1     M         1.365   1.392   1.447   1.597   1.646   1.720   1.455   1.491   1.572
2     S         1.365   1.392   1.447   1.476   1.508   1.605   1.455   1.491   1.572
3     S        -1.860  -1.761  -1.676  -1.593  -1.448  -1.327  -1.455  -1.351  -1.225
4     T        -0.749  -0.653  -0.646  -0.932  -0.792  -0.751  -0.873  -0.757  -0.714
5     N        -1.412  -1.342  -1.243  -1.420  -1.296  -1.162  -1.273  -1.185  -1.050
6     G        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
7     N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
8     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
9     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
10    A        -0.718  -0.698  -0.662  -0.574  -0.550  -0.517  -0.819  -0.797  -0.730
11    P        -1.412  -1.319  -1.243  -1.417  -1.324  -1.159  -1.273  -1.161  -1.050
12    A        -1.412  -1.319  -1.243  -1.448  -1.333  -1.189  -1.273  -1.161  -1.050
13    T        -1.412  -1.319  -1.243  -1.531  -1.411  -1.268  -1.273  -1.161  -1.050
14    P        -1.412  -1.319  -1.243  -1.684  -1.477  -1.414  -1.273  -1.161  -1.050
15    S        -0.539  -0.517  -0.603  -0.366  -0.347  -0.473  -0.582  -0.551  -0.655
16    S        -1.860  -1.761  -1.676  -1.682  -1.557  -1.412  -1.455  -1.351  -1.225
17    D        -1.304  -1.315  -1.229  -1.318  -1.310  -1.157  -1.164  -1.163  -1.037
18    Q         0.462   0.561   0.256   0.373   0.524   0.066   0.444   0.589   0.094
19    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
20    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
21    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
22    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
23    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
24    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
25    N        -1.762  -1.721  -1.644  -1.709  -1.646  -1.515  -1.374  -1.319  -1.200
26    P        -0.661  -0.602  -0.630  -0.726  -0.643  -0.695  -0.768  -0.686  -0.693
27    L         0.462   0.313   0.205   0.206   0.002  -0.112   0.444   0.208   0.006
28    P         1.365   1.392   1.447   1.427   1.465   1.558   1.455   1.491   1.572
29    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
30    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
31    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
32    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
33    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
34    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
35    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
36    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
37    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
38    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
39    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
40    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
41    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
42    T         0.462   0.491   0.257   0.706   0.756   0.397   0.444   0.485   0.096
43    R         1.365   1.392   1.447   1.581   1.608   1.705   1.455   1.491   1.572
44    F         0.090   0.126   0.143   0.175   0.233   0.247  -0.162  -0.106  -0.102
45    E         1.365   1.392   1.447   1.219   1.273   1.359   1.455   1.491   1.572
46    V        -0.661  -0.693  -0.636  -0.704  -0.785  -0.724  -0.768  -0.778  -0.699
47    E         1.365   1.392   1.447   1.219   1.273   1.359   1.455   1.491   1.572
48    L         1.365   1.392   1.447   1.011   1.049   1.160   1.455   1.491   1.572
49    E         1.365   1.392   1.447   1.219   1.273   1.359   1.455   1.491   1.572
50    F         1.365   1.392   1.447   1.528   1.571   1.654   1.455   1.491   1.572
51    I         0.462   0.561   0.256   0.682   0.831   0.372   0.444   0.589   0.094
52    Q         1.365   1.392   1.447   1.372   1.428   1.505   1.455   1.491   1.572
53    S         0.462   0.313   0.205   0.665   0.447   0.287   0.444   0.208   0.006
54    L         1.365   1.392   1.447   1.011   1.049   1.160   1.455   1.491   1.572
55    A        -0.373  -0.481  -0.607  -0.028  -0.194  -0.389  -0.364  -0.505  -0.660
56    N         1.365   1.392   1.447   1.268   1.329   1.406   1.455   1.491   1.572
57    I         0.462   0.313   0.205   0.661   0.442   0.246   0.444   0.208   0.006
58    Q        -0.661  -0.724  -0.636  -0.841  -0.985  -0.852  -0.768  -0.821  -0.703
59    Y         1.365   1.392   1.447   1.419   1.463   1.550   1.455   1.491   1.572
60    V         0.090   0.050   0.112  -0.110  -0.238  -0.183  -0.162  -0.238  -0.158
61    T        -0.024   0.026   0.108  -0.255  -0.177  -0.051  -0.364  -0.283  -0.164
62    Y         0.090   0.050   0.112   0.123   0.065   0.175  -0.162  -0.238  -0.158
63    L        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
64    L         1.365   1.392   1.447   1.011   1.049   1.160   1.455   1.491   1.572
65    T        -0.024   0.026   0.108  -0.042   0.038   0.169  -0.364  -0.283  -0.164
66    Q         0.462   0.313   0.205   0.546   0.344   0.158   0.444   0.208   0.006
67    Q        -1.299  -1.305  -1.227  -1.505  -1.470  -1.395  -1.172  -1.154  -1.035
