1     M         1.288   1.294   1.379   1.466   1.473   1.596   1.385   1.391   1.523
2     T        -0.552  -0.617  -0.496  -0.822  -0.926  -0.745  -0.756  -0.846  -0.678
3     G        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
4     E        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
5     R        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
6     I        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
7     E        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
8     K        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
9     V        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
10    K        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
11    I        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
12    N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
13    D        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
14    E        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
15    F        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
16    A        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
17    K        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
18    S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
19    H        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
20    F        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
21    L        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
22    T        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
23    T        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
24    Q        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
25    W        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
26    R        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
27    E        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
28    T        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
29    K        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
30    R        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
31    Q        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
32    R        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
33    H        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
34    Y        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
35    K        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
36    M        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
37    P        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
38    V        -0.403  -0.422  -0.429  -0.562  -0.587  -0.607  -0.572  -0.593  -0.594
39    T         0.562   0.597   0.376   0.662   0.704   0.379   0.546   0.597   0.208
40    E        -0.972  -0.968  -0.949  -1.093  -1.073  -1.007  -0.991  -0.981  -0.917
41    Q        -0.121  -0.113  -0.348   0.063   0.076  -0.288  -0.153  -0.143  -0.474
42    G        -1.323  -1.371  -1.344  -1.143  -1.209  -1.138  -1.131  -1.178  -1.102
43    L         0.562   0.597   0.376   0.563   0.608   0.318   0.546   0.597   0.208
44    R        -0.403  -0.436  -0.440  -0.397  -0.452  -0.494  -0.572  -0.615  -0.609
45    E        -0.621  -0.618  -0.495  -0.897  -0.901  -0.699  -0.852  -0.847  -0.678
46    R        -1.455  -1.460  -1.357  -1.520  -1.522  -1.360  -1.271  -1.271  -1.114
47    I         0.080   0.091   0.197  -0.230  -0.208  -0.041  -0.293  -0.273  -0.125
48    E        -0.972  -0.940  -0.936  -1.042  -1.017  -0.941  -0.991  -0.966  -0.906
49    S        -1.323  -1.338  -1.314  -1.204  -1.237  -1.230  -1.131  -1.145  -1.075
50    A        -1.323  -1.335  -1.330  -1.191  -1.220  -1.283  -1.131  -1.143  -1.090
51    I         0.080   0.076   0.195  -0.230  -0.236  -0.045  -0.293  -0.302  -0.129
52    P        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
53    Q        -0.972  -0.924  -0.927  -0.853  -0.785  -0.789  -0.991  -0.941  -0.898
54    V        -0.403  -0.447  -0.443  -0.584  -0.643  -0.617  -0.572  -0.624  -0.610
55    Y        -1.323  -1.272  -1.339  -0.919  -0.846  -0.985  -1.131  -1.078  -1.098
56    H         0.229   0.272   0.277   0.243   0.320   0.282  -0.013   0.061   0.027
57    I        -0.121  -0.203  -0.360  -0.132  -0.254  -0.507  -0.153  -0.266  -0.491
58    I        -1.104  -1.121  -0.985  -1.227  -1.251  -1.049  -1.131  -1.141  -0.956
59    V         0.562   0.502   0.355   0.526   0.443   0.228   0.546   0.450   0.171
60    T         0.229   0.272   0.277   0.135   0.208   0.182  -0.013   0.061   0.027
61    D         1.288   1.294   1.379   1.345   1.350   1.480   1.385   1.391   1.523
62    L        -0.972  -0.985  -0.958  -0.889  -0.904  -0.892  -0.991  -1.003  -0.927
63    S         1.288   1.294   1.379   1.212   1.219   1.353   1.385   1.391   1.523
64    Y        -0.403  -0.447  -0.443  -0.294  -0.350  -0.328  -0.572  -0.624  -0.610
65    G         1.288   1.294   1.379   1.312   1.318   1.448   1.385   1.391   1.523
66    C         1.288   1.294   1.379   1.458   1.459   1.588   1.385   1.391   1.523
67    G         1.288   1.294   1.379   1.312   1.318   1.448   1.385   1.391   1.523
68    Q         0.562   0.536   0.369   0.711   0.675   0.402   0.546   0.503   0.196
69    S         0.080   0.105   0.205  -0.275  -0.223  -0.070  -0.293  -0.247  -0.109
70    F         1.288   1.294   1.379   1.369   1.374   1.503   1.385   1.391   1.523
71    D        -0.972  -0.948  -0.959  -1.006  -0.953  -0.988  -0.991  -0.959  -0.928
72    I        -0.121  -0.174  -0.339  -0.122  -0.199  -0.452  -0.153  -0.226  -0.462
73    V        -0.621  -0.598  -0.493  -0.929  -0.890  -0.725  -0.852  -0.820  -0.675
74    V         0.080   0.076   0.195  -0.229  -0.242  -0.050  -0.293  -0.302  -0.129
75    V         1.288   1.294   1.379   1.178   1.180   1.320   1.385   1.391   1.523
76    S         1.288   1.294   1.379   1.212   1.219   1.353   1.385   1.391   1.523
