1     M         1.973   1.979   2.000   2.351   2.364   2.394   2.138   2.146   2.174
2     V        -1.004  -1.001  -0.990  -1.106  -1.108  -1.078  -0.889  -0.882  -0.861
3     R         0.095   0.097   0.114   0.145   0.149   0.178  -0.132  -0.128  -0.102
4     P         0.095   0.097   0.114  -0.101  -0.097  -0.069  -0.132  -0.128  -0.102
5     Q        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
6     N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
7     V         0.095   0.097   0.114  -0.513  -0.510  -0.482  -0.132  -0.128  -0.102
8     H         0.095   0.097   0.114   0.260   0.266   0.294  -0.132  -0.128  -0.102
9     W         0.095   0.097   0.114   0.321   0.326   0.355  -0.132  -0.128  -0.102
10    F         0.248   0.218   0.206   0.298   0.244   0.211   0.120   0.072   0.050
11    I        -1.004  -1.001  -0.990  -1.489  -1.484  -1.463  -0.889  -0.882  -0.861
12    A        -1.004  -1.001  -0.990  -1.270  -1.281  -1.243  -0.889  -0.882  -0.861
13    T        -1.004  -1.001  -0.990  -0.895  -0.878  -0.867  -0.889  -0.882  -0.861
14    I         0.248   0.218   0.206  -0.060  -0.111  -0.140   0.120   0.072   0.050
15    V        -1.004  -1.001  -0.990  -1.489  -1.492  -1.463  -0.889  -0.882  -0.861
16    F        -1.004  -1.001  -0.990  -0.719  -0.705  -0.689  -0.889  -0.882  -0.861
17    F         0.248   0.218   0.206   0.207   0.144   0.107   0.120   0.072   0.050
18    I        -1.004  -1.001  -0.990  -0.791  -0.760  -0.762  -0.889  -0.882  -0.861
19    G        -1.004  -1.001  -0.990  -0.791  -0.789  -0.762  -0.889  -0.882  -0.861
20    F        -1.004  -1.001  -0.990  -1.262  -1.269  -1.235  -0.889  -0.882  -0.861
21    V         0.248   0.249   0.220   0.253   0.253   0.227   0.120   0.122   0.073
22    H         0.248   0.218   0.206   0.448   0.394   0.364   0.120   0.072   0.050
23    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
24    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
25    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
26    A         0.248   0.249   0.220   0.465   0.470   0.425   0.120   0.122   0.073
27    N         1.973   1.979   2.000   2.208   2.218   2.250   2.138   2.146   2.174
28    T         1.973   1.979   2.000   1.874   1.885   1.914   2.138   2.146   2.174
29    E         1.973   1.979   2.000   2.184   2.193   2.225   2.138   2.146   2.174
30    S         0.248   0.289   0.233   0.073   0.143   0.047   0.120   0.187   0.095
31    I        -1.004  -1.001  -0.990  -1.245  -1.245  -1.218  -0.889  -0.882  -0.861
32    L        -1.004  -1.001  -0.990  -0.911  -0.886  -0.882  -0.889  -0.882  -0.861
33    Y        -1.004  -1.001  -0.990  -0.933  -0.937  -0.905  -0.889  -0.882  -0.861
34    K        -1.004  -1.001  -0.990  -0.619  -0.611  -0.589  -0.889  -0.882  -0.861
35    V         0.248   0.218   0.206  -0.042  -0.098  -0.126   0.120   0.072   0.050
36    P         1.973   1.979   2.000   2.123   2.136   2.164   2.138   2.146   2.174
37    H        -1.004  -1.001  -0.990  -0.619  -0.614  -0.589  -0.889  -0.882  -0.861
38    N        -1.004  -1.001  -0.990  -0.619  -0.608  -0.589  -0.889  -0.882  -0.861
39    F         1.973   1.979   2.000   2.160   2.172   2.201   2.138   2.146   2.174
40    P         1.973   1.979   2.000   2.084   2.095   2.126   2.138   2.146   2.174
41    L         0.095   0.097   0.114  -0.101  -0.097  -0.069  -0.132  -0.128  -0.102
42    K         0.095   0.097   0.114  -0.154  -0.150  -0.123  -0.132  -0.128  -0.102
43    K         0.095   0.097   0.114   0.030   0.035   0.062  -0.132  -0.128  -0.102
44    P         1.973   1.979   2.000   2.084   2.095   2.126   2.138   2.146   2.174
45    R        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
