1     M         1.520   1.534   1.574   1.866   1.892   1.954   1.643   1.661   1.716
2     E        -0.988  -0.953  -0.965  -0.973  -0.905  -0.937  -0.904  -0.863  -0.853
3     H        -1.509  -1.489  -1.434  -1.251  -1.218  -1.140  -1.188  -1.162  -1.080
4     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
5     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
6     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
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9     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
10    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
11    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
12    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
13    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
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16    N        -0.988  -0.971  -0.978  -1.080  -1.112  -1.078  -0.904  -0.882  -0.866
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18    S         0.253   0.249   0.285   0.134   0.110   0.145  -0.055  -0.067  -0.018
19    P         1.520   1.534   1.574   1.866   1.892   1.954   1.643   1.661   1.716
20    L        -0.269  -0.363  -0.397  -0.548  -0.671  -0.674  -0.338  -0.464  -0.506
21    Q         0.253   0.234   0.279   0.014  -0.032   0.038  -0.055  -0.096  -0.031
22    Q        -0.269  -0.272  -0.374  -0.135  -0.143  -0.267  -0.338  -0.344  -0.474
23    E        -1.509  -1.489  -1.434  -1.594  -1.539  -1.480  -1.188  -1.162  -1.080
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25    L         1.520   1.534   1.574   1.140   1.158   1.233   1.643   1.661   1.716
26    D        -0.269  -0.274  -0.369  -0.094  -0.125  -0.281  -0.338  -0.346  -0.468
27    K        -0.988  -1.011  -0.983  -0.933  -0.990  -0.936  -0.904  -0.925  -0.871
28    Y         1.520   1.534   1.574   1.854   1.877   1.942   1.643   1.661   1.716
29    K        -0.988  -1.010  -0.990  -0.933  -0.989  -0.947  -0.904  -0.924  -0.878
30    Q        -1.509  -1.489  -1.434  -1.494  -1.510  -1.381  -1.188  -1.162  -1.080
31    L         1.520   1.534   1.574   1.140   1.158   1.233   1.643   1.661   1.716
32    S        -0.269  -0.185  -0.347  -0.019   0.106  -0.182  -0.338  -0.221  -0.438
33    L        -0.988  -0.971  -0.978  -1.273  -1.219  -1.301  -0.904  -0.882  -0.866
34    D        -1.509  -1.489  -1.434  -1.263  -1.245  -1.151  -1.188  -1.162  -1.080
35    L         0.578   0.533   0.442   0.278   0.216   0.118   0.511   0.434   0.266
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38    L         1.520   1.534   1.574   1.140   1.158   1.233   1.643   1.661   1.716
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45    L         1.520   1.534   1.574   1.140   1.158   1.233   1.643   1.661   1.716
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54    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
55    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
56    Q        -0.548  -0.530  -0.479  -0.947  -0.929  -0.838  -0.716  -0.688  -0.614
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70    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
71    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
72    V        -0.269  -0.299  -0.369  -0.297  -0.336  -0.423  -0.338  -0.379  -0.468
73    S        -0.269  -0.253  -0.357  -0.420  -0.397  -0.569  -0.338  -0.318  -0.451
74    P         0.578   0.509   0.424   0.980   0.880   0.744   0.511   0.394   0.233
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77    E        -0.466  -0.492  -0.447  -0.445  -0.484  -0.410  -0.621  -0.644  -0.576
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80    Q        -0.466  -0.414  -0.432  -0.528  -0.429  -0.464  -0.621  -0.556  -0.558
81    E        -0.269  -0.363  -0.397  -0.153  -0.291  -0.324  -0.338  -0.464  -0.506
82    M         0.253   0.234   0.279   0.083  -0.027   0.014  -0.055  -0.096  -0.031
83    R         1.520   1.534   1.574   1.809   1.841   1.897   1.643   1.661   1.716
84    D        -0.269  -0.299  -0.369  -0.179  -0.223  -0.321  -0.338  -0.379  -0.468
85    I         0.253   0.234   0.279  -0.001  -0.102  -0.061  -0.055  -0.096  -0.031
86    E         1.520   1.534   1.574   1.540   1.568   1.631   1.643   1.661   1.716
87    V        -0.269  -0.363  -0.397   0.048  -0.084  -0.134  -0.338  -0.464  -0.506
88    K         1.520   1.534   1.574   1.624   1.656   1.713   1.643   1.661   1.716
89    I         0.578   0.533   0.442   0.876   0.816   0.666   0.511   0.434   0.266
90    G         0.253   0.264   0.297   0.165   0.178   0.213  -0.055  -0.038   0.004
91    L         1.520   1.534   1.574   1.140   1.158   1.233   1.643   1.661   1.716
92    V         1.520   1.534   1.574   1.729   1.756   1.818   1.643   1.661   1.716
93    G        -0.988  -1.010  -0.990  -0.662  -0.679  -0.675  -0.904  -0.924  -0.878
94    T         1.520   1.534   1.574   1.763   1.788   1.852   1.643   1.661   1.716
95    L         1.520   1.534   1.574   1.140   1.158   1.233   1.643   1.661   1.716
96    L        -0.269  -0.363  -0.397  -0.448  -0.553  -0.533  -0.338  -0.464  -0.506
