1     M         1.762   1.767   1.815   2.255   2.262   2.338   1.885   1.891   1.958
2     G        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
3     N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
4     F        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
5     I        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
6     I        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
7     T        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
8     E        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
9     R        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
10    K        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
11    K        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
12    A        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
13    K        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
14    E        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
15    E        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
16    R        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
17    S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
18    N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
19    P        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
20    Q        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
21    T        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
22    D        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
23    S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
24    M        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
25    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
26    D        -0.698  -0.695  -0.646  -0.926  -0.924  -0.835  -0.764  -0.760  -0.685
27    D        -0.698  -0.695  -0.646  -1.305  -1.313  -1.214  -0.764  -0.760  -0.685
28    L        -0.698  -0.695  -0.646  -0.803  -0.819  -0.713  -0.764  -0.760  -0.685
29    L         0.337   0.319   0.327  -0.065  -0.103  -0.070   0.119   0.088   0.090
30    I         0.337   0.341   0.337  -0.065  -0.069  -0.057   0.119   0.125   0.106
31    R        -0.698  -0.695  -0.646  -0.884  -0.874  -0.794  -0.764  -0.760  -0.685
32    R         0.337   0.361   0.345   0.319   0.388   0.313   0.119   0.159   0.119
33    L         1.762   1.767   1.815   1.448   1.449   1.534   1.885   1.891   1.958
34    T        -1.342  -1.338  -1.290  -1.183  -1.169  -1.092  -1.096  -1.090  -1.015
35    D        -0.566  -0.552  -0.571  -0.520  -0.496  -0.561  -0.599  -0.580  -0.593
36    R         1.762   1.767   1.815   1.965   1.983   2.050   1.885   1.891   1.958
37    N         0.503   0.519   0.420   0.499   0.519   0.343   0.395   0.420   0.247
38    D        -1.342  -1.338  -1.290  -1.379  -1.351  -1.287  -1.096  -1.090  -1.015
39    K        -1.342  -1.338  -1.290  -1.258  -1.228  -1.167  -1.096  -1.090  -1.015
40    E         0.503   0.539   0.427   0.288   0.335   0.157   0.395   0.451   0.259
41    A         0.503   0.519   0.420   0.589   0.628   0.466   0.395   0.420   0.247
42    H        -1.342  -1.338  -1.290  -1.210  -1.194  -1.119  -1.096  -1.090  -1.015
43    L        -1.342  -1.338  -1.290  -1.150  -1.159  -1.059  -1.096  -1.090  -1.015
44    N        -0.566  -0.552  -0.571  -0.275  -0.254  -0.279  -0.599  -0.580  -0.593
45    E        -0.566  -0.573  -0.586  -0.635  -0.650  -0.626  -0.599  -0.608  -0.612
46    L         0.503   0.459   0.406   0.292   0.233   0.196   0.395   0.322   0.224
47    F         1.762   1.767   1.815   2.313   2.319   2.397   1.885   1.891   1.958
48    Q        -0.566  -0.585  -0.582  -0.777  -0.810  -0.783  -0.599  -0.623  -0.606
49    D        -0.698  -0.695  -0.646  -0.563  -0.554  -0.473  -0.764  -0.760  -0.685
50    N        -0.698  -0.695  -0.646  -0.471  -0.459  -0.381  -0.764  -0.760  -0.685
51    S         1.762   1.767   1.815   2.039   2.039   2.123   1.885   1.891   1.958
52    G        -0.698  -0.695  -0.646  -0.695  -0.671  -0.605  -0.764  -0.760  -0.685
53    A        -0.566  -0.552  -0.571  -0.777  -0.765  -0.743  -0.599  -0.580  -0.593
54    I        -0.566  -0.552  -0.571  -0.181  -0.163  -0.174  -0.599  -0.580  -0.593
55    G        -0.566  -0.590  -0.581  -0.123  -0.154  -0.150  -0.599  -0.628  -0.605
56    G        -0.566  -0.585  -0.582  -0.596  -0.644  -0.620  -0.599  -0.623  -0.606
57    N        -0.566  -0.590  -0.581  -0.429  -0.453  -0.421  -0.599  -0.628  -0.605
58    I        -0.566  -0.534  -0.572  -0.585  -0.515  -0.608  -0.599  -0.557  -0.593
59    V        -1.342  -1.338  -1.290  -1.137  -1.113  -1.046  -1.096  -1.090  -1.015
60    S        -0.566  -0.534  -0.572  -0.618  -0.569  -0.620  -0.599  -0.557  -0.593
61    H        -0.566  -0.534  -0.572  -0.509  -0.462  -0.506  -0.599  -0.557  -0.593
62    D        -1.342  -1.338  -1.290  -1.245  -1.223  -1.153  -1.096  -1.090  -1.015