46    D         0.095   0.097   0.114   0.248   0.253   0.282  -0.132  -0.128  -0.102
47    S         0.095   0.097   0.114  -0.203  -0.199  -0.171  -0.132  -0.128  -0.102
48    S         1.973   1.979   2.000   1.918   1.928   1.959   2.138   2.146   2.174
49    T        -1.004  -1.001  -0.990  -1.011  -0.994  -0.982  -0.889  -0.882  -0.861
50    Y         0.248   0.218   0.206   0.230   0.162   0.129   0.120   0.072   0.050
51    A        -1.004  -1.001  -0.990  -1.114  -1.117  -1.086  -0.889  -0.882  -0.861
52    R         0.248   0.249   0.220   0.454   0.457   0.406   0.120   0.122   0.073
53    D        -1.004  -1.001  -0.990  -0.633  -0.621  -0.603  -0.889  -0.882  -0.861
54    V         0.248   0.249   0.220  -0.103  -0.107  -0.167   0.120   0.122   0.073
55    N        -1.004  -1.001  -0.990  -0.654  -0.643  -0.625  -0.889  -0.882  -0.861
56    L        -1.004  -1.001  -0.990  -1.003  -0.982  -0.975  -0.889  -0.882  -0.861
57    I         0.248   0.218   0.206   0.001  -0.046  -0.071   0.120   0.072   0.050
58    S        -1.004  -1.001  -0.990  -0.806  -0.794  -0.777  -0.889  -0.882  -0.861
59    S         0.248   0.249   0.220   0.241   0.244   0.200   0.120   0.122   0.073
60    I         1.973   1.979   2.000   1.864   1.873   1.904   2.138   2.146   2.174
61    S         0.095   0.097   0.114  -0.411  -0.408  -0.381  -0.132  -0.128  -0.102
62    L         0.095   0.097   0.114  -0.149  -0.145  -0.117  -0.132  -0.128  -0.102
63    S         0.095   0.097   0.114  -0.004   0.001   0.028  -0.132  -0.128  -0.102
64    G         0.095   0.097   0.114  -0.149  -0.145  -0.117  -0.132  -0.128  -0.102
65    E         1.973   1.979   2.000   2.149   2.159   2.190   2.138   2.146   2.174
66    A         0.095   0.097   0.114   0.174   0.179   0.207  -0.132  -0.128  -0.102
67    M         0.095   0.097   0.114   0.136   0.141   0.169  -0.132  -0.128  -0.102
68    S        -1.004  -1.001  -0.990  -0.828  -0.814  -0.799  -0.889  -0.882  -0.861
69    Q        -1.004  -1.001  -0.990  -0.835  -0.841  -0.807  -0.889  -0.882  -0.861
70    I        -1.004  -1.001  -0.990  -1.347  -1.338  -1.321  -0.889  -0.882  -0.861
71    T         0.248   0.218   0.206   0.073   0.023  -0.001   0.120   0.072   0.050
72    I        -1.004  -1.001  -0.990  -0.880  -0.854  -0.852  -0.889  -0.882  -0.861
73    E        -1.004  -1.001  -0.990  -0.661  -0.655  -0.632  -0.889  -0.882  -0.861
74    A        -1.004  -1.001  -0.990  -1.138  -1.139  -1.110  -0.889  -0.882  -0.861
75    N         0.248   0.249   0.220   0.310   0.313   0.246   0.120   0.122   0.073
76    T         0.248   0.218   0.206   0.073   0.023  -0.001   0.120   0.072   0.050
77    T         1.973   1.979   2.000   1.874   1.885   1.914   2.138   2.146   2.174
78    D        -1.004  -1.001  -0.990  -0.769  -0.768  -0.740  -0.889  -0.882  -0.861
79    L         1.973   1.979   2.000   1.740   1.749   1.779   2.138   2.146   2.174
80    E        -1.004  -1.001  -0.990  -0.661  -0.653  -0.632  -0.889  -0.882  -0.861
81    L        -1.004  -1.001  -0.990  -1.050  -1.025  -1.022  -0.889  -0.882  -0.861
82    H         0.248   0.249   0.220   0.546   0.550   0.500   0.120   0.122   0.073
83    N         0.095   0.097   0.114   0.157   0.162   0.190  -0.132  -0.128  -0.102
84    T         0.095   0.097   0.114  -0.061  -0.057  -0.029  -0.132  -0.128  -0.102
85    T         1.973   1.979   2.000   1.869   1.879   1.909   2.138   2.146   2.174
86    Y        -1.004  -1.001  -0.990  -0.911  -0.917  -0.882  -0.889  -0.882  -0.861
87    I         0.248   0.249   0.220  -0.060  -0.056  -0.114   0.120   0.122   0.073
88    E         1.973   1.979   2.000   2.184   2.193   2.225   2.138   2.146   2.174
89    L         0.248   0.218   0.206  -0.184  -0.242  -0.261   0.120   0.072   0.050
