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30    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
31    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
32    M         1.705   1.769   1.850   1.850   1.945   2.073   1.878   1.978   2.108
33    S         1.705   1.769   1.850   1.745   1.847   1.969   1.878   1.978   2.108
34    R         0.475   0.529   0.511   0.404   0.483   0.434   0.248   0.331   0.250
35    A         1.705   1.769   1.850   1.603   1.683   1.828   1.878   1.978   2.108
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37    K         1.705   1.769   1.850   1.423   1.528   1.650   1.878   1.978   2.108
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89    S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
90    L        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
91    D        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
92    P        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
93    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
94    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
95    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
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98    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
99    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
100   T        -0.432  -0.407  -0.333  -0.690  -0.650  -0.543  -0.618  -0.583  -0.481
101   K         1.705   1.769   1.850   1.386   1.477   1.613   1.878   1.978   2.108
102   E        -0.374  -0.295  -0.319  -0.545  -0.439  -0.423  -0.563  -0.462  -0.467
103   R        -0.374  -0.221  -0.304  -0.744  -0.513  -0.662  -0.563  -0.341  -0.444
104   K        -0.078  -0.138  -0.249  -0.228  -0.313  -0.477  -0.119  -0.209  -0.363
105   R        -0.374  -0.295  -0.319  -0.542  -0.441  -0.501  -0.563  -0.462  -0.467
106   Y        -1.027  -0.905  -0.915  -1.093  -0.983  -0.887  -1.007  -0.867  -0.830
107   F        -1.502  -1.480  -1.381  -1.372  -1.388  -1.223  -1.229  -1.191  -1.046
108   N         0.779   0.643   0.601   1.045   0.848   0.744   0.769   0.533   0.419
109   M        -1.977  -1.932  -1.791  -1.871  -1.831  -1.615  -1.450  -1.390  -1.213
110   S        -1.502  -1.530  -1.409  -1.177  -1.248  -1.051  -1.229  -1.232  -1.070
111   E         0.862   0.723   0.653   0.742   0.595   0.511   0.900   0.672   0.516
112   H         0.862   0.723   0.653   1.210   1.059   0.957   0.900   0.672   0.516
113   E        -0.259  -0.292  -0.296  -0.543  -0.555  -0.569  -0.404  -0.430  -0.436
114   E        -0.919  -0.820  -0.885  -0.893  -0.735  -0.793  -0.893  -0.794  -0.800
115   Q         1.705   1.769   1.850   1.603   1.682   1.828   1.878   1.978   2.108
116   K        -1.887  -1.834  -1.750  -1.732  -1.644  -1.546  -1.383  -1.320  -1.183
117   E         0.068   0.030  -0.211  -0.010  -0.053  -0.408   0.085   0.039  -0.309
118   L         1.705   1.769   1.850   1.561   1.645   1.786   1.878   1.978   2.108
119   R        -0.259  -0.391  -0.307  -0.432  -0.671  -0.597  -0.404  -0.565  -0.454
120   K        -0.359  -0.418  -0.310  -0.738  -0.739  -0.585  -0.567  -0.607  -0.458
121   K         0.068  -0.141  -0.212  -0.063  -0.367  -0.519   0.085  -0.202  -0.311
122   Y         0.862   0.923   0.646   1.241   1.341   0.976   0.900   0.996   0.503
123   E        -0.666  -0.765  -0.837  -0.786  -0.956  -1.100  -0.567  -0.677  -0.738
124   T        -0.919  -0.711  -0.870  -1.006  -0.723  -0.915  -0.893  -0.646  -0.783
125   M        -0.512  -0.520  -0.382  -0.522  -0.571  -0.385  -0.730  -0.733  -0.548
126   Q         1.705   1.769   1.850   1.603   1.682   1.828   1.878   1.978   2.108
127   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
128   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
129   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
130   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
131   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
132   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
133   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
134   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
135   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
136   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
137   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
138   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
139   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
140   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
141   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
142   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
143   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
144   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
145   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
146   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
147   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
148   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
149   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
150   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
151   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
152   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
153   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
154   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
155   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
156   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
157   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
158   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
159   P         1.705   1.769   1.850   1.906   2.009   2.129   1.878   1.978   2.108
160   L         0.862   0.723   0.653   0.850   0.675   0.576   0.900   0.672   0.516
161   S         0.068  -0.051  -0.190   0.380   0.229   0.046   0.085  -0.081  -0.280
162   G        -0.078  -0.058  -0.251   0.192   0.212  -0.013  -0.119  -0.082  -0.366
163   E         0.779   0.598   0.601   0.568   0.306   0.299   0.769   0.454   0.419
164   V         0.397   0.353   0.450   0.349   0.288   0.413   0.103   0.001   0.131
165   V        -1.027  -1.033  -0.941  -0.868  -0.868  -0.745  -1.007  -0.994  -0.855
166   T        -0.078  -0.058  -0.251   0.046   0.090  -0.276  -0.119  -0.082  -0.366
167   K        -1.027  -0.937  -0.920  -1.189  -1.022  -1.011  -1.007  -0.888  -0.833
168   D        -0.078  -0.230  -0.266   0.216  -0.016  -0.150  -0.119  -0.337  -0.388
169   G        -0.374  -0.284  -0.318  -0.477  -0.381  -0.377  -0.563  -0.447  -0.466
170   E         0.549   0.436   0.491   0.275   0.112   0.192   0.380   0.159   0.212
171   V        -1.144  -1.082  -0.967  -1.369  -1.305  -1.118  -1.118  -1.033  -0.881
172   V         0.280   0.339   0.451   0.143   0.259   0.410  -0.119  -0.027   0.134
173   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
174   K        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
175   E        -0.432  -0.483  -0.365  -0.616  -0.657  -0.475  -0.618  -0.684  -0.525
176   S        -1.602  -1.552  -1.420  -1.739  -1.644  -1.484  -1.317  -1.250  -1.080
177   K        -0.848  -0.866  -0.878  -0.966  -1.012  -1.024  -0.785  -0.794  -0.784
178   K         0.068   0.027  -0.187   0.005  -0.027  -0.344   0.085   0.035  -0.275
* gap fraction no less than  0.50; conservation set to M-S
  M: mean;  S: standard deviation

al2co - The parameters are:

Input alignment file - ../mafft-mac/clustal/Q02771
Output conservation file - output/Q02771
All 9 methods are used - true 
   1. unweighted entropy measure; 2. Henikoff entropy measure;
   3. independent count entropy measure;
   4. unweighted variance measure; 5. Henikoff variance measure;
   6. independent count variance measure;
   7. unweighted matrix-based sum-of-pairs measure;
   8. Henikoff matrix-based sum-of-pairs measure;
   9. independent count matrix-based sum-of-pairs measure;
Window size - 1
Conservation normalized to zero mean and unity variance
Gap fraction to suppress calculation -  0.50