63    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
64    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
65    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
66    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
67    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
68    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
69    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
70    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
71    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
72    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
73    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
74    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
75    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
76    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
77    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
78    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
79    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
80    D         0.503   0.459   0.406   0.499   0.415   0.316   0.395   0.322   0.224
81    A         0.210   0.213   0.263   0.326   0.328   0.415  -0.102  -0.098  -0.023
82    L         0.503   0.512   0.434   0.262   0.270   0.190   0.395   0.408   0.271
83    L        -0.566  -0.573  -0.586  -0.995  -0.998  -1.003  -0.599  -0.608  -0.612
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85    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
86    N         1.762   1.767   1.815   1.768   1.777   1.853   1.885   1.891   1.958
87    T        -0.698  -0.695  -0.646  -0.744  -0.748  -0.654  -0.764  -0.760  -0.685
88    L         0.337   0.341   0.337   0.170   0.169   0.128   0.119   0.125   0.106
89    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
90    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
91    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
92    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
93    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
94    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
95    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
96    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
97    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
98    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
99    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
100   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
101   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
102   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
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109   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
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112   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
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114   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
115   A        -0.698  -0.695  -0.646  -0.773  -0.760  -0.683  -0.764  -0.760  -0.685
116   I        -0.698  -0.695  -0.646  -0.724  -0.713  -0.634  -0.764  -0.760  -0.685
117   L         1.762   1.767   1.815   1.448   1.449   1.534   1.885   1.891   1.958
118   Q        -0.566  -0.573  -0.586  -0.514  -0.542  -0.581  -0.599  -0.608  -0.612
119   K        -0.566  -0.585  -0.582  -0.836  -0.855  -0.850  -0.599  -0.623  -0.606
120   E        -0.566  -0.552  -0.571  -0.296  -0.268  -0.329  -0.599  -0.580  -0.593
121   L         0.503   0.459   0.406   0.097   0.018  -0.071   0.395   0.322   0.224
122   K        -0.566  -0.552  -0.571  -0.352  -0.303  -0.378  -0.599  -0.580  -0.593
123   S        -0.566  -0.539  -0.563  -0.403  -0.350  -0.405  -0.599  -0.564  -0.582
124   K         0.503   0.459   0.406   0.373   0.298   0.147   0.395   0.322   0.224
125   E        -0.566  -0.590  -0.581  -0.909  -0.959  -0.932  -0.599  -0.628  -0.605
126   Q        -0.566  -0.534  -0.572  -0.714  -0.658  -0.727  -0.599  -0.557  -0.593
127   E         0.503   0.459   0.406   0.283   0.207   0.114   0.395   0.322   0.224
128   I         1.762   1.767   1.815   2.051   2.053   2.135   1.885   1.891   1.958
129   R         0.503   0.459   0.406   0.621   0.561   0.438   0.395   0.322   0.224
130   R        -1.342  -1.338  -1.290  -0.848  -0.827  -0.758  -1.096  -1.090  -1.015
131   L         1.762   1.767   1.815   1.448   1.449   1.534   1.885   1.891   1.958
132   K        -1.342  -1.338  -1.290  -1.401  -1.400  -1.309  -1.096  -1.090  -1.015
133   E        -0.566  -0.573  -0.586  -1.078  -1.120  -1.138  -0.599  -0.608  -0.612
134   V        -0.566  -0.590  -0.581  -0.472  -0.527  -0.529  -0.599  -0.628  -0.605
135   I         0.503   0.512   0.434   0.585   0.596   0.417   0.395   0.408   0.271
136   A        -0.566  -0.573  -0.586  -0.270  -0.288  -0.304  -0.599  -0.608  -0.612
137   L        -0.566  -0.585  -0.582  -0.691  -0.744  -0.785  -0.599  -0.623  -0.606