68    Q        -0.661  -0.735  -0.658  -0.809  -0.887  -0.783  -0.768  -0.836  -0.728
69    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
70    I        -0.661  -0.576  -0.623  -1.034  -0.927  -0.916  -0.768  -0.658  -0.684
71    W        -0.661  -0.651  -0.651  -0.739  -0.806  -0.780  -0.768  -0.754  -0.720
72    K        -1.299  -1.221  -1.210  -1.251  -1.127  -1.137  -1.172  -1.071  -1.020
73    S        -0.661  -0.616  -0.636  -0.632  -0.607  -0.614  -0.768  -0.719  -0.702
74    P         0.462   0.504   0.246   0.551   0.610   0.175   0.444   0.505   0.077
75    N        -1.299  -1.321  -1.211  -1.341  -1.343  -1.208  -1.172  -1.168  -1.021
76    F         1.365   1.392   1.447   1.528   1.571   1.654   1.455   1.491   1.572
77    K        -0.661  -0.658  -0.648  -0.702  -0.710  -0.742  -0.768  -0.761  -0.717
78    N        -0.373  -0.464  -0.609  -0.296  -0.413  -0.587  -0.364  -0.485  -0.663
79    Y         1.365   1.392   1.447   1.419   1.463   1.550   1.455   1.491   1.572
80    L         0.462   0.491   0.257   0.191   0.229  -0.069   0.444   0.485   0.096
81    K        -1.124  -1.193  -1.209  -0.954  -1.048  -1.152  -0.970  -1.034  -1.018
82    Y         1.365   1.392   1.447   1.419   1.463   1.550   1.455   1.491   1.572
83    L         1.365   1.392   1.447   1.011   1.049   1.160   1.455   1.491   1.572
84    E        -0.661  -0.658  -0.648  -0.952  -0.926  -0.911  -0.768  -0.761  -0.717
85    Y         1.365   1.392   1.447   1.419   1.463   1.550   1.455   1.491   1.572
86    W         1.365   1.392   1.447   1.604   1.653   1.727   1.455   1.491   1.572
87    C        -1.762  -1.762  -1.669  -1.224  -1.255  -1.116  -1.374  -1.351  -1.220
88    N        -1.124  -1.149  -1.187  -1.178  -1.187  -1.258  -0.970  -0.990  -0.995
89    P         1.365   1.392   1.447   1.427   1.465   1.558   1.455   1.491   1.572
90    P        -0.024   0.010   0.102  -0.366  -0.307  -0.151  -0.364  -0.310  -0.175
91    Y         1.365   1.392   1.447   1.419   1.463   1.550   1.455   1.491   1.572
92    S        -0.661  -0.704  -0.640  -0.689  -0.816  -0.713  -0.768  -0.793  -0.705
93    Q        -0.024   0.026   0.108  -0.198  -0.091   0.027  -0.364  -0.283  -0.164
94    C        -0.661  -0.651  -0.651  -0.456  -0.475  -0.472  -0.768  -0.754  -0.720
95    I         0.090   0.126   0.143  -0.118  -0.061  -0.091  -0.162  -0.106  -0.102
96    V         0.462   0.313   0.205   0.688   0.493   0.297   0.444   0.208   0.006
97    Y         1.365   1.392   1.447   1.419   1.463   1.550   1.455   1.491   1.572
98    P         1.365   1.392   1.447   1.427   1.465   1.558   1.455   1.491   1.572
99    N         0.462   0.313   0.205   0.470   0.291   0.128   0.444   0.208   0.006
100   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
101   C        -1.124  -1.103  -1.184  -0.649  -0.640  -0.775  -0.970  -0.944  -0.992
102   L         1.365   1.392   1.447   1.011   1.049   1.160   1.455   1.491   1.572
103   F        -0.661  -0.735  -0.658  -0.440  -0.541  -0.422  -0.768  -0.836  -0.728
104   I        -0.373  -0.464  -0.609  -0.166  -0.322  -0.576  -0.364  -0.485  -0.663
105   L         1.365   1.392   1.447   1.011   1.049   1.160   1.455   1.491   1.572
106   K        -0.373  -0.491  -0.587  -0.164  -0.366  -0.539  -0.364  -0.518  -0.634
107   L         1.365   1.392   1.447   1.011   1.049   1.160   1.455   1.491   1.572
108   L         1.365   1.392   1.447   1.011   1.049   1.160   1.455   1.491   1.572
109   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
110   N        -0.373  -0.481  -0.607  -0.343  -0.491  -0.670  -0.364  -0.505  -0.660
111   G        -0.661  -0.544  -0.629  -0.737  -0.568  -0.649  -0.768  -0.600  -0.690
112   F        -1.762  -1.762  -1.669  -1.802  -1.800  -1.748  -1.374  -1.351  -1.220
113   M         0.090   0.210   0.176   0.171   0.366   0.298  -0.162   0.038  -0.045
114   E        -0.024   0.026   0.108  -0.249  -0.140  -0.009  -0.364  -0.283  -0.164
115   S        -1.124  -1.136  -1.185  -0.843  -0.886  -0.950  -0.970  -0.976  -0.994
116   A        -1.299  -1.305  -1.227  -1.204  -1.201  -1.067  -1.172  -1.154  -1.035
117   I         0.090   0.190   0.159   0.112   0.281   0.210  -0.162   0.005  -0.074
118   V        -0.661  -0.658  -0.648  -0.702  -0.703  -0.742  -0.768  -0.761  -0.717
119   N        -0.373  -0.491  -0.587  -0.341  -0.502  -0.637  -0.364  -0.518  -0.634
120   E        -0.661  -0.651  -0.651  -0.888  -0.860  -0.832  -0.768  -0.754  -0.720
121   D         0.462   0.525   0.242   0.721   0.819   0.334   0.444   0.536   0.071
122   G        -0.661  -0.735  -0.658  -0.600  -0.771  -0.681  -0.768  -0.836  -0.728
123   L        -0.836  -0.781  -0.670  -1.059  -0.914  -0.758  -0.970  -0.891  -0.741
124   L        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
125   E        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
126   G        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
127   L        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
128   D         0.238   0.363   0.192   0.098   0.297   0.049   0.091   0.289  -0.016
