1     M         1.813   1.838   1.877   2.244   2.289   2.357   2.004   2.042   2.100
2     A        -1.202  -1.198  -1.168  -1.015  -0.988  -0.958  -1.027  -1.016  -0.964
3     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
4     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
5     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
6     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
7     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
8     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
9     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
10    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
11    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
12    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
13    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
14    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
15    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
16    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
17    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
18    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
19    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
20    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
21    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
22    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
23    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
24    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
25    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
26    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
27    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
28    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
29    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
30    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
31    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
32    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
33    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
34    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
35    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
36    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
37    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
38    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
39    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
40    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
41    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
42    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
43    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
44    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
45    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
46    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
47    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
48    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
49    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
50    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
51    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
52    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
53    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
54    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
55    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
56    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
57    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
58    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
59    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
60    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
61    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
62    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
63    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
64    G        -0.576  -0.572  -0.536  -0.666  -0.676  -0.603  -0.690  -0.680  -0.624
65    D         0.429   0.409   0.420   0.553   0.526   0.546   0.208   0.169   0.178
66    S        -0.576  -0.572  -0.536  -0.753  -0.757  -0.692  -0.690  -0.680  -0.624
67    I        -1.202  -1.198  -1.168  -1.031  -1.018  -0.974  -1.027  -1.016  -0.964
68    S        -1.202  -1.198  -1.168  -1.244  -1.249  -1.192  -1.027  -1.016  -0.964
69    A         0.306   0.317   0.355   0.189   0.206   0.261  -0.017   0.001   0.059
70    D        -1.202  -1.198  -1.168  -1.007  -0.978  -0.950  -1.027  -1.016  -0.964
71    G        -1.202  -1.198  -1.168  -0.953  -0.959  -0.895  -1.027  -1.016  -0.964
72    T        -0.448  -0.379  -0.449  -0.402  -0.296  -0.390  -0.522  -0.423  -0.510
73    G         1.813   1.838   1.877   2.174   2.219   2.285   2.004   2.042   2.100