138   K         0.503   0.512   0.434   0.577   0.603   0.473   0.395   0.408   0.271
139   N         0.503   0.512   0.434   0.540   0.552   0.438   0.395   0.408   0.271
140   K         0.503   0.539   0.427   0.540   0.615   0.414   0.395   0.451   0.259
141   N        -0.566  -0.573  -0.586  -0.618  -0.627  -0.643  -0.599  -0.608  -0.612
142   T        -0.566  -0.534  -0.572  -0.186  -0.132  -0.189  -0.599  -0.557  -0.593
143   E         1.762   1.767   1.815   1.622   1.619   1.707   1.885   1.891   1.958
144   R         0.503   0.459   0.406   0.689   0.629   0.531   0.395   0.322   0.224
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146   N         1.762   1.767   1.815   1.802   1.808   1.887   1.885   1.891   1.958
147   D         1.762   1.767   1.815   1.853   1.851   1.938   1.885   1.891   1.958
148   E         1.762   1.767   1.815   1.622   1.619   1.707   1.885   1.891   1.958
149   L         1.762   1.767   1.815   1.448   1.449   1.534   1.885   1.891   1.958
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159   L         1.762   1.767   1.815   1.448   1.449   1.534   1.885   1.891   1.958
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163   L         0.503   0.459   0.406   0.187   0.116   0.053   0.395   0.322   0.224
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167   K        -0.566  -0.585  -0.582  -0.377  -0.406  -0.413  -0.599  -0.623  -0.606
168   K        -1.342  -1.338  -1.290  -1.204  -1.203  -1.113  -1.096  -1.090  -1.015
169   E         1.762   1.767   1.815   1.622   1.619   1.707   1.885   1.891   1.958
170   H        -0.566  -0.573  -0.586  -0.133  -0.158  -0.175  -0.599  -0.608  -0.612
171   S        -0.566  -0.585  -0.582  -0.579  -0.616  -0.601  -0.599  -0.623  -0.606
172   Q        -0.566  -0.534  -0.572  -0.440  -0.379  -0.428  -0.599  -0.557  -0.593
173   L         1.762   1.767   1.815   1.448   1.449   1.534   1.885   1.891   1.958
174   V        -0.566  -0.539  -0.563  -0.504  -0.456  -0.523  -0.599  -0.564  -0.582
175   A         0.503   0.519   0.420   0.378   0.394   0.264   0.395   0.420   0.247
176   R         1.762   1.767   1.815   1.965   1.983   2.050   1.885   1.891   1.958
177   W         1.762   1.767   1.815   2.336   2.343   2.420   1.885   1.891   1.958
178   L        -0.566  -0.590  -0.581  -0.748  -0.778  -0.718  -0.599  -0.628  -0.605
179   K        -1.342  -1.338  -1.290  -1.730  -1.721  -1.638  -1.096  -1.090  -1.015
180   K         0.503   0.512   0.434   0.540   0.573   0.426   0.395   0.408   0.271
181   T        -0.566  -0.552  -0.571  -0.196  -0.170  -0.196  -0.599  -0.580  -0.593
182   E        -1.342  -1.338  -1.290  -1.415  -1.402  -1.324  -1.096  -1.090  -1.015
183   K        -1.342  -1.338  -1.290  -1.137  -1.113  -1.046  -1.096  -1.090  -1.015
184   E         0.503   0.459   0.406   0.288   0.204   0.120   0.395   0.322   0.224
185   T        -0.566  -0.552  -0.571  -0.196  -0.170  -0.196  -0.599  -0.580  -0.593
186   E         0.210   0.214   0.264  -0.206  -0.216  -0.120  -0.102  -0.096  -0.022
187   A        -0.566  -0.534  -0.572  -0.482  -0.423  -0.475  -0.599  -0.557  -0.593
188   M         0.503   0.459   0.406   0.787   0.695   0.549   0.395   0.322   0.224
189   N         1.762   1.767   1.815   1.802   1.808   1.887   1.885   1.891   1.958
190   S        -1.342  -1.338  -1.290  -1.033  -1.039  -0.942  -1.096  -1.090  -1.015
191   E        -1.342  -1.338  -1.290  -1.258  -1.241  -1.167  -1.096  -1.090  -1.015
192   I        -0.566  -0.585  -0.582  -0.970  -1.007  -0.969  -0.599  -0.623  -0.606
193   D        -0.566  -0.534  -0.572  -0.890  -0.840  -0.896  -0.599  -0.557  -0.593
194   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
195   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
196   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
197   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
198   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
199   G        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
200   T        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
201   K        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
* gap fraction no less than  0.50; conservation set to M-S
  M: mean;  S: standard deviation

al2co - The parameters are:

Input alignment file - ../mafft-mac/clustal/Q03818
Output conservation file - output/Q03818
All 9 methods are used - true 
   1. unweighted entropy measure; 2. Henikoff entropy measure;
   3. independent count entropy measure;
   4. unweighted variance measure; 5. Henikoff variance measure;
   6. independent count variance measure;
   7. unweighted matrix-based sum-of-pairs measure;
   8. Henikoff matrix-based sum-of-pairs measure;
   9. independent count matrix-based sum-of-pairs measure;
Window size - 1
Conservation normalized to zero mean and unity variance
Gap fraction to suppress calculation -  0.50
