1     M         1.841   1.845   1.868   2.353   2.361   2.395   1.975   1.979   2.009
2     S         0.197   0.180   0.159   0.367   0.344   0.321   0.062   0.035   0.000
3     S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
4     T        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
5     S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
6     D        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
7     N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
8     N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
9     A        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
10    N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
11    S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
12    A        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
13    R         0.050   0.052   0.070   0.141   0.144   0.174  -0.177  -0.175  -0.146
14    E         0.197   0.180   0.159   0.092   0.066   0.037   0.062   0.035   0.000
15    K        -0.998  -0.996  -0.982  -1.212  -1.181  -1.184  -0.895  -0.891  -0.864
16    K         1.841   1.845   1.868   1.285   1.295   1.323   1.975   1.979   2.009
17    P        -0.998  -0.996  -0.982  -0.877  -0.885  -0.848  -0.895  -0.891  -0.864
18    L         0.197   0.180   0.159   0.355   0.334   0.311   0.062   0.035   0.000
19    K        -0.998  -0.996  -0.982  -1.202  -1.176  -1.175  -0.895  -0.891  -0.864
20    F         1.841   1.845   1.868   2.262   2.269   2.304   1.975   1.979   2.009
21    V         0.197   0.180   0.159   0.537   0.513   0.484   0.062   0.035   0.000
22    S        -0.998  -0.996  -0.982  -1.221  -1.227  -1.194  -0.895  -0.891  -0.864
23    E         1.841   1.845   1.868   1.716   1.723   1.755   1.975   1.979   2.009
24    G         1.841   1.845   1.868   2.223   2.232   2.264   1.975   1.979   2.009
25    V        -0.998  -0.996  -0.982  -0.800  -0.807  -0.771  -0.895  -0.891  -0.864
26    G         0.197   0.186   0.162   0.655   0.642   0.605   0.062   0.045   0.006
27    N         0.197   0.232   0.178   0.483   0.540   0.450   0.062   0.119   0.031
28    V         0.197   0.180   0.159   0.392   0.362   0.318   0.062   0.035   0.000
29    E         1.841   1.845   1.868   1.716   1.723   1.755   1.975   1.979   2.009
30    A        -0.998  -0.996  -0.982  -1.108  -1.124  -1.080  -0.895  -0.891  -0.864
31    Q         1.841   1.845   1.868   1.926   1.928   1.967   1.975   1.979   2.009
32    R         0.197   0.186   0.162   0.190   0.168   0.130   0.062   0.045   0.006
33    I        -0.998  -0.996  -0.982  -0.885  -0.897  -0.856  -0.895  -0.891  -0.864
34    R         0.197   0.180   0.159   0.235   0.204   0.175   0.062   0.035   0.000
35    E         1.841   1.845   1.868   1.716   1.723   1.755   1.975   1.979   2.009
36    Q         0.197   0.186   0.162   0.157   0.132   0.085   0.062   0.045   0.006
37    V         0.197   0.186   0.162   0.549   0.534   0.503   0.062   0.045   0.006
38    E        -0.998  -0.996  -0.982  -0.809  -0.794  -0.779  -0.895  -0.891  -0.864
39    Q         0.197   0.180   0.159   0.228   0.192   0.159   0.062   0.035   0.000
40    K        -0.998  -0.996  -0.982  -1.231  -1.201  -1.204  -0.895  -0.891  -0.864
41    K        -0.998  -0.996  -0.982  -0.972  -0.939  -0.944  -0.895  -0.891  -0.864
42    Y        -0.998  -0.996  -0.982  -0.345  -0.340  -0.314  -0.895  -0.891  -0.864
43    E         1.841   1.845   1.868   1.716   1.723   1.755   1.975   1.979   2.009
44    A        -0.998  -0.996  -0.982  -0.660  -0.665  -0.631  -0.895  -0.891  -0.864
45    E         1.841   1.845   1.868   1.671   1.677   1.710   1.975   1.979   2.009
46    Y         0.050   0.052   0.070   0.220   0.223   0.254  -0.177  -0.175  -0.146
47    K         1.841   1.845   1.868   1.263   1.268   1.300   1.975   1.979   2.009
48    R         0.050   0.052   0.070  -0.504  -0.503  -0.473  -0.177  -0.175  -0.146
49    K        -0.998  -0.996  -0.982  -1.212  -1.183  -1.184  -0.895  -0.891  -0.864
