1     M         1.343   1.345   1.365   1.546   1.572   1.579   1.423   1.425   1.452
2     A         1.343   1.345   1.365   1.469   1.477   1.504   1.423   1.425   1.452
3     P         1.343   1.345   1.365   1.364   1.339   1.402   1.423   1.425   1.452
4     P         1.343   1.345   1.365   1.364   1.339   1.402   1.423   1.425   1.452
5     T         0.206   0.221   0.111   0.213   0.176   0.064   0.108   0.132  -0.051
6     T        -1.461  -1.457  -1.395  -1.571  -1.582  -1.466  -1.207  -1.201  -1.120
7     I        -0.059  -0.056  -0.014  -0.205  -0.215  -0.130  -0.330  -0.325  -0.260
8     R        -0.760  -0.769  -0.796  -0.665  -0.684  -0.756  -0.769  -0.780  -0.803
9     T        -0.760  -0.769  -0.796  -0.637  -0.662  -0.694  -0.769  -0.780  -0.803
10    R        -1.461  -1.457  -1.395  -1.547  -1.538  -1.443  -1.207  -1.201  -1.120
11    D        -0.059  -0.056  -0.014  -0.195  -0.125  -0.121  -0.330  -0.325  -0.260
12    Q        -1.461  -1.457  -1.395  -1.439  -1.423  -1.337  -1.207  -1.201  -1.120
13    A        -1.461  -1.457  -1.395  -1.294  -1.314  -1.195  -1.207  -1.201  -1.120
14    L        -0.879  -0.847  -0.822  -0.911  -0.858  -0.822  -0.915  -0.875  -0.834
15    A        -0.879  -0.847  -0.822  -0.991  -0.884  -0.899  -0.915  -0.875  -0.834
16    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
17    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
18    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
19    P         0.056  -0.026   0.012  -0.047  -0.141  -0.128  -0.136  -0.274  -0.216
20    L        -0.760  -0.760  -0.767  -0.755  -0.769  -0.779  -0.769  -0.768  -0.767
21    A        -0.760  -0.769  -0.796  -0.790  -0.790  -0.824  -0.769  -0.780  -0.803
22    T        -1.461  -1.457  -1.395  -1.245  -1.219  -1.147  -1.207  -1.201  -1.120
23    L        -0.059  -0.056  -0.014  -0.352  -0.325  -0.275  -0.330  -0.325  -0.260
24    D        -0.760  -0.769  -0.796  -0.726  -0.747  -0.790  -0.769  -0.780  -0.803
25    S        -0.760  -0.769  -0.796  -0.784  -0.761  -0.830  -0.769  -0.780  -0.803
26    Q        -0.760  -0.769  -0.796  -0.801  -0.778  -0.821  -0.769  -0.780  -0.803
27    T        -0.760  -0.769  -0.796  -0.670  -0.698  -0.762  -0.769  -0.780  -0.803
28    N        -0.760  -0.743  -0.784  -0.854  -0.816  -0.902  -0.769  -0.747  -0.788
29    C         1.343   1.345   1.365   1.456   1.417   1.491   1.423   1.425   1.452
30    R        -1.461  -1.457  -1.395  -1.211  -1.240  -1.114  -1.207  -1.201  -1.120
31    L         1.343   1.345   1.365   1.231   1.257   1.271   1.423   1.425   1.452
32    K         1.343   1.345   1.365   1.176   1.228   1.218   1.423   1.425   1.452
33    E         0.206   0.196   0.078   0.256   0.267   0.029   0.108   0.092  -0.105
34    L        -0.059  -0.056  -0.014  -0.312  -0.322  -0.237  -0.330  -0.325  -0.260
35    V        -0.059  -0.056  -0.014  -0.224  -0.251  -0.147  -0.330  -0.325  -0.260
36    Q         1.343   1.345   1.365   1.391   1.355   1.427   1.423   1.425   1.452
37    W        -0.760  -0.769  -0.796  -0.471  -0.498  -0.544  -0.769  -0.780  -0.803
38    E         1.343   1.345   1.365   1.271   1.323   1.311   1.423   1.425   1.452
39    C         1.343   1.345   1.365   1.456   1.417   1.491   1.423   1.425   1.452
40    Q        -0.760  -0.769  -0.796  -0.704  -0.791  -0.750  -0.769  -0.780  -0.803
41    F         1.343   1.345   1.365   1.443   1.464   1.478   1.423   1.425   1.452
42    K        -0.760  -0.753  -0.762  -0.914  -0.868  -0.910  -0.769  -0.760  -0.762
43    G        -0.760  -0.743  -0.784  -0.577  -0.533  -0.637  -0.769  -0.747  -0.788
44    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
45    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
46    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
47    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
48    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
49    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
50    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
51    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
52    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
53    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
54    A        -1.461  -1.457  -1.395  -1.322  -1.316  -1.223  -1.207  -1.201  -1.120
55    E         0.206   0.201   0.086   0.149   0.215  -0.044   0.108   0.100  -0.092
56    Y        -0.059  -0.056  -0.014  -0.119  -0.142  -0.042  -0.330  -0.325  -0.260
57    V        -0.059  -0.056  -0.014  -0.205  -0.213  -0.128  -0.330  -0.325  -0.260
58    C         1.343   1.345   1.365   1.456   1.417   1.491   1.423   1.425   1.452
59    S        -0.760  -0.769  -0.796  -0.842  -0.861  -0.888  -0.769  -0.780  -0.803
60    P         1.343   1.345   1.365   1.364   1.339   1.402   1.423   1.425   1.452
61    F         1.343   1.345   1.365   1.443   1.464   1.478   1.423   1.425   1.452
62    K         1.343   1.345   1.365   1.176   1.228   1.218   1.423   1.425   1.452
63    R         1.343   1.345   1.365   1.378   1.354   1.415   1.423   1.425   1.452
64    L        -0.059  -0.056  -0.014  -0.312  -0.322  -0.237  -0.330  -0.325  -0.260
65    F         1.343   1.345   1.365   1.443   1.464   1.478   1.423   1.425   1.452
66    E        -0.059  -0.056  -0.014  -0.253  -0.240  -0.179  -0.330  -0.325  -0.260
