1     M         1.697   1.706   1.762   2.020   2.036   2.126   1.873   1.886   1.970
2     T        -0.497  -0.489  -0.458  -0.657  -0.649  -0.606  -0.633  -0.621  -0.563
3     D         0.656   0.666   0.520   0.670   0.689   0.454   0.620   0.636   0.375
4     E        -0.466  -0.461  -0.452  -0.628  -0.630  -0.641  -0.574  -0.567  -0.547
5     -         0.373   0.385   0.389  -0.045  -0.025  -0.024   0.133   0.153   0.137
6     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
7     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
8     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
9     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
10    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
11    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
12    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
13    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
14    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
15    L        -0.588  -0.582  -0.514  -0.422  -0.416  -0.312  -0.737  -0.727  -0.628
16    K        -0.466  -0.507  -0.462  -0.788  -0.855  -0.782  -0.574  -0.628  -0.561
17    S        -0.497  -0.450  -0.464  -0.715  -0.633  -0.679  -0.633  -0.578  -0.570
18    Y         1.697   1.706   1.762   1.880   1.896   1.986   1.873   1.886   1.970
19    E        -0.280  -0.290  -0.371  -0.196  -0.207  -0.344  -0.320  -0.332  -0.438
20    A        -0.497  -0.485  -0.464  -0.724  -0.718  -0.687  -0.633  -0.615  -0.570
21    L         0.656   0.675   0.536   0.731   0.756   0.579   0.620   0.651   0.403
22    K         1.697   1.706   1.762   1.460   1.465   1.567   1.873   1.886   1.970
23    A        -1.074  -1.039  -1.054  -1.219  -1.186  -1.178  -0.946  -0.905  -0.896
24    E        -0.497  -0.486  -0.468  -0.732  -0.714  -0.709  -0.633  -0.615  -0.573
25    L         1.697   1.706   1.762   1.657   1.669   1.764   1.873   1.886   1.970
26    K        -0.280  -0.297  -0.379  -0.335  -0.366  -0.446  -0.320  -0.341  -0.449
27    K        -1.074  -1.039  -1.054  -1.127  -1.059  -1.112  -0.946  -0.905  -0.896
28    S        -1.651  -1.641  -1.572  -1.642  -1.609  -1.528  -1.259  -1.247  -1.148
29    L         0.297   0.282   0.331   0.184   0.162   0.247  -0.006  -0.037   0.030
30    Q        -1.651  -1.641  -1.572  -1.385  -1.374  -1.273  -1.259  -1.247  -1.148
31    D        -0.497  -0.486  -0.468  -0.841  -0.838  -0.803  -0.633  -0.615  -0.573
32    R         0.297   0.332   0.371   0.044   0.081   0.157  -0.006   0.056   0.105
33    R        -0.280  -0.238  -0.363  -0.399  -0.359  -0.509  -0.320  -0.263  -0.427
34    E        -0.280  -0.313  -0.393  -0.196  -0.242  -0.379  -0.320  -0.364  -0.468
35    Q        -0.280  -0.255  -0.370  -0.196  -0.152  -0.326  -0.320  -0.287  -0.437
36    E         0.297   0.282   0.331   0.081   0.050   0.113  -0.006  -0.037   0.030
37    D        -1.074  -1.107  -1.081  -1.203  -1.275  -1.250  -0.946  -0.978  -0.925
38    T        -0.280  -0.255  -0.370  -0.414  -0.397  -0.539  -0.320  -0.287  -0.437
39    F        -0.280  -0.210  -0.357  -0.091   0.002  -0.172  -0.320  -0.223  -0.418
40    D        -0.497  -0.505  -0.472  -0.707  -0.713  -0.682  -0.633  -0.636  -0.577
41    N        -0.497  -0.451  -0.464  -0.950  -0.892  -0.890  -0.633  -0.581  -0.570
42    L         1.697   1.706   1.762   1.657   1.669   1.764   1.873   1.886   1.970
43    Q         0.297   0.332   0.371   0.087   0.156   0.203  -0.006   0.056   0.105
44    Q        -0.280  -0.339  -0.405  -0.276  -0.368  -0.500  -0.320  -0.399  -0.484
45    E        -0.280  -0.339  -0.405  -0.313  -0.410  -0.564  -0.320  -0.399  -0.484
46    I         0.656   0.666   0.520   0.979   0.995   0.793   0.620   0.636   0.375
47    Y         0.656   0.611   0.512   0.924   0.863   0.713   0.620   0.545   0.361
48    D        -0.280  -0.339  -0.405  -0.221  -0.307  -0.418  -0.320  -0.399  -0.484
49    K         0.656   0.611   0.512   0.449   0.372   0.221   0.620   0.545   0.361
50    E         1.697   1.706   1.762   1.703   1.720   1.809   1.873   1.886   1.970
51    T        -1.074  -1.103  -1.064  -0.904  -0.947  -0.915  -0.946  -0.974  -0.907
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57    N        -1.651  -1.641  -1.572  -1.781  -1.765  -1.667  -1.259  -1.247  -1.148
58    S        -1.074  -1.078  -1.051  -0.841  -0.834  -0.769  -0.946  -0.946  -0.894
59    N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
60    N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
61    N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
62    H        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
63    S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
64    G        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
65    H        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
66    G        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
67    G        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
