1     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
2     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
3     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
4     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
5     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
6     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
7     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
8     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
9     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
10    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
11    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
12    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
13    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
14    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
15    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
16    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
17    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
18    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
19    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
20    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
21    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
22    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
23    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
24    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
25    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
26    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
27    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
28    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
29    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
30    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
31    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
32    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
33    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
34    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
35    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
36    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
37    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
38    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
39    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
40    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
41    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
42    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
43    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
44    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
45    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
46    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
47    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
48    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
49    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
50    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
51    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
52    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
53    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
54    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
55    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
56    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
57    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
58    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
59    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
60    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
61    M         1.523   1.547   1.574   1.696   1.744   1.778   1.643   1.676   1.713
62    H        -1.334  -1.321  -1.283  -1.074  -1.066  -0.991  -1.133  -1.107  -1.048
63    N         0.364   0.273   0.256   0.538   0.389   0.356   0.255   0.103   0.066
64    K         0.364   0.273   0.256   0.288   0.156   0.119   0.255   0.103   0.066
65    I         0.364   0.273   0.256   0.381   0.233   0.200   0.255   0.103   0.066
66    V         0.364   0.273   0.256   0.296   0.128   0.082   0.255   0.103   0.066
67    R        -0.620  -0.658  -0.643  -0.644  -0.684  -0.663  -0.670  -0.713  -0.684
68    I        -1.334  -1.321  -1.283  -1.211  -1.192  -1.128  -1.133  -1.107  -1.048
69    A        -1.334  -1.321  -1.283  -1.385  -1.400  -1.302  -1.133  -1.107  -1.048
70    S        -1.334  -1.321  -1.283  -1.171  -1.160  -1.088  -1.133  -1.107  -1.048
71    S        -0.620  -0.569  -0.616  -0.606  -0.520  -0.602  -0.670  -0.595  -0.648
72    A        -1.334  -1.321  -1.283  -1.371  -1.344  -1.287  -1.133  -1.107  -1.048
73    L        -0.620  -0.642  -0.640  -0.816  -0.850  -0.831  -0.670  -0.694  -0.679
74    T        -1.334  -1.321  -1.283  -1.286  -1.268  -1.203  -1.133  -1.107  -1.048
75    G        -1.334  -1.321  -1.283  -1.055  -1.038  -0.972  -1.133  -1.107  -1.048
76    G        -1.334  -1.321  -1.283  -1.158  -1.129  -1.075  -1.133  -1.107  -1.048
77    K        -1.334  -1.321  -1.283  -1.364  -1.298  -1.280  -1.133  -1.107  -1.048
