
67    H         0.497   0.602   0.365   0.670   0.814   0.470   0.458   0.617   0.219
68    E         0.497   0.304   0.284   0.582   0.317   0.251   0.458   0.136   0.076
69    A         0.151   0.087   0.167   0.092  -0.089   0.014  -0.128  -0.252  -0.138
70    K        -0.278  -0.471  -0.492  -0.441  -0.802  -0.814  -0.323  -0.583  -0.605
71    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
72    S        -0.546  -0.508  -0.515  -0.457  -0.319  -0.410  -0.714  -0.638  -0.641
73    N        -0.546  -0.645  -0.523  -0.820  -0.845  -0.723  -0.714  -0.814  -0.651
74    P        -0.546  -0.407  -0.494  -0.451  -0.251  -0.357  -0.714  -0.530  -0.614
75    K        -0.278  -0.077  -0.391  -0.348  -0.089  -0.495  -0.323  -0.044  -0.468
76    Y         0.151   0.159   0.184   0.302   0.337   0.331  -0.128  -0.119  -0.105
77    F         1.335   1.365   1.423   1.540   1.617   1.672   1.434   1.472   1.559
78    T         0.497   0.304   0.284   0.568   0.186   0.183   0.458   0.136   0.076
79    H        -0.278  -0.337  -0.466  -0.135  -0.303  -0.484  -0.323  -0.421  -0.569
80    N         0.151   0.097   0.166  -0.185  -0.265  -0.121  -0.128  -0.234  -0.140
81    G         1.335   1.365   1.423   1.163   1.137   1.308   1.434   1.472   1.559
82    N        -0.546  -0.419  -0.488  -0.664  -0.407  -0.531  -0.714  -0.516  -0.602
83    F        -1.567  -1.582  -1.489  -1.175  -1.137  -1.065  -1.300  -1.288  -1.155
84    G        -0.546  -0.545  -0.534  -0.879  -0.888  -0.849  -0.714  -0.707  -0.664
85    E        -1.567  -1.582  -1.489  -1.266  -1.232  -1.115  -1.300  -1.288  -1.155
86    S        -0.546  -0.652  -0.547  -0.688  -0.874  -0.735  -0.714  -0.825  -0.680
87    P         1.335   1.365   1.423   1.511   1.552   1.644   1.434   1.472   1.559
88    N         0.151   0.159   0.184  -0.215  -0.217  -0.149  -0.128  -0.119  -0.105
89    H        -1.138  -1.101  -1.070  -1.266  -1.242  -1.135  -1.105  -1.053  -0.970
90    V         0.497   0.304   0.284   0.741   0.439   0.393   0.458   0.136   0.076
91    K         1.335   1.365   1.423   1.163   1.197   1.308   1.434   1.472   1.559
92    R         0.151   0.319   0.245  -0.150   0.114   0.004  -0.128   0.162   0.006
93    G        -1.567  -1.465  -1.462  -1.703  -1.588  -1.525  -1.300  -1.181  -1.132
94    G         1.335   1.365   1.423   1.163   1.137   1.308   1.434   1.472   1.559
95    Y        -1.138  -1.116  -1.070  -0.885  -0.843  -0.791  -1.105  -1.063  -0.970
96    G         1.335   1.365   1.423   1.163   1.137   1.308   1.434   1.472   1.559
97    K         1.335   1.365   1.423   1.163   1.197   1.308   1.434   1.472   1.559
98    G         0.497   0.475   0.318   0.324   0.212   0.009   0.458   0.420   0.137
99    N         1.335   1.365   1.423   1.088   1.153   1.236   1.434   1.472   1.559
100   W         1.335   1.365   1.423   1.560   1.615   1.691   1.434   1.472   1.559
101   G         1.335   1.365   1.423   1.163   1.137   1.308   1.434   1.472   1.559
102   K         0.497   0.475   0.318   0.398   0.377   0.155   0.458   0.420   0.137
103   P         0.497   0.602   0.365   0.758   0.895   0.574   0.458   0.617   0.219
104   G         0.497   0.304   0.284   0.379   0.026   0.060   0.458   0.136   0.076
105   D         1.335   1.365   1.423   1.371   1.460   1.508   1.434   1.472   1.559
106   E         0.497   0.304   0.284   0.578   0.334   0.242   0.458   0.136   0.076
107   I        -0.278  -0.292  -0.471   0.058   0.127  -0.229  -0.323  -0.333  -0.577
108   N        -1.138  -1.097  -1.057  -1.438  -1.277  -1.278  -1.105  -1.031  -0.957
109   D         1.335   1.365   1.423   1.371   1.460   1.508   1.434   1.472   1.559
110   L         0.405   0.360   0.261   0.646   0.640   0.389   0.309   0.232   0.036
111   I        -0.432  -0.598  -0.544  -0.223  -0.461  -0.422  -0.534  -0.753  -0.673
112   D         0.405   0.228   0.243   0.492   0.225   0.208   0.309   0.003   0.002
113   S        -0.627  -0.524  -0.537  -0.584  -0.416  -0.437  -0.816  -0.686  -0.668
114   G        -0.278  -0.292  -0.471  -0.443  -0.545  -0.781  -0.323  -0.333  -0.577
115   E         0.497   0.528   0.323   0.608   0.704   0.370   0.458   0.504   0.146