74    V        -0.448  -0.379  -0.449  -0.844  -0.755  -0.833  -0.522  -0.423  -0.510
75    H         1.813   1.838   1.877   2.244   2.280   2.357   2.004   2.042   2.100
76    P         1.813   1.838   1.877   2.244   2.290   2.357   2.004   2.042   2.100
77    V         0.306   0.322   0.360   0.263   0.287   0.352  -0.017   0.011   0.066
78    E         1.813   1.838   1.877   1.749   1.772   1.852   2.004   2.042   2.100
79    L         1.813   1.838   1.877   1.402   1.441   1.500   2.004   2.042   2.100
80    S        -0.448  -0.497  -0.486  -0.308  -0.360  -0.325  -0.522  -0.582  -0.559
81    V         0.590   0.526   0.505   0.793   0.701   0.663   0.489   0.377   0.331
82    Y         0.590   0.526   0.505   0.997   0.907   0.877   0.489   0.377   0.331
83    S         1.813   1.838   1.877   1.794   1.838   1.899   2.004   2.042   2.100
84    V        -0.448  -0.455  -0.464  -0.844  -0.851  -0.848  -0.522  -0.528  -0.530
85    L         0.590   0.643   0.533   0.170   0.251   0.082   0.489   0.576   0.380
86    S         0.590   0.526   0.505   0.584   0.495   0.456   0.489   0.377   0.331
87    T        -1.202  -1.198  -1.168  -0.915  -0.887  -0.857  -1.027  -1.016  -0.964
88    D        -0.448  -0.497  -0.486  -0.199  -0.251  -0.238  -0.522  -0.582  -0.559
89    L         1.813   1.838   1.877   1.402   1.441   1.500   2.004   2.042   2.100
90    D         0.590   0.592   0.520   0.661   0.663   0.518   0.489   0.490   0.357
91    G        -1.202  -1.198  -1.168  -0.870  -0.852  -0.811  -1.027  -1.016  -0.964
92    L         0.590   0.592   0.520   0.175   0.177   0.069   0.489   0.490   0.357
93    Y         1.813   1.838   1.877   2.174   2.220   2.285   2.004   2.042   2.100
94    Q         0.590   0.526   0.505   0.774   0.659   0.601   0.489   0.377   0.331
95    S        -0.448  -0.467  -0.471  -0.459  -0.481  -0.484  -0.522  -0.544  -0.539
96    I         0.590   0.526   0.505   0.857   0.761   0.745   0.489   0.377   0.331
97    N         0.590   0.526   0.505   0.760   0.640   0.587   0.489   0.377   0.331
98    E         0.590   0.526   0.505   0.313   0.161   0.102   0.489   0.377   0.331
99    L         1.813   1.838   1.877   1.402   1.441   1.500   2.004   2.042   2.100
100   R         0.590   0.526   0.505   0.756   0.670   0.634   0.489   0.377   0.331
101   E         0.590   0.526   0.505   0.545   0.440   0.420   0.489   0.377   0.331
102   S         1.813   1.838   1.877   1.794   1.838   1.899   2.004   2.042   2.100
103   Q         1.813   1.838   1.877   2.103   2.153   2.213   2.004   2.042   2.100
104   A         0.590   0.526   0.505   0.921   0.834   0.795   0.489   0.377   0.331
105   L        -0.448  -0.497  -0.486  -0.844  -0.899  -0.867  -0.522  -0.582  -0.559
106   L         1.813   1.838   1.877   1.402   1.441   1.500   2.004   2.042   2.100
107   I         0.590   0.526   0.505   0.584   0.439   0.372   0.489   0.377   0.331
108   L         0.590   0.526   0.505   0.218   0.131   0.106   0.489   0.377   0.331
109   M        -0.448  -0.379  -0.449  -0.289  -0.182  -0.282  -0.522  -0.423  -0.510
110   L         1.813   1.838   1.877   1.402   1.441   1.500   2.004   2.042   2.100
111   R         0.590   0.592   0.520   0.685   0.691   0.564   0.489   0.490   0.357
112   K        -1.202  -1.198  -1.168  -1.244  -1.283  -1.192  -1.027  -1.016  -0.964
113   V        -0.448  -0.497  -0.486  -0.571  -0.666  -0.688  -0.522  -0.582  -0.559
114   R         0.590   0.526   0.505   0.618   0.501   0.447   0.489   0.377   0.331
115   D         0.590   0.592   0.520   0.661   0.663   0.518   0.489   0.490   0.357
116   K        -1.202  -1.198  -1.168  -1.127  -1.112  -1.072  -1.027  -1.016  -0.964
117   L         0.590   0.592   0.520   0.287   0.295   0.215   0.489   0.490   0.357
118   R         0.306   0.322   0.360   0.178   0.203   0.266  -0.017   0.011   0.066
119   R        -1.202  -1.198  -1.168  -1.537  -1.505  -1.489  -1.027  -1.016  -0.964
120   E         0.590   0.526   0.505   0.603   0.505   0.499   0.489   0.377   0.331
121   G        -1.202  -1.198  -1.168  -0.863  -0.863  -0.804  -1.027  -1.016  -0.964
122   Q        -1.202  -1.198  -1.168  -1.143  -1.141  -1.089  -1.027  -1.016  -0.964
123   V        -0.448  -0.427  -0.449  -0.605  -0.544  -0.638  -0.522  -0.488  -0.510
124   L        -0.448  -0.497  -0.486  -0.844  -0.899  -0.867  -0.522  -0.582  -0.559
125   Y        -1.202  -1.198  -1.168  -0.747  -0.751  -0.686  -1.027  -1.016  -0.964
126   D         0.590   0.592   0.520   0.727   0.733   0.606   0.489   0.490   0.357
127   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