97    K         1.520   1.534   1.574   1.624   1.656   1.713   1.643   1.661   1.716
98    G         0.578   0.533   0.442   0.914   0.843   0.713   0.511   0.434   0.266
99    S         0.578   0.509   0.424   0.533   0.440   0.325   0.511   0.394   0.233
100   V         1.520   1.534   1.574   1.729   1.756   1.818   1.643   1.661   1.716
101   Y         1.520   1.534   1.574   1.854   1.877   1.942   1.643   1.661   1.716
102   S         1.520   1.534   1.574   1.406   1.436   1.498   1.643   1.661   1.716
103   L         0.578   0.533   0.442   0.252   0.188   0.077   0.511   0.434   0.266
104   I        -0.466  -0.492  -0.447  -0.248  -0.269  -0.196  -0.621  -0.644  -0.576
105   L         0.578   0.654   0.453   0.252   0.352   0.093   0.511   0.630   0.286
106   Q         1.520   1.534   1.574   1.540   1.567   1.631   1.643   1.661   1.716
107   R        -0.988  -1.011  -0.983  -0.729  -0.767  -0.744  -0.904  -0.925  -0.871
108   K        -0.988  -0.893  -0.954  -0.967  -0.818  -0.915  -0.904  -0.793  -0.841
109   Q        -0.988  -1.010  -0.990  -0.879  -0.924  -0.863  -0.904  -0.924  -0.878
110   E        -0.269  -0.185  -0.347  -0.076   0.059  -0.217  -0.338  -0.221  -0.438
111   Q        -0.269  -0.253  -0.357  -0.047  -0.024  -0.131  -0.338  -0.318  -0.451
112   E        -1.509  -1.489  -1.434  -1.345  -1.292  -1.232  -1.188  -1.162  -1.080
113   S        -1.509  -1.489  -1.434  -1.573  -1.593  -1.460  -1.188  -1.162  -1.080
114   L        -0.437  -0.424  -0.421  -0.483  -0.435  -0.482  -0.568  -0.550  -0.538
115   G        -0.548  -0.538  -0.479  -0.588  -0.575  -0.481  -0.716  -0.699  -0.614
116   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
117   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
118   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
119   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
120   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
121   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
122   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
123   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
124   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
125   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
126   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
127   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
128   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
129   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
130   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
131   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
132   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
133   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
134   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
135   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
136   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
137   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
138   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
139   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
140   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
141   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
142   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
143   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
144   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
145   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
146   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
147   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
148   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
149   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
150   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
151   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
152   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
153   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
154   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
155   S        -0.988  -0.959  -0.969  -0.725  -0.689  -0.709  -0.904  -0.868  -0.857
156   N        -0.988  -1.026  -0.985  -0.958  -0.993  -0.916  -0.904  -0.939  -0.874
157   S        -1.509  -1.489  -1.434  -1.494  -1.448  -1.381  -1.188  -1.162  -1.080
158   K        -1.509  -1.489  -1.434  -1.500  -1.386  -1.387  -1.188  -1.162  -1.080
* gap fraction no less than  0.50; conservation set to M-S
  M: mean;  S: standard deviation

al2co - The parameters are:

Input alignment file - ../mafft-mac/clustal/P69850
Output conservation file - output/P69850
All 9 methods are used - true 
   1. unweighted entropy measure; 2. Henikoff entropy measure;
   3. independent count entropy measure;
   4. unweighted variance measure; 5. Henikoff variance measure;
   6. independent count variance measure;
   7. unweighted matrix-based sum-of-pairs measure;
   8. Henikoff matrix-based sum-of-pairs measure;
   9. independent count matrix-based sum-of-pairs measure;
Window size - 1
Conservation normalized to zero mean and unity variance
Gap fraction to suppress calculation -  0.50
