1     M         1.194   1.200   1.211   1.402   1.398   1.425   1.243   1.249   1.260
2     S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
3     S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
4     E        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
5     I        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
6     A        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
7     Y        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
8     S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
9     N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
10    T        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
11    N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
12    T        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
13    N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
14    T        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
15    E        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
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17    E        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
18    N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
19    R        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
20    N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
21    T        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
22    G        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
23    A        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
24    G        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
25    V        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
26    D        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
27    V        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
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29    T        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
30    N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
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32    N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
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34    N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
35    A        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
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37    A        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
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39    A        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
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43    A        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
44    N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
45    A        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
46    T        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
47    A        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
48    N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
49    A        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
50    T        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
51    A        -0.487  -0.478  -0.450  -0.494  -0.484  -0.438  -0.651  -0.636  -0.591
52    E        -0.487  -0.478  -0.450  -0.179  -0.169  -0.128  -0.651  -0.636  -0.591
53    L         1.194   1.200   1.211   0.948   0.959   0.979   1.243   1.249   1.260
54    N         1.194   1.200   1.211   0.886   0.896   0.918   1.243   1.249   1.260
55    L        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
56    P         1.194   1.200   1.211   1.345   1.356   1.369   1.243   1.249   1.260
57    T        -1.470  -1.452  -1.422  -0.957  -0.955  -0.893  -1.283  -1.255  -1.208
58    V        -0.349  -0.398  -0.425  -0.108  -0.201  -0.265  -0.441  -0.513  -0.552
59    D         1.194   1.200   1.211   1.454   1.462   1.476   1.243   1.249   1.260
60    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
61    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
62    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
63    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
64    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
65    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
66    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
67    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
68    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
69    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
70    E        -0.349  -0.398  -0.425  -0.237  -0.361  -0.460  -0.441  -0.513  -0.552
71    Q        -0.349  -0.398  -0.425  -0.624  -0.684  -0.687  -0.441  -0.513  -0.552
72    R        -1.470  -1.452  -1.422  -1.408  -1.434  -1.336  -1.283  -1.255  -1.208
73    Q         1.194   1.200   1.211   0.794   0.811   0.827   1.243   1.249   1.260
74    Y        -0.349  -0.398  -0.425   0.139   0.062   0.026  -0.441  -0.513  -0.552