68    A        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
69    H        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
70    G         0.373   0.343   0.359   0.310   0.235   0.202   0.133   0.076   0.083
71    S         1.697   1.706   1.762   1.375   1.392   1.482   1.873   1.886   1.970
72    K         0.373   0.343   0.359   0.229   0.182   0.222   0.133   0.076   0.083
73    S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
74    H        -0.497  -0.490  -0.463  -0.189  -0.176  -0.125  -0.633  -0.622  -0.569
75    Y        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
76    S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
77    G         0.656   0.675   0.536   1.003   1.034   0.841   0.620   0.651   0.403
78    N         1.697   1.706   1.762   1.725   1.739   1.831   1.873   1.886   1.970
79    I         0.656   0.611   0.512   0.900   0.831   0.656   0.620   0.545   0.361
80    I        -0.497  -0.450  -0.464  -0.380  -0.314  -0.313  -0.633  -0.578  -0.570
81    K        -0.280  -0.262  -0.359  -0.406  -0.392  -0.513  -0.320  -0.294  -0.421
82    G         1.697   1.706   1.762   1.935   1.951   2.040   1.873   1.886   1.970
83    F         1.697   1.706   1.762   1.891   1.909   1.997   1.873   1.886   1.970
84    D         0.297   0.295   0.337   0.058   0.056   0.106  -0.006  -0.012   0.042
85    T        -0.497  -0.507  -0.465  -0.339  -0.355  -0.296  -0.633  -0.641  -0.571
86    F        -0.280  -0.306  -0.363   0.087   0.051  -0.028  -0.320  -0.354  -0.427
87    S        -1.074  -1.107  -1.081  -1.063  -1.091  -1.037  -0.946  -0.978  -0.925
88    K         0.656   0.675   0.536   0.529   0.547   0.381   0.620   0.651   0.403
89    S        -0.497  -0.516  -0.468  -0.559  -0.561  -0.491  -0.633  -0.649  -0.574
90    H        -1.651  -1.641  -1.572  -1.453  -1.440  -1.341  -1.259  -1.247  -1.148
91    H        -1.074  -1.071  -1.062  -1.044  -1.046  -1.000  -0.946  -0.941  -0.904
92    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
93    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
94    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
95    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
96    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
97    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
98    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
99    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
100   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
101   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
102   S         0.527   0.489   0.462   0.316   0.261   0.200   0.405   0.337   0.270
103   H        -0.466  -0.403  -0.446  -0.743  -0.647  -0.708  -0.574  -0.486  -0.539
104   A        -1.074  -1.071  -1.062  -0.959  -0.975  -0.945  -0.946  -0.941  -0.904
105   D        -1.074  -1.020  -1.049  -0.784  -0.685  -0.766  -0.946  -0.884  -0.891
106   S        -1.074  -1.107  -1.081  -1.078  -1.103  -1.054  -0.946  -0.978  -0.925
107   A        -1.651  -1.641  -1.572  -1.083  -1.067  -0.971  -1.259  -1.247  -1.148
108   F        -1.074  -1.078  -1.051  -0.732  -0.737  -0.704  -0.946  -0.946  -0.894
109   N        -0.497  -0.490  -0.463  -0.503  -0.492  -0.457  -0.633  -0.622  -0.569
110   N        -0.497  -0.515  -0.468  -0.636  -0.660  -0.592  -0.633  -0.648  -0.573
111   N         0.297   0.282   0.331   0.100   0.067   0.131  -0.006  -0.037   0.030
112   D         1.697   1.706   1.762   1.669   1.687   1.775   1.873   1.886   1.970
113   R         0.656   0.631   0.512   1.024   0.996   0.824   0.620   0.579   0.361
114   I         0.656   0.611   0.512   0.900   0.831   0.656   0.620   0.545   0.361
115   F         1.697   1.706   1.762   1.891   1.909   1.997   1.873   1.886   1.970
116   S         1.697   1.706   1.762   1.507   1.530   1.614   1.873   1.886   1.970
117   L         1.697   1.706   1.762   1.657   1.669   1.764   1.873   1.886   1.970
118   S         1.697   1.706   1.762   1.507   1.530   1.614   1.873   1.886   1.970
119   S         1.697   1.706   1.762   1.507   1.530   1.614   1.873   1.886   1.970
120   A        -0.280  -0.297  -0.379   0.087   0.068  -0.057  -0.320  -0.341  -0.449
121   T        -1.651  -1.641  -1.572  -1.488  -1.469  -1.376  -1.259  -1.247  -1.148
122   Y         0.297   0.290   0.336   0.359   0.346   0.410  -0.006  -0.022   0.039
123   V        -1.074  -1.107  -1.081  -0.690  -0.753  -0.726  -0.946  -0.978  -0.925
124   K         1.697   1.706   1.762   1.460   1.465   1.567   1.873   1.886   1.970
125   Q        -0.280  -0.339  -0.405  -0.115  -0.191  -0.275  -0.320  -0.399  -0.484
126   -        -0.588  -0.582  -0.514  -0.618  -0.615  -0.507  -0.737  -0.727  -0.628
127   -         0.373   0.385   0.389   0.582   0.601   0.603   0.133   0.153   0.137
128   -         0.373   0.361   0.394   0.052   0.036   0.095   0.133   0.109   0.147
129   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