128   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
129   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
130   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
131   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
132   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
133   P        -1.202  -1.198  -1.168  -1.046  -1.061  -0.990  -1.027  -1.016  -0.964
134   E        -1.202  -1.198  -1.168  -0.968  -0.959  -0.911  -1.027  -1.016  -0.964
135   P        -0.448  -0.414  -0.455  -0.525  -0.493  -0.529  -0.522  -0.471  -0.518
136   F        -1.202  -1.198  -1.168  -1.086  -1.103  -1.031  -1.027  -1.016  -0.964
137   K        -0.448  -0.497  -0.486  -0.414  -0.511  -0.488  -0.522  -0.582  -0.559
138   P        -0.448  -0.455  -0.464  -0.229  -0.266  -0.261  -0.522  -0.528  -0.530
139   T        -0.448  -0.427  -0.449  -0.277  -0.247  -0.290  -0.522  -0.488  -0.510
140   M        -0.448  -0.414  -0.455   0.004   0.058  -0.005  -0.522  -0.471  -0.518
141   D        -1.202  -1.198  -1.168  -1.152  -1.144  -1.097  -1.027  -1.016  -0.964
142   K        -0.448  -0.427  -0.449  -0.498  -0.468  -0.515  -0.522  -0.488  -0.510
143   L        -0.448  -0.467  -0.471  -0.844  -0.865  -0.855  -0.522  -0.544  -0.539
144   A        -1.202  -1.198  -1.168  -0.961  -0.952  -0.903  -1.027  -1.016  -0.964
145   D        -1.202  -1.198  -1.168  -1.152  -1.175  -1.097  -1.027  -1.016  -0.964
146   L         1.813   1.838   1.877   1.402   1.441   1.500   2.004   2.042   2.100
147   S        -1.202  -1.198  -1.168  -1.253  -1.250  -1.200  -1.027  -1.016  -0.964
148   A        -0.448  -0.414  -0.455  -0.259  -0.214  -0.260  -0.522  -0.471  -0.518
149   R         0.590   0.592   0.520   0.685   0.691   0.564   0.489   0.490   0.357
150   V         0.306   0.317   0.355  -0.184  -0.182  -0.124  -0.017   0.001   0.059
151   R        -1.202  -1.198  -1.168  -1.127  -1.119  -1.072  -1.027  -1.016  -0.964
152   I        -0.448  -0.379  -0.449  -0.339  -0.226  -0.343  -0.522  -0.423  -0.510
153   L        -1.202  -1.198  -1.168  -1.270  -1.223  -1.218  -1.027  -1.016  -0.964
154   S        -1.202  -1.198  -1.168  -1.404  -1.390  -1.354  -1.027  -1.016  -0.964
155   Q        -0.448  -0.379  -0.449  -0.571  -0.443  -0.595  -0.522  -0.423  -0.510
156   R         0.590   0.526   0.505   0.632   0.526   0.467   0.489   0.377   0.331
157   Y         0.306   0.317   0.355  -0.044  -0.044   0.015  -0.017   0.001   0.059
158   E        -0.448  -0.467  -0.471  -0.571  -0.614  -0.604  -0.522  -0.544  -0.539
159   E        -0.448  -0.379  -0.449  -0.479  -0.363  -0.493  -0.522  -0.423  -0.510
160   L        -0.448  -0.497  -0.486  -0.729  -0.773  -0.732  -0.522  -0.582  -0.559
161   Q         0.429   0.463   0.435   0.332   0.376   0.342   0.208   0.266   0.205
162   G        -0.576  -0.568  -0.536  -0.417  -0.394  -0.350  -0.690  -0.674  -0.624
163   N         0.429   0.463   0.435   0.448   0.511   0.456   0.208   0.266   0.205
164   A        -0.448  -0.379  -0.449  -0.364  -0.238  -0.371  -0.522  -0.423  -0.510
165   R        -1.202  -1.198  -1.168  -1.219  -1.217  -1.166  -1.027  -1.016  -0.964
166   A        -1.202  -1.198  -1.168  -1.046  -1.047  -0.990  -1.027  -1.016  -0.964
167   L        -0.448  -0.497  -0.486  -0.722  -0.756  -0.724  -0.522  -0.582  -0.559
168   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
169   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
170   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
171   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
172   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
173   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
174   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
175   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
176   N         0.306   0.316   0.355   0.167   0.195   0.250  -0.017  -0.001   0.058
177   N        -0.448  -0.379  -0.449  -0.598  -0.498  -0.601  -0.522  -0.423  -0.510
* gap fraction no less than  0.50; conservation set to M-S
  M: mean;  S: standard deviation

al2co - The parameters are:

Input alignment file - ../mafft-mac/clustal/P48232
Output conservation file - output/P48232
All 9 methods are used - true 
   1. unweighted entropy measure; 2. Henikoff entropy measure;
   3. independent count entropy measure;
   4. unweighted variance measure; 5. Henikoff variance measure;
   6. independent count variance measure;
   7. unweighted matrix-based sum-of-pairs measure;
   8. Henikoff matrix-based sum-of-pairs measure;
   9. independent count matrix-based sum-of-pairs measure;
Window size - 1
Conservation normalized to zero mean and unity variance
Gap fraction to suppress calculation -  0.50