50    T         0.197   0.186   0.162   0.459   0.442   0.407   0.062   0.045   0.006
51    R         1.841   1.845   1.868   1.871   1.874   1.911   1.975   1.979   2.009
52    K         1.841   1.845   1.868   1.285   1.295   1.323   1.975   1.979   2.009
53    S         0.197   0.186   0.162   0.292   0.275   0.241   0.062   0.045   0.006
54    L         1.841   1.845   1.868   1.871   1.880   1.911   1.975   1.979   2.009
55    R         0.197   0.180   0.159   0.190   0.158   0.124   0.062   0.035   0.000
56    D         1.841   1.845   1.868   2.143   2.148   2.185   1.975   1.979   2.009
57    Q         1.841   1.845   1.868   1.926   1.928   1.967   1.975   1.979   2.009
58    L         1.841   1.845   1.868   1.871   1.880   1.911   1.975   1.979   2.009
59    R         1.841   1.845   1.868   1.871   1.874   1.911   1.975   1.979   2.009
60    S        -0.998  -0.996  -0.982  -0.851  -0.847  -0.822  -0.895  -0.891  -0.864
61    N         1.841   1.845   1.868   1.995   2.001   2.036   1.975   1.979   2.009
62    A         0.197   0.180   0.159   0.513   0.482   0.438   0.062   0.035   0.000
63    I         0.197   0.180   0.159   0.228   0.188   0.116   0.062   0.035   0.000
64    S         0.197   0.232   0.178  -0.362  -0.308  -0.386   0.062   0.119   0.031
65    K         1.841   1.845   1.868   1.285   1.295   1.323   1.975   1.979   2.009
66    Q         0.197   0.180   0.159   0.228   0.192   0.159   0.062   0.035   0.000
67    K         0.197   0.180   0.159  -0.347  -0.371  -0.395   0.062   0.035   0.000
68    Q         0.197   0.186   0.162  -0.036  -0.066  -0.135   0.062   0.045   0.006
69    Y        -0.998  -0.996  -0.982  -0.488  -0.488  -0.457  -0.895  -0.891  -0.864
70    N         0.197   0.180   0.159   0.317   0.285   0.250   0.062   0.035   0.000
71    G         0.197   0.232   0.178   0.342   0.389   0.323   0.062   0.119   0.031
72    L        -0.998  -0.996  -0.982  -1.062  -1.062  -1.034  -0.895  -0.891  -0.864
73    V        -0.998  -0.996  -0.982  -0.717  -0.718  -0.688  -0.895  -0.891  -0.864
74    R        -0.998  -0.996  -0.982  -1.127  -1.130  -1.099  -0.895  -0.891  -0.864
75    D         0.197   0.232   0.178   0.164   0.212   0.144   0.062   0.119   0.031
76    R        -0.998  -0.996  -0.982  -1.212  -1.218  -1.184  -0.895  -0.891  -0.864
77    E        -0.998  -0.996  -0.982  -1.400  -1.395  -1.373  -0.895  -0.891  -0.864
78    S         0.197   0.186   0.162  -0.063  -0.089  -0.162   0.062   0.045   0.006
79    F         0.197   0.186   0.162   0.537   0.518   0.467   0.062   0.045   0.006
80    T         0.197   0.186   0.162   0.410   0.391   0.351   0.062   0.045   0.006
81    R         0.197   0.186   0.162   0.203   0.179   0.145   0.062   0.045   0.006
82    L         0.197   0.180   0.159   0.286   0.263   0.233   0.062   0.035   0.000
83    S         1.841   1.845   1.868   1.899   1.905   1.939   1.975   1.979   2.009
84    K         0.197   0.180   0.159  -0.311  -0.330  -0.353   0.062   0.035   0.000
85    E         0.197   0.180   0.159   0.164   0.140   0.119   0.062   0.035   0.000
86    D         0.197   0.186   0.162   0.361   0.337   0.284   0.062   0.045   0.006
87    L         0.197   0.186   0.162   0.267   0.252   0.217   0.062   0.045   0.006
88    E        -0.998  -0.996  -0.982  -0.920  -0.910  -0.891  -0.895  -0.891  -0.864
89    F        -0.998  -0.996  -0.982  -0.236  -0.229  -0.204  -0.895  -0.891  -0.864
90    Y        -0.998  -0.996  -0.982  -0.323  -0.319  -0.292  -0.895  -0.891  -0.864
91    Q        -0.998  -0.996  -0.982  -1.250  -1.257  -1.223  -0.895  -0.891  -0.864
92    K         0.197   0.186   0.162  -0.460  -0.475  -0.518   0.062   0.045   0.006
93    S        -0.998  -0.996  -0.982  -0.834  -0.826  -0.805  -0.895  -0.891  -0.864
94    K         0.197   0.186   0.162  -0.460  -0.475  -0.518   0.062   0.045   0.006
95    N        -0.998  -0.996  -0.982  -1.289  -1.297  -1.262  -0.895  -0.891  -0.864