130   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
131   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
132   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
133   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
134   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
135   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
136   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
137   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
138   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
139   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
140   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
141   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
142   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
143   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
144   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
145   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
146   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
147   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
148   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
149   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
150   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
151   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
152   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
153   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
154   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
155   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
156   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
157   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
158   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
159   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
160   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
161   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
162   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
163   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
164   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
165   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
166   -         0.373   0.385   0.389   0.160   0.178   0.177   0.133   0.153   0.137
167   -         0.373   0.395   0.395   0.244   0.280   0.266   0.133   0.170   0.149
168   -        -0.588  -0.582  -0.514  -0.767  -0.742  -0.655  -0.737  -0.727  -0.628
169   Q         0.527   0.501   0.469   0.617   0.584   0.532   0.405   0.357   0.283
170   H        -1.186  -1.177  -1.109  -1.069  -1.058  -0.957  -1.064  -1.050  -0.953
171   G        -1.186  -1.177  -1.109  -1.186  -1.177  -1.073  -1.064  -1.050  -0.953
172   Q        -1.186  -1.177  -1.109  -1.206  -1.200  -1.093  -1.064  -1.050  -0.953
173   S        -1.651  -1.641  -1.572  -1.733  -1.709  -1.620  -1.259  -1.247  -1.148
174   Q        -0.497  -0.505  -0.472  -0.711  -0.712  -0.654  -0.633  -0.636  -0.577
175   N        -0.280  -0.306  -0.363  -0.179  -0.216  -0.315  -0.320  -0.354  -0.427
176   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
177   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
178   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
179   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
180   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
181   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
182   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
183   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
184   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
185   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
186   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
187   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
188   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
189   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
190   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
191   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
192   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
193   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
194   D         0.656   0.675   0.536   0.664   0.697   0.473   0.620   0.651   0.403
* gap fraction no less than  0.50; conservation set to M-S
  M: mean;  S: standard deviation

al2co - The parameters are:

Input alignment file - ../mafft-mac/clustal/P47128
Output conservation file - output/P47128
All 9 methods are used - true 
   1. unweighted entropy measure; 2. Henikoff entropy measure;
   3. independent count entropy measure;
   4. unweighted variance measure; 5. Henikoff variance measure;
   6. independent count variance measure;
   7. unweighted matrix-based sum-of-pairs measure;
   8. Henikoff matrix-based sum-of-pairs measure;
   9. independent count matrix-based sum-of-pairs measure;
Window size - 1
Conservation normalized to zero mean and unity variance
Gap fraction to suppress calculation -  0.50