78    L         1.523   1.547   1.574   1.295   1.332   1.378   1.643   1.676   1.713
79    L        -0.741  -0.735  -0.690  -0.980  -0.976  -0.896  -0.824  -0.807  -0.742
80    E        -0.620  -0.550  -0.614  -0.611  -0.494  -0.606  -0.670  -0.570  -0.647
81    K        -1.334  -1.321  -1.283  -1.225  -1.191  -1.141  -1.133  -1.107  -1.048
82    L         0.364   0.273   0.256   0.150   0.005  -0.017   0.255   0.103   0.066
83    K        -0.620  -0.650  -0.652  -0.638  -0.669  -0.668  -0.670  -0.704  -0.695
84    P        -0.620  -0.569  -0.616  -0.537  -0.452  -0.534  -0.670  -0.595  -0.648
85    L         1.523   1.547   1.574   1.295   1.332   1.378   1.643   1.676   1.713
86    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
87    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
88    T        -0.620  -0.559  -0.626  -0.611  -0.498  -0.644  -0.670  -0.583  -0.661
89    R        -1.334  -1.321  -1.283  -1.198  -1.174  -1.114  -1.133  -1.107  -1.048
90    W         1.523   1.547   1.574   1.708   1.755   1.791   1.643   1.676   1.713
91    E        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
92    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
93    V        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
94    Q        -1.334  -1.321  -1.283  -1.356  -1.340  -1.273  -1.133  -1.107  -1.048
95    W        -0.620  -0.559  -0.626  -0.743  -0.662  -0.730  -0.670  -0.583  -0.661
96    D         0.364   0.419   0.285   0.437   0.521   0.326   0.255   0.345   0.116
97    P        -0.620  -0.559  -0.626  -0.480  -0.395  -0.479  -0.670  -0.583  -0.661
98    N        -0.620  -0.642  -0.640  -0.440  -0.477  -0.476  -0.670  -0.694  -0.679
99    K        -1.334  -1.321  -1.283  -1.238  -1.197  -1.155  -1.133  -1.107  -1.048
100   T        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
101   K        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
102   C        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
103   L        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
104   G        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
105   I         0.364   0.406   0.289   0.150   0.211   0.036   0.255   0.323   0.123
106   T         0.095   0.113   0.149  -0.193  -0.173  -0.108  -0.208  -0.176  -0.122
107   R         0.364   0.273   0.256   0.417   0.276   0.234   0.255   0.103   0.066
108   E        -0.620  -0.650  -0.652  -0.590  -0.648  -0.647  -0.670  -0.704  -0.695
109   V         0.095   0.111   0.149   0.034   0.073   0.131  -0.208  -0.179  -0.122
110   T        -1.334  -1.321  -1.283  -1.349  -1.316  -1.266  -1.133  -1.107  -1.048
111   F         0.364   0.273   0.256   0.500   0.332   0.276   0.255   0.103   0.066
112   K         0.364   0.419   0.285   0.288   0.382   0.168   0.255   0.345   0.116
113   D         0.364   0.273   0.256   0.433   0.295   0.274   0.255   0.103   0.066
114   Y         0.095   0.111   0.149   0.181   0.215   0.271  -0.208  -0.179  -0.122
115   E        -0.620  -0.642  -0.640  -0.611  -0.668  -0.650  -0.670  -0.694  -0.679
116   T        -0.620  -0.550  -0.614  -0.839  -0.724  -0.836  -0.670  -0.570  -0.647
117   T         1.523   1.547   1.574   1.398   1.434   1.481   1.643   1.676   1.713
118   W         1.523   1.547   1.574   1.708   1.755   1.791   1.643   1.676   1.713
119   A        -0.620  -0.650  -0.652  -0.569  -0.627  -0.628  -0.670  -0.704  -0.695
120   F         1.523   1.547   1.574   1.732   1.779   1.814   1.643   1.676   1.713
121   L         1.523   1.547   1.574   1.295   1.332   1.378   1.643   1.676   1.713
122   T         0.095   0.111   0.149  -0.073  -0.039   0.029  -0.208  -0.179  -0.122
123   R        -1.334  -1.321  -1.283  -1.279  -1.251  -1.196  -1.133  -1.107  -1.048
124   V         1.523   1.547   1.574   1.524   1.566   1.607   1.643   1.676   1.713
125   S         0.364   0.406   0.289   0.433   0.496   0.309   0.255   0.323   0.123
126   M         0.364   0.273   0.256   0.546   0.403   0.361   0.255   0.103   0.066
127   R         0.364   0.273   0.256   0.345   0.182   0.129   0.255   0.103   0.066
128   S         0.364   0.273   0.256   0.401   0.260   0.228   0.255   0.103   0.066
129   H         0.364   0.273   0.256   0.425   0.274   0.251   0.255   0.103   0.066
130   L         0.364   0.273   0.256   0.150   0.007  -0.017   0.255   0.103   0.066
131   W         0.364   0.273   0.256   0.515   0.363   0.311   0.255   0.103   0.066
132   G         0.364   0.273   0.256   0.596   0.457   0.410   0.255   0.103   0.066
133   H         1.523   1.547   1.574   1.561   1.597   1.644   1.643   1.676   1.713
134   H         1.523   1.547   1.574   1.561   1.597   1.644   1.643   1.676   1.713
135   P         1.523   1.547   1.574   1.671   1.711   1.754   1.643   1.676   1.713
136   L         0.095   0.111   0.149  -0.366  -0.340  -0.271  -0.208  -0.179  -0.122
137   I         1.523   1.547   1.574   1.537   1.576   1.620   1.643   1.676   1.713
138   H        -0.620  -0.658  -0.643  -0.731  -0.799  -0.760  -0.670  -0.713  -0.684
