1     M         1.626   1.653   1.698   1.875   1.909   1.989   1.766   1.802   1.866
2     D         0.068   0.096   0.154  -0.093  -0.030   0.066  -0.235  -0.188  -0.097
3     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
4     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
5     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
6     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
7     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
8     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
9     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
10    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
11    R        -0.711  -0.620  -0.685  -0.503  -0.353  -0.452  -0.735  -0.607  -0.677
12    N         0.068   0.092   0.145   0.033   0.077   0.156  -0.235  -0.195  -0.114
13    V         0.362   0.274   0.242   0.298   0.157   0.072   0.265   0.119   0.054
14    Y         1.626   1.653   1.698   1.737   1.779   1.852   1.766   1.802   1.866
15    E        -0.711  -0.727  -0.717  -0.726  -0.728  -0.723  -0.735  -0.748  -0.718
16    A         1.626   1.653   1.698   1.683   1.728   1.798   1.766   1.802   1.866
17    C         0.362   0.403   0.281   0.632   0.694   0.477   0.265   0.330   0.123
18    S        -0.711  -0.745  -0.738  -0.645  -0.703  -0.649  -0.735  -0.770  -0.744
19    N         0.068   0.092   0.145  -0.093  -0.059   0.024  -0.235  -0.195  -0.114
20    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
21    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
22    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
23    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
24    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
25    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
26    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
27    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
28    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
29    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
30    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
31    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
32    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
33    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
34    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
35    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
36    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
37    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
38    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
39    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
40    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
41    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
42    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
43    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
44    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
45    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
46    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
47    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
48    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
49    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
50    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
51    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
52    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
53    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
54    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
55    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
56    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
57    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
58    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
59    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
60    I         0.068   0.092   0.145  -0.410  -0.362  -0.282  -0.235  -0.196  -0.114
61    I        -0.711  -0.745  -0.738  -0.750  -0.766  -0.756  -0.735  -0.770  -0.744
62    K         0.362   0.435   0.303   0.388   0.508   0.267   0.265   0.382   0.158
63    E        -0.711  -0.745  -0.738  -0.678  -0.718  -0.693  -0.735  -0.770  -0.744
64    F        -0.711  -0.643  -0.688  -0.393  -0.280  -0.351  -0.735  -0.637  -0.681
65    G         0.362   0.403   0.281   0.517   0.585   0.396   0.265   0.330   0.123
66    T        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
67    H        -1.490  -1.462  -1.415  -1.405  -1.397  -1.283  -1.235  -1.190  -1.112
68    V        -0.711  -0.643  -0.688  -0.726  -0.594  -0.701  -0.735  -0.637  -0.681
69    V        -0.711  -0.745  -0.738  -0.899  -0.957  -0.985  -0.735  -0.770  -0.744
70    S         0.362   0.274   0.242   0.320   0.166   0.143   0.265   0.119   0.054
71    A         0.068   0.096   0.154   0.002   0.057   0.146  -0.235  -0.188  -0.097
72    D         1.626   1.653   1.698   1.529   1.569   1.644   1.766   1.802   1.866
73    E         1.626   1.653   1.698   1.529   1.562   1.644   1.766   1.802   1.866
74    V        -0.711  -0.745  -0.738  -0.668  -0.728  -0.698  -0.735  -0.770  -0.744
75    L         1.626   1.653   1.698   1.394   1.440   1.509   1.766   1.802   1.866
76    A        -0.711  -0.745  -0.738  -0.516  -0.546  -0.542  -0.735  -0.770  -0.744
77    E        -1.490  -1.462  -1.415  -1.707  -1.669  -1.584  -1.235  -1.190  -1.112
78    K        -0.711  -0.722  -0.717  -0.645  -0.678  -0.679  -0.735  -0.743  -0.718
79    I        -0.711  -0.745  -0.738  -0.888  -0.918  -0.927  -0.735  -0.770  -0.744
80    D        -1.490  -1.462  -1.415  -1.393  -1.368  -1.271  -1.235  -1.190  -1.112
81    N        -0.711  -0.745  -0.738  -0.476  -0.523  -0.509  -0.735  -0.770  -0.744
82    A        -1.490  -1.462  -1.415  -1.351  -1.320  -1.229  -1.235  -1.190  -1.112
83    V         1.626   1.653   1.698   1.585   1.634   1.700   1.766   1.802   1.866
84    P         0.362   0.274   0.242   0.503   0.369   0.309   0.265   0.119   0.054