90    A        -1.004  -1.001  -0.990  -0.880  -0.870  -0.852  -0.889  -0.882  -0.861
91    D        -1.004  -1.001  -0.990  -0.777  -0.777  -0.747  -0.889  -0.882  -0.861
92    L         0.248   0.218   0.206   0.001  -0.043  -0.050   0.120   0.072   0.050
93    Q        -1.004  -1.001  -0.990  -0.515  -0.506  -0.485  -0.889  -0.882  -0.861
94    R        -1.004  -1.001  -0.990  -0.806  -0.809  -0.777  -0.889  -0.882  -0.861
95    D        -1.004  -1.001  -0.990  -0.633  -0.624  -0.603  -0.889  -0.882  -0.861
96    E         0.248   0.218   0.206   0.321   0.264   0.233   0.120   0.072   0.050
97    T         0.248   0.249   0.220   0.190   0.193   0.153   0.120   0.122   0.073
98    Y         0.248   0.218   0.206   0.230   0.162   0.129   0.120   0.072   0.050
99    Q        -1.004  -1.001  -0.990  -0.536  -0.530  -0.506  -0.889  -0.882  -0.861
100   I         0.248   0.289   0.233  -0.042   0.032  -0.073   0.120   0.187   0.095
101   K         0.248   0.218   0.206   0.470   0.423   0.404   0.120   0.072   0.050
102   V         0.248   0.249   0.220  -0.042  -0.041  -0.099   0.120   0.122   0.073
103   C         0.248   0.218   0.206   0.567   0.510   0.480   0.120   0.072   0.050
104   W         1.973   1.979   2.000   2.375   2.384   2.417   2.138   2.146   2.174
105   S         0.248   0.289   0.233   0.073   0.143   0.047   0.120   0.187   0.095
106   A         0.248   0.249   0.220   0.465   0.470   0.425   0.120   0.122   0.073
107   I         0.248   0.218   0.206   0.090   0.052   0.031   0.120   0.072   0.050
108   H         0.248   0.289   0.233   0.492   0.558   0.474   0.120   0.187   0.095
109   P         0.248   0.218   0.206   0.443   0.401   0.382   0.120   0.072   0.050
110   I         0.248   0.218   0.206   0.108   0.068   0.052   0.120   0.072   0.050
111   S         1.973   1.979   2.000   1.962   1.971   2.003   2.138   2.146   2.174
112   I         0.248   0.249   0.220  -0.140  -0.137  -0.203   0.120   0.122   0.073
113   N         0.248   0.249   0.220   0.481   0.483   0.436   0.120   0.122   0.073
114   N        -1.004  -1.001  -0.990  -0.813  -0.809  -0.784  -0.889  -0.882  -0.861
115   L         0.248   0.249   0.220  -0.203  -0.204  -0.257   0.120   0.122   0.073
116   Q        -1.004  -1.001  -0.990  -0.563  -0.556  -0.533  -0.889  -0.882  -0.861
117   T        -1.004  -1.001  -0.990  -0.813  -0.795  -0.784  -0.889  -0.882  -0.861
118   I        -1.004  -1.001  -0.990  -1.171  -1.166  -1.143  -0.889  -0.882  -0.861
119   T        -1.004  -1.001  -0.990  -1.212  -1.213  -1.184  -0.889  -0.882  -0.861
120   I         1.973   1.979   2.000   1.797   1.811   1.837   2.138   2.146   2.174
121   P         0.248   0.218   0.206   0.264   0.211   0.178   0.120   0.072   0.050
122   R        -1.004  -1.001  -0.990  -0.619  -0.612  -0.589  -0.889  -0.882  -0.861
123   F        -1.004  -1.001  -0.990  -0.654  -0.646  -0.625  -0.889  -0.882  -0.861
124   T         0.248   0.218   0.206   0.224   0.187   0.172   0.120   0.072   0.050
125   E         0.248   0.249   0.220   0.304   0.304   0.243   0.120   0.122   0.073
126   F         0.248   0.218   0.206   0.281   0.224   0.192   0.120   0.072   0.050
127   Q        -1.004  -1.001  -0.990  -0.828  -0.837  -0.799  -0.889  -0.882  -0.861
128   G         0.248   0.218   0.206   0.399   0.341   0.309   0.120   0.072   0.050
129   T         0.248   0.218   0.206   0.149   0.106   0.086   0.120   0.072   0.050
130   K        -1.004  -1.001  -0.990  -0.873  -0.865  -0.844  -0.889  -0.882  -0.861
131   S         1.973   1.979   2.000   1.962   1.971   2.003   2.138   2.146   2.174
132   D        -1.004  -1.001  -0.990  -0.865  -0.857  -0.837  -0.889  -0.882  -0.861
133   Y        -1.004  -1.001  -0.990  -0.626  -0.619  -0.596  -0.889  -0.882  -0.861