129   E        -1.412  -1.298  -1.243  -1.226  -1.058  -0.977  -1.273  -1.140  -1.050
130   L         0.238   0.322   0.183  -0.164  -0.047  -0.219   0.091   0.222  -0.033
131   P         0.238   0.077   0.141   0.258  -0.026   0.105   0.091  -0.191  -0.106
132   K        -0.718  -0.745  -0.675  -0.810  -1.013  -0.810  -0.819  -0.851  -0.747
133   I        -0.718  -0.691  -0.662  -0.756  -0.782  -0.711  -0.819  -0.792  -0.730
134   I        -0.718  -0.745  -0.675  -0.815  -0.854  -0.816  -0.819  -0.851  -0.747
135   Q         0.238   0.077   0.141   0.294   0.071   0.147   0.091  -0.191  -0.106
136   L        -0.718  -0.745  -0.675  -1.073  -1.050  -0.912  -0.819  -0.851  -0.747
137   Q         0.238   0.077   0.141   0.265   0.009   0.099   0.091  -0.191  -0.106
138   G         1.365   1.392   1.447   1.558   1.603   1.683   1.455   1.491   1.572
139   P        -1.124  -1.136  -1.185  -1.059  -1.064  -1.118  -0.970  -0.976  -0.994
140   Q        -1.124  -1.193  -1.209  -0.920  -1.002  -1.013  -0.970  -1.034  -1.018
141   W        -0.373  -0.332  -0.563  -0.119  -0.048  -0.500  -0.364  -0.303  -0.604
142   M         0.462   0.313   0.205   0.812   0.622   0.451   0.444   0.208   0.006
143   N         0.462   0.313   0.205   0.465   0.279   0.118   0.444   0.208   0.006
144   E         0.090   0.126   0.143  -0.110  -0.044  -0.009  -0.162  -0.106  -0.102
145   M         0.462   0.313   0.205   0.768   0.554   0.352   0.444   0.208   0.006
146   V         0.462   0.313   0.205   0.688   0.492   0.297   0.444   0.208   0.006
147   E        -0.661  -0.735  -0.658  -0.825  -0.911  -0.776  -0.768  -0.836  -0.728
148   R         1.365   1.392   1.447   1.622   1.664   1.744   1.455   1.491   1.572
149   W         1.365   1.392   1.447   1.595   1.641   1.718   1.455   1.491   1.572
150   A        -0.749  -0.703  -0.671  -0.686  -0.626  -0.547  -0.873  -0.803  -0.742
151   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
152   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
153   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
154   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
155   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
156   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
157   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
158   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
159   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
160   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
161   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
162   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
163   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
164   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
165   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
166   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
167   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
168   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
169   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
170   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
171   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
172   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
173   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
174   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
175   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
176   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
177   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
178   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
179   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
180   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
181   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
182   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
183   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
184   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
185   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
186   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
187   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
188   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
189   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
190   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
191   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
192   N        -0.373  -0.464  -0.609  -0.386  -0.496  -0.752  -0.364  -0.485  -0.663
* gap fraction no less than  0.50; conservation set to M-S
  M: mean;  S: standard deviation

al2co - The parameters are:

Input alignment file - ../mafft-mac/clustal/P38633
Output conservation file - output/P38633
All 9 methods are used - true 
   1. unweighted entropy measure; 2. Henikoff entropy measure;
   3. independent count entropy measure;
   4. unweighted variance measure; 5. Henikoff variance measure;
   6. independent count variance measure;
   7. unweighted matrix-based sum-of-pairs measure;
   8. Henikoff matrix-based sum-of-pairs measure;
   9. independent count matrix-based sum-of-pairs measure;
Window size - 1
Conservation normalized to zero mean and unity variance
Gap fraction to suppress calculation -  0.50