139   T         1.523   1.547   1.574   1.398   1.434   1.481   1.643   1.676   1.713
140   S         0.095   0.111   0.149  -0.183  -0.165  -0.099  -0.208  -0.179  -0.122
141   Y         1.523   1.547   1.574   1.708   1.752   1.791   1.643   1.676   1.713
142   T         0.095   0.111   0.149  -0.073  -0.039   0.029  -0.208  -0.179  -0.122
143   W        -1.334  -1.321  -1.283  -1.231  -1.216  -1.148  -1.133  -1.107  -1.048
144   V         1.523   1.547   1.574   1.524   1.566   1.607   1.643   1.676   1.713
145   K        -1.334  -1.321  -1.283  -1.279  -1.256  -1.196  -1.133  -1.107  -1.048
146   L        -0.620  -0.650  -0.652  -0.743  -0.793  -0.758  -0.670  -0.704  -0.695
147   E        -0.620  -0.650  -0.652  -0.548  -0.596  -0.596  -0.670  -0.704  -0.695
148   L         1.523   1.547   1.574   1.295   1.332   1.378   1.643   1.676   1.713
149   H        -0.620  -0.559  -0.626  -0.693  -0.611  -0.691  -0.670  -0.583  -0.661
150   T         1.523   1.547   1.574   1.398   1.434   1.481   1.643   1.676   1.713
151   H         1.523   1.547   1.574   1.561   1.597   1.644   1.643   1.676   1.713
152   D         1.523   1.547   1.574   1.537   1.576   1.620   1.643   1.676   1.713
153   I        -1.334  -1.321  -1.283  -1.429  -1.393  -1.346  -1.133  -1.107  -1.048
154   D        -0.620  -0.550  -0.614  -0.611  -0.498  -0.603  -0.670  -0.570  -0.647
155   P        -0.741  -0.727  -0.690  -0.528  -0.509  -0.445  -0.824  -0.797  -0.742
156   K         0.211   0.263   0.219   0.071   0.170   0.074  -0.002   0.086   0.003
157   D        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
158   G         1.523   1.547   1.574   1.717   1.762   1.800   1.643   1.676   1.713
159   A        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
160   H        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
161   S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
162   Q        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
163   L        -0.620  -0.569  -0.616  -0.737  -0.647  -0.742  -0.670  -0.595  -0.648
164   S         0.364   0.273   0.256   0.341   0.184   0.141   0.255   0.103   0.066
165   D        -0.620  -0.642  -0.640  -0.522  -0.565  -0.541  -0.670  -0.694  -0.679
166   I        -0.620  -0.650  -0.652  -0.601  -0.661  -0.653  -0.670  -0.704  -0.695
167   D         1.523   1.547   1.574   1.537   1.576   1.620   1.643   1.676   1.713
168   V        -0.620  -0.650  -0.652  -0.737  -0.819  -0.814  -0.670  -0.704  -0.695
169   R        -1.334  -1.321  -1.283  -1.238  -1.209  -1.155  -1.133  -1.107  -1.048
170   M         0.364   0.433   0.289   0.465   0.589   0.311   0.255   0.367   0.122
171   A         1.523   1.547   1.574   1.586   1.622   1.669   1.643   1.676   1.713
172   K        -0.620  -0.650  -0.652  -0.709  -0.751  -0.753  -0.670  -0.704  -0.695
173   R        -0.620  -0.642  -0.640  -0.532  -0.572  -0.561  -0.670  -0.694  -0.679
174   I         1.523   1.547   1.574   1.537   1.576   1.620   1.643   1.676   1.713
175   D        -0.620  -0.658  -0.643  -0.564  -0.627  -0.600  -0.670  -0.713  -0.684
176   S         0.364   0.406   0.289   0.276   0.349   0.157   0.255   0.323   0.123
177   Y         0.364   0.273   0.256   0.577   0.435   0.400   0.255   0.103   0.066
178   I         0.364   0.273   0.256   0.441   0.309   0.286   0.255   0.103   0.066
179   D        -1.334  -1.321  -1.283  -1.335  -1.305  -1.252  -1.133  -1.107  -1.048
180   E         0.095   0.113   0.149  -0.001   0.021   0.086  -0.208  -0.176  -0.122
181   M        -0.741  -0.734  -0.690  -0.887  -0.886  -0.803  -0.824  -0.807  -0.742
182   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
183   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
184   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
185   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
186   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
187   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
188   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
189   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
190   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
191   T        -0.620  -0.550  -0.614  -0.731  -0.630  -0.717  -0.670  -0.570  -0.647
192   T        -0.620  -0.559  -0.626  -0.743  -0.645  -0.751  -0.670  -0.583  -0.661
* gap fraction no less than  0.50; conservation set to M-S
  M: mean;  S: standard deviation

al2co - The parameters are:

Input alignment file - ../mafft-mac/clustal/P38744
Output conservation file - output/P38744
All 9 methods are used - true 
   1. unweighted entropy measure; 2. Henikoff entropy measure;
   3. independent count entropy measure;
   4. unweighted variance measure; 5. Henikoff variance measure;
   6. independent count variance measure;
   7. unweighted matrix-based sum-of-pairs measure;
   8. Henikoff matrix-based sum-of-pairs measure;
   9. independent count matrix-based sum-of-pairs measure;
Window size - 1
Conservation normalized to zero mean and unity variance
Gap fraction to suppress calculation -  0.50