134   A         0.248   0.289   0.233   0.161   0.227   0.141   0.120   0.187   0.095
135   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
136   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
137   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
138   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
139   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
140   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
141   R         0.248   0.218   0.206   0.481   0.433   0.413   0.120   0.072   0.050
142   I        -1.004  -1.001  -0.990  -1.270  -1.267  -1.243  -0.889  -0.882  -0.861
143   L        -1.004  -1.001  -0.990  -1.220  -1.201  -1.193  -0.889  -0.882  -0.861
144   V         0.248   0.249   0.220  -0.042  -0.041  -0.099   0.120   0.122   0.073
145   T        -1.004  -1.001  -0.990  -1.195  -1.182  -1.168  -0.889  -0.882  -0.861
146   F         0.248   0.249   0.220   0.264   0.270   0.202   0.120   0.122   0.073
147   Q        -1.004  -1.001  -0.990  -0.626  -0.622  -0.596  -0.889  -0.882  -0.861
148   V         0.248   0.249   0.220  -0.005  -0.006  -0.058   0.120   0.122   0.073
149   L        -1.004  -1.001  -0.990  -1.203  -1.195  -1.176  -0.889  -0.882  -0.861
150   S        -1.004  -1.001  -0.990  -0.880  -0.866  -0.852  -0.889  -0.882  -0.861
151   D         1.973   1.979   2.000   2.172   2.183   2.213   2.138   2.146   2.174
152   S         1.973   1.979   2.000   1.962   1.971   2.003   2.138   2.146   2.174
153   Y         1.973   1.979   2.000   2.184   2.192   2.225   2.138   2.146   2.174
154   P         1.973   1.979   2.000   2.123   2.136   2.164   2.138   2.146   2.174
155   S        -1.004  -1.001  -0.990  -1.400  -1.406  -1.373  -0.889  -0.882  -0.861
156   E         0.248   0.289   0.233  -0.011   0.043  -0.026   0.120   0.187   0.095
157   H        -1.004  -1.001  -0.990  -0.570  -0.564  -0.540  -0.889  -0.882  -0.861
158   A         0.248   0.289   0.233   0.432   0.502   0.409   0.120   0.187   0.095
159   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
160   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
161   M        -1.004  -1.001  -0.990  -0.791  -0.803  -0.762  -0.889  -0.882  -0.861
162   V         0.248   0.218   0.206   0.132   0.087   0.072   0.120   0.072   0.050
163   P        -1.004  -1.001  -0.990  -0.711  -0.701  -0.682  -0.889  -0.882  -0.861
164   I         0.248   0.289   0.233  -0.042   0.032  -0.073   0.120   0.187   0.095
165   Q        -1.004  -1.001  -0.990  -0.654  -0.649  -0.625  -0.889  -0.882  -0.861
166   V         0.248   0.218   0.206  -0.042  -0.098  -0.126   0.120   0.072   0.050
167   S         0.248   0.218   0.206   0.270   0.225   0.210   0.120   0.072   0.050
168   L         0.248   0.218   0.206  -0.203  -0.259  -0.282   0.120   0.072   0.050
169   I        -1.004  -1.001  -0.990  -0.941  -0.918  -0.913  -0.889  -0.882  -0.861
170   T        -1.004  -1.001  -0.990  -1.090  -1.074  -1.062  -0.889  -0.882  -0.861
171   T         0.248   0.249   0.220  -0.005  -0.001  -0.063   0.120   0.122   0.073
172   R        -1.004  -1.001  -0.990  -0.690  -0.684  -0.660  -0.889  -0.882  -0.861
173   L         1.973   1.979   2.000   1.667   1.671   1.706   2.138   2.146   2.174
174   G         1.973   1.979   2.000   2.268   2.278   2.310   2.138   2.146   2.174
175   I         0.248   0.218   0.206  -0.140  -0.198  -0.232   0.120   0.072   0.050
176   P         0.248   0.218   0.206   0.264   0.211   0.178   0.120   0.072   0.050
177   V         0.248   0.218   0.206   0.037  -0.016  -0.036   0.120   0.072   0.050
178   D         1.973   1.979   2.000   2.172   2.183   2.213   2.138   2.146   2.174
179   I        -1.004  -1.001  -0.990  -1.130  -1.126  -1.102  -0.889  -0.882  -0.861