67    H        -0.760  -0.769  -0.796  -0.615  -0.671  -0.659  -0.769  -0.780  -0.803
68    C         1.343   1.345   1.365   1.456   1.417   1.491   1.423   1.425   1.452
69    I        -0.760  -0.769  -0.796  -0.766  -0.767  -0.796  -0.769  -0.780  -0.803
70    A        -0.760  -0.760  -0.767  -0.615  -0.594  -0.620  -0.769  -0.768  -0.767
71    P         0.206   0.201   0.086   0.188   0.168  -0.035   0.108   0.100  -0.092
72    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
73    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
74    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
75    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
76    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
77    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
78    D         0.206   0.216   0.111   0.200   0.294   0.041   0.108   0.124  -0.051
79    K         0.206   0.196   0.078   0.352   0.371   0.102   0.108   0.092  -0.105
80    S        -0.760  -0.769  -0.796  -0.866  -0.842  -0.899  -0.769  -0.780  -0.803
81    A        -0.760  -0.769  -0.796  -0.836  -0.793  -0.863  -0.769  -0.780  -0.803
82    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
83    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
84    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
85    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
86    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
87    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
88    T        -0.760  -0.753  -0.762  -0.825  -0.885  -0.836  -0.769  -0.760  -0.762
89    N         1.343   1.345   1.365   1.298   1.306   1.337   1.423   1.425   1.452
90    Y         0.206   0.196   0.078   0.277   0.222   0.088   0.108   0.092  -0.105
91    E         1.343   1.345   1.365   1.271   1.323   1.311   1.423   1.425   1.452
92    V        -0.059  -0.056  -0.014  -0.205  -0.213  -0.128  -0.330  -0.325  -0.260
93    T         1.343   1.345   1.365   1.325   1.256   1.363   1.423   1.425   1.452
94    D         0.206   0.201   0.086   0.200   0.270  -0.003   0.108   0.100  -0.092
95    T        -1.461  -1.457  -1.395  -1.500  -1.517  -1.397  -1.207  -1.201  -1.120
96    Y        -0.760  -0.756  -0.763  -0.715  -0.720  -0.711  -0.769  -0.764  -0.762
97    T         0.206   0.216   0.111   0.222   0.173   0.075   0.108   0.124  -0.051
98    N         1.343   1.345   1.365   1.298   1.306   1.337   1.423   1.425   1.452
99    S        -1.461  -1.457  -1.395  -1.245  -1.292  -1.147  -1.207  -1.201  -1.120
100   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
101   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
102   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
103   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
104   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
105   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
106   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
107   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
108   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
109   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
110   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
111   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
112   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
113   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
114   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
115   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
116   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
117   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
118   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
119   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
120   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
121   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
122   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
123   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
124   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
125   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
126   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
127   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
128   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
129   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
130   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
131   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
132   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
133   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
134   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
* gap fraction no less than  0.50; conservation set to M-S
  M: mean;  S: standard deviation

al2co - The parameters are:

Input alignment file - ../mafft-mac/clustal/Q05676
Output conservation file - output/Q05676
All 9 methods are used - true 
   1. unweighted entropy measure; 2. Henikoff entropy measure;
   3. independent count entropy measure;
   4. unweighted variance measure; 5. Henikoff variance measure;
   6. independent count variance measure;
   7. unweighted matrix-based sum-of-pairs measure;
   8. Henikoff matrix-based sum-of-pairs measure;
   9. independent count matrix-based sum-of-pairs measure;
Window size - 1
Conservation normalized to zero mean and unity variance
Gap fraction to suppress calculation -  0.50