96    E        -0.998  -0.996  -0.982  -0.842  -0.829  -0.813  -0.895  -0.891  -0.864
97    L        -0.998  -0.996  -0.982  -1.099  -1.100  -1.071  -0.895  -0.891  -0.864
98    L         0.197   0.186   0.162   0.105   0.087   0.034   0.062   0.045   0.006
99    K        -0.998  -0.996  -0.982  -1.451  -1.431  -1.425  -0.895  -0.891  -0.864
100   K         0.197   0.186   0.162  -0.460  -0.475  -0.518   0.062   0.045   0.006
101   E        -0.998  -0.996  -0.982  -0.885  -0.871  -0.856  -0.895  -0.891  -0.864
102   K        -0.998  -0.996  -0.982  -1.339  -1.318  -1.312  -0.895  -0.891  -0.864
103   E        -0.998  -0.996  -0.982  -1.017  -1.009  -0.989  -0.895  -0.891  -0.864
104   L         0.197   0.180   0.159   0.361   0.341   0.318   0.062   0.035   0.000
105   N        -0.998  -0.996  -0.982  -0.783  -0.783  -0.754  -0.895  -0.891  -0.864
106   N         0.197   0.232   0.178   0.286   0.337   0.256   0.062   0.119   0.031
107   Y        -0.998  -0.996  -0.982  -0.214  -0.208  -0.183  -0.895  -0.891  -0.864
108   L        -0.998  -0.996  -0.982  -0.488  -0.472  -0.457  -0.895  -0.891  -0.864
109   D        -0.998  -0.996  -0.982  -1.289  -1.308  -1.262  -0.895  -0.891  -0.864
110   V        -0.998  -0.996  -0.982  -0.669  -0.671  -0.639  -0.895  -0.891  -0.864
111   K         0.197   0.180   0.159  -0.460  -0.484  -0.523   0.062   0.035   0.000
112   A        -0.998  -0.996  -0.982  -0.701  -0.710  -0.671  -0.895  -0.891  -0.864
113   I        -0.998  -0.996  -0.982  -0.542  -0.543  -0.512  -0.895  -0.891  -0.864
114   N         0.197   0.186   0.162   0.222   0.200   0.148   0.062   0.045   0.006
115   F        -0.998  -0.996  -0.982  -0.503  -0.507  -0.473  -0.895  -0.891  -0.864
116   E         0.197   0.180   0.159   0.032   0.003  -0.032   0.062   0.035   0.000
117   K         1.841   1.845   1.868   1.285   1.295   1.323   1.975   1.979   2.009
118   K         0.197   0.180   0.159  -0.347  -0.371  -0.395   0.062   0.035   0.000
119   K        -0.998  -0.996  -0.982  -1.379  -1.354  -1.353  -0.895  -0.891  -0.864
120   K         0.197   0.232   0.178  -0.036   0.039  -0.095   0.062   0.119   0.031
121   A        -0.998  -0.996  -0.982  -0.742  -0.751  -0.713  -0.895  -0.891  -0.864
122   L         1.841   1.845   1.868   1.871   1.880   1.911   1.975   1.979   2.009
123   L         0.197   0.180   0.159   0.203   0.174   0.139   0.062   0.035   0.000
124   M        -0.998  -0.996  -0.982  -0.644  -0.659  -0.615  -0.895  -0.891  -0.864
125   E        -0.998  -0.996  -0.982  -0.851  -0.838  -0.822  -0.895  -0.891  -0.864
126   N         0.197   0.232   0.178   0.260   0.315   0.231   0.062   0.119   0.031
127   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
128   D         0.197   0.180   0.159   0.513   0.484   0.451   0.062   0.035   0.000
129   S        -0.998  -0.996  -0.982  -1.090  -1.087  -1.062  -0.895  -0.891  -0.864
130   T        -0.998  -0.996  -0.982  -0.937  -0.946  -0.909  -0.895  -0.891  -0.864
131   T        -0.998  -0.996  -0.982  -0.565  -0.560  -0.535  -0.895  -0.891  -0.864
132   N        -0.998  -0.996  -0.982  -0.589  -0.581  -0.559  -0.895  -0.891  -0.864
133   T        -0.998  -0.996  -0.982  -1.155  -1.163  -1.127  -0.895  -0.891  -0.864
134   E        -0.998  -0.996  -0.982  -1.212  -1.208  -1.184  -0.895  -0.891  -0.864
135   K        -0.998  -0.996  -0.982  -1.145  -1.121  -1.118  -0.895  -0.891  -0.864
136   Y        -0.998  -0.996  -0.982  -0.488  -0.489  -0.457  -0.895  -0.891  -0.864
137   L         0.197   0.180   0.159   0.330   0.309   0.283   0.062   0.035   0.000
138   E         0.197   0.232   0.178   0.131   0.196   0.090   0.062   0.119   0.031
139   T        -0.998  -0.996  -0.982  -1.221  -1.236  -1.194  -0.895  -0.891  -0.864
140   G         0.197   0.232   0.178   0.453   0.504   0.432   0.062   0.119   0.031
141   T        -0.998  -0.996  -0.982  -0.677  -0.678  -0.647  -0.895  -0.891  -0.864
142   S        -0.998  -0.996  -0.982  -0.669  -0.660  -0.639  -0.895  -0.891  -0.864