77    D        -0.972  -0.918  -0.932  -0.774  -0.701  -0.709  -0.991  -0.935  -0.902
78    F        -2.156  -2.143  -1.958  -1.937  -1.919  -1.647  -1.550  -1.538  -1.323
79    F         1.288   1.294   1.379   1.369   1.374   1.503   1.385   1.391   1.523
80    Q        -0.972  -0.926  -0.933  -1.061  -0.995  -0.992  -0.991  -0.942  -0.905
81    G         1.288   1.294   1.379   1.312   1.318   1.448   1.385   1.391   1.523
82    K         1.288   1.294   1.379   1.195   1.199   1.337   1.385   1.391   1.523
83    S         0.562   0.535   0.371   0.719   0.679   0.422   0.546   0.501   0.199
84    K         0.562   0.536   0.369   0.536   0.500   0.251   0.546   0.503   0.196
85    L         0.562   0.604   0.376   0.543   0.599   0.278   0.546   0.609   0.208
86    M        -1.323  -1.327  -1.309  -1.064  -1.078  -1.103  -1.131  -1.136  -1.070
87    R         1.288   1.294   1.379   1.394   1.399   1.526   1.385   1.391   1.523
88    S        -0.403  -0.447  -0.443  -0.305  -0.360  -0.359  -0.572  -0.624  -0.610
89    R         1.288   1.294   1.379   1.394   1.399   1.526   1.385   1.391   1.523
90    A        -0.121  -0.203  -0.360  -0.115  -0.230  -0.492  -0.153  -0.266  -0.491
91    V         1.288   1.294   1.379   1.178   1.180   1.320   1.385   1.391   1.523
92    N         1.288   1.294   1.379   1.378   1.380   1.511   1.385   1.391   1.523
93    K        -1.455  -1.429  -1.360  -1.417  -1.396  -1.278  -1.271  -1.245  -1.117
94    A        -0.121  -0.049  -0.335  -0.158  -0.058  -0.495  -0.153  -0.054  -0.456
95    V         0.562   0.535   0.371   0.531   0.494   0.242   0.546   0.501   0.199
96    K         0.562   0.502   0.355   0.528   0.444   0.209   0.546   0.450   0.171
97    E         0.562   0.609   0.377   0.542   0.599   0.297   0.546   0.616   0.211
98    E         1.288   1.294   1.379   1.178   1.183   1.320   1.385   1.391   1.523
99    L        -0.403  -0.447  -0.443  -0.535  -0.598  -0.615  -0.572  -0.624  -0.610
100   Q         0.562   0.535   0.371   0.531   0.495   0.282   0.546   0.501   0.199
101   E        -1.805  -1.819  -1.687  -1.700  -1.708  -1.509  -1.411  -1.418  -1.240
102   I         1.288   1.294   1.379   1.254   1.261   1.393   1.385   1.391   1.523
103   H         1.288   1.294   1.379   1.426   1.433   1.557   1.385   1.391   1.523
104   A         1.288   1.294   1.379   1.161   1.165   1.304   1.385   1.391   1.523
105   F         0.562   0.536   0.369   0.762   0.729   0.518   0.546   0.503   0.196
106   S        -0.489  -0.521  -0.459  -0.625  -0.663  -0.548  -0.712  -0.741  -0.635
107   C        -0.489  -0.500  -0.465  -0.443  -0.454  -0.413  -0.712  -0.719  -0.642
108   K         1.288   1.294   1.379   1.195   1.199   1.337   1.385   1.391   1.523
109   C        -0.754  -0.667  -0.892  -0.477  -0.350  -0.749  -0.712  -0.606  -0.853
110   Y        -0.621  -0.598  -0.493  -0.524  -0.484  -0.345  -0.852  -0.820  -0.675
111   T         0.562   0.604   0.376   0.662   0.714   0.379   0.546   0.609   0.208
112   E        -0.972  -0.985  -0.958  -0.833  -0.853  -0.844  -0.991  -1.003  -0.927
113   E        -0.972  -0.986  -0.945  -0.971  -0.986  -0.882  -0.991  -1.003  -0.915
114   E         1.288   1.294   1.379   1.178   1.183   1.320   1.385   1.391   1.523
115   W         0.562   0.536   0.369   0.910   0.875   0.647   0.546   0.503   0.196
116   S        -1.455  -1.443  -1.356  -1.554  -1.527  -1.380  -1.271  -1.259  -1.113
117   K        -0.403  -0.420  -0.421  -0.606  -0.620  -0.639  -0.572  -0.582  -0.579
118   I        -0.972  -0.948  -0.959  -0.992  -0.951  -0.984  -0.991  -0.959  -0.928
119   V        -1.455  -1.445  -1.361  -1.538  -1.532  -1.365  -1.271  -1.260  -1.118
120   -        -0.394  -0.365  -0.433  -0.469  -0.423  -0.591  -0.533  -0.494  -0.593
121   V        -1.805  -1.793  -1.678  -1.751  -1.734  -1.542  -1.411  -1.398  -1.233
122   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
123   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
124   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
125   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
126   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
127   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
128   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
129   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
130   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
131   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
132   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
133   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
134   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
135   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
136   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
137   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
138   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
139   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
140   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
141   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
142   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
143   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
144   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
* gap fraction no less than  0.50; conservation set to M-S
  M: mean;  S: standard deviation

al2co - The parameters are:

Input alignment file - ../mafft-mac/clustal/P53082
Output conservation file - output/P53082
All 9 methods are used - true 
   1. unweighted entropy measure; 2. Henikoff entropy measure;
   3. independent count entropy measure;
   4. unweighted variance measure; 5. Henikoff variance measure;
   6. independent count variance measure;
   7. unweighted matrix-based sum-of-pairs measure;
   8. Henikoff matrix-based sum-of-pairs measure;
   9. independent count matrix-based sum-of-pairs measure;
Window size - 1
Conservation normalized to zero mean and unity variance
Gap fraction to suppress calculation -  0.50