75    K         1.194   1.200   1.211   1.367   1.369   1.391   1.243   1.249   1.260
76    V        -0.349  -0.398  -0.425  -0.108  -0.201  -0.265  -0.441  -0.513  -0.552
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81    H         1.194   1.200   1.211   1.523   1.530   1.544   1.243   1.249   1.260
82    I        -0.349  -0.312  -0.383  -0.212  -0.165  -0.255  -0.441  -0.383  -0.487
83    N         1.194   1.200   1.211   1.189   1.207   1.215   1.243   1.249   1.260
84    S         1.194   1.200   1.211   1.350   1.356   1.373   1.243   1.249   1.260
85    I        -1.470  -1.452  -1.422  -1.526  -1.482  -1.452  -1.283  -1.255  -1.208
86    L         1.194   1.200   1.211   0.755   0.775   0.789   1.243   1.249   1.260
87    L        -0.349  -0.398  -0.425  -0.744  -0.809  -0.828  -0.441  -0.513  -0.552
88    A        -0.349  -0.398  -0.425  -0.116  -0.202  -0.241  -0.441  -0.513  -0.552
89    R        -0.349  -0.398  -0.425  -0.053  -0.142  -0.185  -0.441  -0.513  -0.552
90    V        -1.470  -1.452  -1.422  -1.059  -1.043  -0.993  -1.283  -1.255  -1.208
91    I        -1.470  -1.452  -1.422  -1.960  -1.946  -1.878  -1.283  -1.255  -1.208
92    Q        -1.470  -1.452  -1.422  -1.306  -1.256  -1.235  -1.283  -1.255  -1.208
93    M        -1.470  -1.452  -1.422  -1.328  -1.292  -1.257  -1.283  -1.255  -1.208
94    N        -1.470  -1.452  -1.422  -1.164  -1.131  -1.096  -1.283  -1.255  -1.208
95    N        -1.470  -1.452  -1.422  -1.443  -1.386  -1.370  -1.283  -1.255  -1.208
96    S        -1.470  -1.452  -1.422  -1.408  -1.374  -1.336  -1.283  -1.255  -1.208
97    L        -0.487  -0.478  -0.450  -0.494  -0.484  -0.438  -0.651  -0.636  -0.591
98    Q        -0.349  -0.398  -0.425  -0.561  -0.611  -0.605  -0.441  -0.513  -0.552
99    N        -1.470  -1.452  -1.422  -1.143  -1.118  -1.075  -1.283  -1.255  -1.208
100   N        -1.470  -1.452  -1.422  -1.502  -1.443  -1.429  -1.283  -1.255  -1.208
101   L        -0.349  -0.398  -0.425  -0.957  -1.046  -1.112  -0.441  -0.513  -0.552
102   Q        -0.349  -0.398  -0.425  -0.588  -0.636  -0.640  -0.441  -0.513  -0.552
103   N        -1.470  -1.452  -1.422  -1.121  -1.099  -1.054  -1.283  -1.255  -1.208
104   N        -1.470  -1.452  -1.422  -1.443  -1.386  -1.370  -1.283  -1.255  -1.208
105   I        -0.487  -0.478  -0.450  -0.760  -0.750  -0.699  -0.651  -0.636  -0.591
106   N        -0.487  -0.478  -0.450  -0.806  -0.797  -0.745  -0.651  -0.636  -0.591
107   N        -0.487  -0.478  -0.450  -0.760  -0.750  -0.699  -0.651  -0.636  -0.591
108   S        -0.487  -0.478  -0.450  -0.714  -0.704  -0.654  -0.651  -0.636  -0.591
109   N        -0.487  -0.478  -0.450  -0.760  -0.750  -0.699  -0.651  -0.636  -0.591
110   N        -0.487  -0.478  -0.450  -0.654  -0.644  -0.595  -0.651  -0.636  -0.591
111   N        -0.487  -0.478  -0.450  -0.610  -0.600  -0.552  -0.651  -0.636  -0.591
112   N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
113   I        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
114   I        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
115   R        -0.487  -0.478  -0.450  -0.494  -0.484  -0.438  -0.651  -0.636  -0.591
116   I        -0.487  -0.478  -0.450  -0.395  -0.385  -0.341  -0.651  -0.636  -0.591
117   Q        -0.487  -0.478  -0.450  -0.494  -0.484  -0.438  -0.651  -0.636  -0.591
118   Q         1.194   1.200   1.211   1.050   1.061   1.079   1.243   1.249   1.260
119   L        -0.487  -0.478  -0.450  -0.760  -0.750  -0.699  -0.651  -0.636  -0.591
120   I        -0.487  -0.478  -0.450  -0.760  -0.750  -0.699  -0.651  -0.636  -0.591
121   S        -1.470  -1.452  -1.422  -1.218  -1.210  -1.149  -1.283  -1.255  -1.208
122   Q         1.194   1.200   1.211   0.794   0.811   0.827   1.243   1.249   1.260
123   F        -0.349  -0.300  -0.395   0.139   0.203   0.070  -0.441  -0.365  -0.505
124   L        -0.349  -0.398  -0.425  -0.588  -0.637  -0.625  -0.441  -0.513  -0.552
125   K         1.194   1.200   1.211   1.367   1.369   1.391   1.243   1.249   1.260
126   R         1.194   1.200   1.211   1.420   1.427   1.442   1.243   1.249   1.260
127   V        -0.349  -0.300  -0.395  -0.212  -0.148  -0.272  -0.441  -0.365  -0.505
128   H         1.194   1.200   1.211   1.523   1.530   1.544   1.243   1.249   1.260
129   A        -0.349  -0.398  -0.425  -0.006  -0.073  -0.097  -0.441  -0.513  -0.552
130   N         1.194   1.200   1.211   1.189   1.207   1.215   1.243   1.249   1.260
131   L         1.194   1.200   1.211   0.755   0.775   0.789   1.243   1.249   1.260
132   Q        -0.349  -0.398  -0.425  -0.544  -0.589  -0.582  -0.441  -0.513  -0.552
133   C        -0.349  -0.398  -0.425   0.176   0.088   0.043  -0.441  -0.513  -0.552
134   I         1.194   1.200   1.211   1.207   1.213   1.233   1.243   1.249   1.260
135   S         1.194   1.200   1.211   1.350   1.356   1.373   1.243   1.249   1.260