143   L        -0.998  -0.996  -0.982  -0.717  -0.706  -0.688  -0.895  -0.891  -0.864
144   G         0.197   0.180   0.159   0.667   0.644   0.613   0.062   0.035   0.000
145   S         0.197   0.180   0.159   0.292   0.265   0.236   0.062   0.035   0.000
146   K        -0.998  -0.996  -0.982  -1.221  -1.193  -1.194  -0.895  -0.891  -0.864
147   T        -0.998  -0.996  -0.982  -0.767  -0.765  -0.738  -0.895  -0.891  -0.864
148   Q        -0.998  -0.996  -0.982  -1.339  -1.355  -1.312  -0.895  -0.891  -0.864
149   I         0.197   0.232   0.178   0.537   0.591   0.513   0.062   0.119   0.031
150   K        -0.998  -0.996  -0.982  -1.145  -1.118  -1.118  -0.895  -0.891  -0.864
151   G        -0.998  -0.996  -0.982  -1.127  -1.144  -1.099  -0.895  -0.891  -0.864
152   V        -0.998  -0.996  -0.982  -1.212  -1.222  -1.184  -0.895  -0.891  -0.864
153   K         0.197   0.186   0.162  -0.253  -0.262  -0.284   0.062   0.045   0.006
154   T         0.197   0.186   0.162   0.098   0.073  -0.003   0.062   0.045   0.006
155   S         0.197   0.186   0.162   0.260   0.242   0.206   0.062   0.045   0.006
156   S        -0.998  -0.996  -0.982  -1.270  -1.273  -1.243  -0.895  -0.891  -0.864
157   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
158   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
159   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
160   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
161   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
162   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
163   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
164   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
165   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
166   P        -0.998  -0.996  -0.982  -0.669  -0.678  -0.639  -0.895  -0.891  -0.864
167   K         0.197   0.186   0.162  -0.377  -0.392  -0.424   0.062   0.045   0.006
168   P         1.841   1.845   1.868   2.249   2.255   2.291   1.975   1.979   2.009
169   K         0.197   0.186   0.162  -0.377  -0.392  -0.424   0.062   0.045   0.006
170   I         0.050   0.052   0.070   0.165   0.167   0.198  -0.177  -0.175  -0.146
171   K         0.050   0.052   0.070  -0.341  -0.340  -0.310  -0.177  -0.175  -0.146
172   V         1.841   1.845   1.868   2.109   2.117   2.151   1.975   1.979   2.009
173   S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
174   I         0.050   0.052   0.070   0.470   0.473   0.504  -0.177  -0.175  -0.146
175   K         1.841   1.845   1.868   1.323   1.328   1.361   1.975   1.979   2.009
176   K         1.841   1.845   1.868   1.323   1.328   1.361   1.975   1.979   2.009
177   L         0.050   0.052   0.070   0.016   0.019   0.049  -0.177  -0.175  -0.146
178   G         0.050   0.052   0.070   0.315   0.318   0.349  -0.177  -0.175  -0.146
179   R         1.841   1.845   1.868   1.930   1.937   1.970   1.975   1.979   2.009
180   K         0.050   0.052   0.070  -0.367  -0.366  -0.336  -0.177  -0.175  -0.146
181   L         0.050   0.052   0.070  -0.012  -0.010   0.021  -0.177  -0.175  -0.146
182   E         0.197   0.232   0.178  -0.460  -0.399  -0.492   0.062   0.119   0.031
183   N         0.197   0.232   0.178  -0.311  -0.261  -0.330   0.062   0.119   0.031
* gap fraction no less than  0.50; conservation set to M-S
  M: mean;  S: standard deviation

al2co - The parameters are:

Input alignment file - ../mafft-mac/clustal/P53913
Output conservation file - output/P53913
All 9 methods are used - true 
   1. unweighted entropy measure; 2. Henikoff entropy measure;
   3. independent count entropy measure;
   4. unweighted variance measure; 5. Henikoff variance measure;
   6. independent count variance measure;
   7. unweighted matrix-based sum-of-pairs measure;
   8. Henikoff matrix-based sum-of-pairs measure;
   9. independent count matrix-based sum-of-pairs measure;
Window size - 1
Conservation normalized to zero mean and unity variance
Gap fraction to suppress calculation -  0.50
