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46    S         1.928   1.957   2.045   2.100   2.140   2.285   2.196   2.241   2.391
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98    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
99    -        -0.231  -0.184  -0.157  -0.406  -0.317  -0.301  -0.460  -0.393  -0.365
100   S        -0.838  -0.882  -0.781  -0.755  -0.829  -0.664  -0.864  -0.912  -0.774
101   K        -0.262  -0.302  -0.178  -0.348  -0.417  -0.233  -0.524  -0.567  -0.398
102   E        -0.045  -0.029  -0.096  -0.181  -0.151  -0.280  -0.184  -0.161  -0.274
103   F        -0.045  -0.120  -0.111  -0.181  -0.287  -0.273  -0.184  -0.303  -0.297
104   I        -0.045  -0.120  -0.111   0.110  -0.041  -0.094  -0.184  -0.303  -0.297
105   C        -0.467  -0.560  -0.649  -0.510  -0.652  -0.747  -0.406  -0.519  -0.619
106   K         0.510   0.515   0.622   0.188   0.192   0.354   0.114   0.109   0.266
107   A        -0.878  -0.853  -0.764  -1.278  -1.227  -1.067  -0.926  -0.891  -0.761
108   Q        -0.467  -0.560  -0.649   0.073  -0.054  -0.175  -0.406  -0.519  -0.619
109   L        -0.056  -0.039  -0.069  -0.385  -0.348  -0.386  -0.233  -0.206  -0.250
110   L        -0.056  -0.026  -0.036  -0.299  -0.251  -0.265  -0.233  -0.165  -0.191
111   R         1.928   1.957   2.045   2.175   2.234   2.359   2.196   2.241   2.391
112   G         1.077   1.016   0.911   1.186   1.096   0.958   1.155   1.051   0.837
113   S        -1.134  -1.012  -1.135  -0.992  -0.804  -1.035  -0.926  -0.789  -0.890
114   E        -0.056  -0.011  -0.058  -0.098  -0.020  -0.067  -0.233  -0.160  -0.230
115   I         0.686   0.660   0.684   0.438   0.393   0.392   0.461   0.399   0.395
116   A         0.510   0.530   0.630   0.318   0.328   0.512   0.114   0.140   0.283
117   L        -0.723  -0.766  -0.725  -0.636  -0.750  -0.688  -0.753  -0.796  -0.718
118   V        -0.056  -0.023  -0.076  -0.081  -0.045  -0.102  -0.233  -0.214  -0.260
119   G         1.928   1.957   2.045   1.968   1.998   2.155   2.196   2.241   2.391
120   L         0.510   0.569   0.656  -0.027   0.075   0.214   0.114   0.218   0.338
121   I        -0.723  -0.730  -0.686  -0.989  -0.990  -0.933  -0.753  -0.748  -0.674
122   D         0.275   0.228   0.065   0.349   0.261   0.023   0.288   0.220  -0.033
123   A        -0.467  -0.463  -0.582  -0.445  -0.461  -0.652  -0.406  -0.395  -0.536
124   -         0.760   0.825   0.741   0.552   0.648   0.500   0.602   0.712   0.508
125   -         0.531   0.522   0.628  -0.010  -0.028   0.133   0.156   0.124   0.280
126   E        -1.290  -1.288  -1.201  -1.195  -1.193  -1.013  -1.100  -1.089  -0.960
127   N        -1.701  -1.690  -1.588  -1.593  -1.578  -1.416  -1.273  -1.255  -1.115
128   D        -0.878  -0.879  -0.762  -1.024  -1.035  -0.829  -0.926  -0.915  -0.758
129   D        -0.467  -0.560  -0.649  -0.565  -0.702  -0.923  -0.406  -0.519  -0.619
130   S        -1.134  -1.003  -1.113  -0.998  -0.803  -0.954  -0.926  -0.778  -0.868
131   L        -0.056  -0.114  -0.110   0.088  -0.039  -0.096  -0.233  -0.315  -0.307
132   A        -1.701  -1.641  -1.590  -1.522  -1.451  -1.379  -1.273  -1.214  -1.117
133   P        -0.723  -0.662  -0.684  -0.669  -0.554  -0.600  -0.753  -0.688  -0.671
134   I        -0.878  -0.884  -0.762  -1.271  -1.264  -1.066  -0.926  -0.920  -0.758
135   D        -0.878  -0.884  -0.771  -0.923  -0.892  -0.720  -0.926  -0.919  -0.767
136   E         0.127   0.003  -0.047   0.154  -0.050  -0.149   0.071  -0.116  -0.201
137   K        -0.172  -0.191  -0.134  -0.215  -0.225  -0.129  -0.401  -0.426  -0.342
138   K        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
139   V        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
140   P        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
141   M        -1.701  -1.707  -1.599  -1.454  -1.494  -1.322  -1.273  -1.269  -1.124
142   L        -0.467  -0.570  -0.626  -0.493  -0.618  -0.690  -0.406  -0.532  -0.591
143   K        -0.056  -0.075  -0.083  -0.055  -0.053  -0.083  -0.233  -0.268  -0.271
144   D        -0.467  -0.372  -0.572  -0.345  -0.231  -0.497  -0.406  -0.288  -0.525
145   T         0.275   0.208   0.064   0.573   0.482   0.263   0.288   0.190  -0.034
146   K         0.275   0.281   0.081   0.398   0.439   0.111   0.288   0.297  -0.008
147   N         0.275   0.281   0.081   0.570   0.590   0.298   0.288   0.297  -0.008
148   K        -0.832  -0.840  -0.753  -0.837  -0.846  -0.739  -0.873  -0.870  -0.745
149   I         0.531   0.542   0.638  -0.017  -0.056   0.148   0.156   0.164   0.300
150   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
151   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
152   E        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
153   N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
154   E        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
155   H        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
156   V        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
157   I        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
158   W        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
159   E        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
160   K        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
161   V        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
162   Y        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
163   E        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
164   S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
165   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
166   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
167   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
168   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
169   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
170   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
171   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
172   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
173   K        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
174   T        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
175   K         0.531   0.537   0.631   0.269   0.279   0.439   0.156   0.155   0.285
* gap fraction no less than  0.50; conservation set to M-S
  M: mean;  S: standard deviation

al2co - The parameters are:

Input alignment file - ../mafft-mac/clustal/P47093
Output conservation file - output/P47093
All 9 methods are used - true 
   1. unweighted entropy measure; 2. Henikoff entropy measure;
   3. independent count entropy measure;
   4. unweighted variance measure; 5. Henikoff variance measure;
   6. independent count variance measure;
   7. unweighted matrix-based sum-of-pairs measure;
   8. Henikoff matrix-based sum-of-pairs measure;
   9. independent count matrix-based sum-of-pairs measure;
Window size - 1
Conservation normalized to zero mean and unity variance
Gap fraction to suppress calculation -  0.50