136   Q         1.194   1.200   1.211   0.794   0.811   0.827   1.243   1.249   1.260
137   I        -0.349  -0.312  -0.383  -0.526  -0.457  -0.620  -0.441  -0.383  -0.487
138   N         1.194   1.200   1.211   1.189   1.207   1.215   1.243   1.249   1.260
139   Q         1.194   1.200   1.211   0.794   0.811   0.827   1.243   1.249   1.260
140   G         1.194   1.200   1.211   1.608   1.616   1.627   1.243   1.249   1.260
141   V        -1.470  -1.452  -1.422  -1.514  -1.477  -1.440  -1.283  -1.255  -1.208
142   P        -0.349  -0.398  -0.425  -0.421  -0.535  -0.635  -0.441  -0.513  -0.552
143   S        -1.470  -1.452  -1.422  -1.207  -1.180  -1.138  -1.283  -1.255  -1.208
144   A         1.194   1.200   1.211   1.350   1.358   1.373   1.243   1.249   1.260
145   K         1.194   1.200   1.211   1.367   1.369   1.391   1.243   1.249   1.260
146   P         1.194   1.200   1.211   1.315   1.325   1.339   1.243   1.249   1.260
147   L        -1.470  -1.452  -1.422  -1.455  -1.414  -1.382  -1.283  -1.255  -1.208
148   I         1.194   1.200   1.211   1.207   1.213   1.233   1.243   1.249   1.260
149   L        -0.349  -0.300  -0.395  -0.336  -0.251  -0.471  -0.441  -0.365  -0.505
150   T        -0.349  -0.300  -0.395   0.040   0.101  -0.031  -0.441  -0.365  -0.505
151   P         1.194   1.200   1.211   1.315   1.325   1.339   1.243   1.249   1.260
152   P         1.194   1.200   1.211   1.315   1.325   1.339   1.243   1.249   1.260
153   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
154   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
155   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
156   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
157   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
158   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
159   Q        -0.487  -0.478  -0.450  -0.917  -0.907  -0.854  -0.651  -0.636  -0.591
160   L        -0.487  -0.478  -0.450  -0.669  -0.659  -0.610  -0.651  -0.636  -0.591
161   A        -0.349  -0.312  -0.383  -0.140  -0.086  -0.200  -0.441  -0.383  -0.487
162   N        -1.470  -1.452  -1.422  -1.551  -1.497  -1.476  -1.283  -1.255  -1.208
163   Q        -0.349  -0.398  -0.425  -0.634  -0.690  -0.699  -0.441  -0.513  -0.552
164   Q        -0.349  -0.312  -0.383  -0.579  -0.530  -0.596  -0.441  -0.383  -0.487
165   Q        -1.470  -1.452  -1.422  -1.351  -1.299  -1.280  -1.283  -1.255  -1.208
166   P        -0.349  -0.398  -0.425  -0.124  -0.200  -0.238  -0.441  -0.513  -0.552
167   P        -0.349  -0.300  -0.395  -0.652  -0.580  -0.693  -0.441  -0.365  -0.505
168   Q         1.194   1.200   1.211   0.794   0.811   0.827   1.243   1.249   1.260
169   D         1.194   1.200   1.211   1.454   1.462   1.476   1.243   1.249   1.260
170   I        -0.349  -0.398  -0.425  -0.229  -0.313  -0.333  -0.441  -0.513  -0.552
171   L         1.194   1.200   1.211   0.755   0.775   0.789   1.243   1.249   1.260
172   S        -1.470  -1.452  -1.422  -1.059  -1.033  -0.993  -1.283  -1.255  -1.208
173   K         1.194   1.200   1.211   1.367   1.369   1.391   1.243   1.249   1.260
174   L        -0.349  -0.398  -0.425  -0.643  -0.699  -0.695  -0.441  -0.513  -0.552
175   Y         1.194   1.200   1.211   1.523   1.530   1.544   1.243   1.249   1.260
176   L         1.194   1.200   1.211   0.755   0.775   0.789   1.243   1.249   1.260
177   L         1.194   1.200   1.211   0.755   0.775   0.789   1.243   1.249   1.260
178   L        -0.349  -0.300  -0.395  -0.336  -0.251  -0.471  -0.441  -0.365  -0.505
179   A        -0.349  -0.398  -0.425  -0.196  -0.285  -0.347  -0.441  -0.513  -0.552
180   R         1.194   1.200   1.211   1.420   1.427   1.442   1.243   1.249   1.260
181   V        -0.349  -0.398  -0.425  -0.021  -0.107  -0.151  -0.441  -0.513  -0.552
182   F         1.194   1.200   1.211   1.591   1.600   1.610   1.243   1.249   1.260
183   E        -0.349  -0.398  -0.425  -0.237  -0.361  -0.460  -0.441  -0.513  -0.552
184   I        -0.349  -0.398  -0.425  -0.526  -0.642  -0.730  -0.441  -0.513  -0.552
185   W         1.194   1.200   1.211   1.591   1.597   1.610   1.243   1.249   1.260
* gap fraction no less than  0.50; conservation set to M-S
  M: mean;  S: standard deviation

al2co - The parameters are:

Input alignment file - ../mafft-mac/clustal/P38956
Output conservation file - output/P38956
All 9 methods are used - true 
   1. unweighted entropy measure; 2. Henikoff entropy measure;
   3. independent count entropy measure;
   4. unweighted variance measure; 5. Henikoff variance measure;
   6. independent count variance measure;
   7. unweighted matrix-based sum-of-pairs measure;
   8. Henikoff matrix-based sum-of-pairs measure;
   9. independent count matrix-based sum-of-pairs measure;
Window size - 1
Conservation normalized to zero mean and unity variance
Gap fraction to suppress calculation -  0.50