116   I        -0.546  -0.652  -0.547  -0.358  -0.465  -0.345  -0.714  -0.825  -0.680
117   K        -1.567  -1.567  -1.488  -1.690  -1.787  -1.537  -1.300  -1.277  -1.155
118   T        -1.138  -1.114  -1.058  -0.968  -0.973  -0.836  -1.105  -1.052  -0.958
119   V        -1.997  -1.904  -1.830  -1.562  -1.532  -1.320  -1.495  -1.396  -1.276
120   F        -0.976  -1.103  -1.069  -0.694  -0.861  -0.885  -0.909  -1.039  -0.968
121   N        -0.976  -1.103  -1.069  -1.154  -1.317  -1.253  -0.909  -1.039  -0.968
122   K        -0.546  -0.652  -0.547  -0.786  -0.916  -0.739  -0.714  -0.825  -0.680
123   T        -0.976  -1.011  -1.039  -0.786  -0.799  -0.910  -0.909  -0.950  -0.937
124   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
125   R         1.335   1.365   1.423   1.381   1.467   1.518   1.434   1.472   1.559
126   R         0.497   0.304   0.284   0.602   0.332   0.269   0.458   0.136   0.076
127   G         0.046   0.118   0.198  -0.536  -0.450  -0.268  -0.323  -0.195  -0.081
128   S         1.335   1.365   1.423   1.381   1.458   1.518   1.434   1.472   1.559
129   N         1.335   1.365   1.423   1.088   1.153   1.236   1.434   1.472   1.559
130   S        -1.138  -1.116  -1.070  -1.258  -1.301  -1.198  -1.105  -1.063  -0.970
131   Q        -0.976  -1.103  -1.069  -0.753  -0.870  -0.912  -0.909  -1.039  -0.968
132   N        -1.567  -1.526  -1.468  -1.627  -1.565  -1.514  -1.300  -1.246  -1.138
133   N         0.497   0.602   0.365   0.308   0.472   0.133   0.458   0.617   0.219
134   E        -0.432  -0.527  -0.498  -0.335  -0.473  -0.427  -0.534  -0.658  -0.613
135   R        -1.142  -1.004  -1.035  -1.054  -0.843  -0.895  -1.097  -0.925  -0.933
136   R        -0.432  -0.336  -0.451  -0.447  -0.276  -0.510  -0.534  -0.394  -0.550
137   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
138   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
139   L        -0.432  -0.513  -0.495  -0.181  -0.299  -0.280  -0.534  -0.640  -0.608
140   S        -1.142  -0.992  -1.044  -1.579  -1.336  -1.414  -1.097  -0.911  -0.943
141   D        -1.142  -1.047  -1.043  -1.373  -1.235  -1.212  -1.097  -0.973  -0.942
142   L        -0.432  -0.462  -0.483  -0.178  -0.221  -0.256  -0.534  -0.576  -0.592
143   Q        -0.627  -0.655  -0.551  -0.915  -0.966  -0.786  -0.816  -0.827  -0.684
144   Q        -1.142  -0.992  -1.044  -1.251  -1.003  -1.112  -1.097  -0.911  -0.943
145   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
146   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
147   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
148   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
149   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
150   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
151   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
152   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
153   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
154   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
155   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
156   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
157   Y        -0.598  -0.536  -0.524  -0.438  -0.330  -0.342  -0.763  -0.670  -0.647
158   H        -1.658  -1.596  -1.499  -1.385  -1.302  -1.149  -1.378  -1.297  -1.163
159   I        -1.658  -1.596  -1.499  -1.532  -1.466  -1.291  -1.378  -1.297  -1.163
* gap fraction no less than  0.50; conservation set to M-S
  M: mean;  S: standard deviation

al2co - The parameters are:

Input alignment file - ../mafft-mac/clustal/Q06177
Output conservation file - output/Q06177
All 9 methods are used - true 
   1. unweighted entropy measure; 2. Henikoff entropy measure;
   3. independent count entropy measure;
   4. unweighted variance measure; 5. Henikoff variance measure;
   6. independent count variance measure;
   7. unweighted matrix-based sum-of-pairs measure;
   8. Henikoff matrix-based sum-of-pairs measure;
   9. independent count matrix-based sum-of-pairs measure;
Window size - 1
Conservation normalized to zero mean and unity variance
Gap fraction to suppress calculation -  0.50