180   Y         1.973   1.979   2.000   2.184   2.192   2.225   2.138   2.146   2.174
181   P        -1.004  -1.001  -0.990  -1.074  -1.079  -1.046  -0.889  -0.882  -0.861
182   T        -1.004  -1.001  -0.990  -1.003  -0.976  -0.975  -0.889  -0.882  -0.861
183   L         0.248   0.218   0.206  -0.203  -0.259  -0.282   0.120   0.072   0.050
184   I        -1.004  -1.001  -0.990  -0.956  -0.932  -0.928  -0.889  -0.882  -0.861
185   V         0.248   0.289   0.233   0.304   0.379   0.270   0.120   0.187   0.095
186   M         0.248   0.289   0.233   0.073   0.122   0.064   0.120   0.187   0.095
187   V        -1.004  -1.001  -0.990  -1.162  -1.154  -1.135  -0.889  -0.882  -0.861
188   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
189   L         0.248   0.289   0.233  -0.103  -0.029  -0.139   0.120   0.187   0.095
190   L         1.973   1.979   2.000   1.667   1.671   1.706   2.138   2.146   2.174
191   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
192   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
193   V         0.248   0.289   0.233  -0.060   0.015  -0.090   0.120   0.187   0.095
194   A        -1.004  -1.001  -0.990  -0.704  -0.702  -0.675  -0.889  -0.882  -0.861
195   G        -1.004  -1.001  -0.990  -0.647  -0.642  -0.618  -0.889  -0.882  -0.861
196   L         0.248   0.249   0.220  -0.203  -0.204  -0.257   0.120   0.122   0.073
197   V         0.248   0.249   0.220   0.037   0.035  -0.012   0.120   0.122   0.073
198   V         0.248   0.249   0.220   0.132   0.132   0.093   0.120   0.122   0.073
199   T        -1.004  -1.001  -0.990  -1.347  -1.341  -1.321  -0.889  -0.882  -0.861
200   R         0.248   0.218   0.206   0.525   0.481   0.462   0.120   0.072   0.050
201   A         0.248   0.218   0.206   0.465   0.422   0.403   0.120   0.072   0.050
202   P        -1.004  -1.001  -0.990  -0.835  -0.818  -0.807  -0.889  -0.882  -0.861
203   H        -1.004  -1.001  -0.990  -0.640  -0.636  -0.610  -0.889  -0.882  -0.861
204   V        -1.004  -1.001  -0.990  -1.262  -1.264  -1.235  -0.889  -0.882  -0.861
205   L         0.248   0.249   0.220  -0.023  -0.024  -0.058   0.120   0.122   0.073
206   N        -1.004  -1.001  -0.990  -0.740  -0.740  -0.711  -0.889  -0.882  -0.861
207   D        -1.004  -1.001  -0.990  -1.042  -1.039  -1.014  -0.889  -0.882  -0.861
208   L         1.973   1.979   2.000   1.667   1.671   1.706   2.138   2.146   2.174
209   L         0.095   0.097   0.114  -0.101  -0.097  -0.069  -0.132  -0.128  -0.102
210   L         0.095   0.097   0.114  -0.319  -0.315  -0.288  -0.132  -0.128  -0.102
211   K         0.095   0.097   0.114   0.170   0.175   0.203  -0.132  -0.128  -0.102
212   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
213   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
214   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
215   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
216   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
217   F        -1.004  -1.001  -0.990  -1.018  -1.030  -0.990  -0.889  -0.882  -0.861
* gap fraction no less than  0.50; conservation set to M-S
  M: mean;  S: standard deviation

al2co - The parameters are:

Input alignment file - ../mafft-mac/clustal/P53896
Output conservation file - output/P53896
All 9 methods are used - true 
   1. unweighted entropy measure; 2. Henikoff entropy measure;
   3. independent count entropy measure;
   4. unweighted variance measure; 5. Henikoff variance measure;
   6. independent count variance measure;
   7. unweighted matrix-based sum-of-pairs measure;
   8. Henikoff matrix-based sum-of-pairs measure;
   9. independent count matrix-based sum-of-pairs measure;
Window size - 1
Conservation normalized to zero mean and unity variance
Gap fraction to suppress calculation -  0.50