85    I         1.626   1.653   1.698   1.451   1.488   1.566   1.766   1.802   1.866
86    P         1.626   1.653   1.698   1.716   1.755   1.830   1.766   1.802   1.866
87    F        -0.711  -0.722  -0.717  -0.858  -0.887  -0.847  -0.735  -0.743  -0.718
88    K         0.362   0.403   0.281   0.388   0.455   0.226   0.265   0.330   0.123
89    T         0.362   0.274   0.242   0.530   0.412   0.356   0.265   0.119   0.054
90    R         1.626   1.653   1.698   1.748   1.798   1.862   1.766   1.802   1.866
91    E        -0.711  -0.648  -0.689  -0.726  -0.631  -0.682  -0.735  -0.643  -0.682
92    E         1.626   1.653   1.698   1.529   1.562   1.644   1.766   1.802   1.866
93    I        -0.711  -0.722  -0.717  -0.858  -0.832  -0.847  -0.735  -0.743  -0.718
94    D        -1.490  -1.462  -1.415  -1.345  -1.277  -1.223  -1.235  -1.190  -1.112
95    A        -1.490  -1.462  -1.415  -1.506  -1.468  -1.384  -1.235  -1.190  -1.112
96    D        -0.711  -0.648  -0.689  -0.813  -0.693  -0.779  -0.735  -0.643  -0.682
97    V        -0.843  -0.810  -0.769  -1.112  -1.076  -0.990  -0.901  -0.849  -0.781
98    E        -0.843  -0.810  -0.769  -0.820  -0.740  -0.700  -0.901  -0.849  -0.781
99    K        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
100   D        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
101   R        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
102   N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
103   E        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
104   G        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
105   V        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
106   F        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
107   E        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
108   G        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
109   N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
110   I        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
111   I        -0.711  -0.620  -0.685  -0.986  -0.821  -0.945  -0.735  -0.607  -0.677
112   P         1.626   1.653   1.698   1.716   1.755   1.830   1.766   1.802   1.866
113   D        -0.711  -0.648  -0.689  -0.678  -0.574  -0.630  -0.735  -0.643  -0.682
114   I         0.362   0.274   0.242   0.254   0.128   0.083   0.265   0.119   0.054
115   D         0.362   0.274   0.242   0.269   0.124   0.060   0.265   0.119   0.054
116   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
117   L         0.362   0.403   0.281   0.196   0.267   0.086   0.265   0.330   0.123
118   R        -0.711  -0.745  -0.738  -0.503  -0.544  -0.545  -0.735  -0.770  -0.744
119   V         1.626   1.653   1.698   1.585   1.634   1.700   1.766   1.802   1.866
120   V         0.362   0.274   0.242   0.280   0.138   0.044   0.265   0.119   0.054
121   H         1.626   1.653   1.698   1.812   1.855   1.926   1.766   1.802   1.866
122   Y         1.626   1.653   1.698   1.737   1.779   1.852   1.766   1.802   1.866
123   Y         0.362   0.403   0.281   0.575   0.640   0.467   0.265   0.330   0.123
124   A        -0.711  -0.745  -0.738  -0.697  -0.734  -0.765  -0.735  -0.770  -0.744
125   T         0.362   0.274   0.242   0.437   0.282   0.215   0.265   0.119   0.054
126   Q         0.362   0.274   0.242   0.595   0.461   0.394   0.265   0.119   0.054
127   L         0.362   0.274   0.242   0.192   0.073   0.020   0.265   0.119   0.054
128   C         0.362   0.443   0.304   0.320   0.431   0.263   0.265   0.393   0.161
129   L         0.362   0.274   0.242   0.188   0.072   0.015   0.265   0.119   0.054
130   N        -1.490  -1.462  -1.415  -1.165  -1.113  -1.044  -1.235  -1.190  -1.112
131   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
132   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
133   K        -0.711  -0.745  -0.738  -0.617  -0.696  -0.669  -0.735  -0.770  -0.744
134   Y         1.626   1.653   1.698   1.737   1.779   1.852   1.766   1.802   1.866
135   P         0.362   0.274   0.242   0.503   0.369   0.309   0.265   0.119   0.054
136   H        -0.711  -0.727  -0.717  -0.419  -0.445  -0.427  -0.735  -0.748  -0.718
137   L         0.362   0.274   0.242   0.155   0.032  -0.036   0.265   0.119   0.054
138   I        -1.490  -1.462  -1.415  -1.424  -1.385  -1.302  -1.235  -1.190  -1.112
139   N        -0.711  -0.745  -0.738  -0.507  -0.549  -0.547  -0.735  -0.770  -0.744
140   A        -0.711  -0.722  -0.717  -0.598  -0.635  -0.624  -0.735  -0.743  -0.718
141   F         0.362   0.274   0.242   0.544   0.388   0.293   0.265   0.119   0.054
142   D         1.626   1.653   1.698   1.529   1.569   1.644   1.766   1.802   1.866
143   E         1.626   1.653   1.698   1.529   1.562   1.644   1.766   1.802   1.866
144   T         1.626   1.653   1.698   1.705   1.748   1.819   1.766   1.802   1.866
145   S         1.626   1.653   1.698   1.518   1.528   1.633   1.766   1.802   1.866
146   L         0.362   0.435   0.303   0.254   0.363   0.195   0.265   0.382   0.158
147   I         0.362   0.274   0.242   0.147  -0.003  -0.081   0.265   0.119   0.054
148   T         0.362   0.274   0.242   0.489   0.361   0.294   0.265   0.119   0.054
149   L        -0.711  -0.745  -0.738  -0.858  -0.868  -0.871  -0.735  -0.770  -0.744
150   G         0.362   0.403   0.281   0.447   0.510   0.300   0.265   0.330   0.123
151   L        -0.711  -0.745  -0.738  -0.636  -0.649  -0.601  -0.735  -0.770  -0.744
152   L         0.362   0.274   0.242   0.254   0.149   0.114   0.265   0.119   0.054
153   I        -0.711  -0.745  -0.738  -0.960  -1.000  -1.016  -0.735  -0.770  -0.744
154   E         1.626   1.653   1.698   1.529   1.562   1.644   1.766   1.802   1.866
155   K        -0.711  -0.727  -0.717  -0.589  -0.646  -0.600  -0.735  -0.748  -0.718
156   W         1.626   1.653   1.698   1.927   1.968   2.041   1.766   1.802   1.866
157   V         0.362   0.403   0.281   0.298   0.374   0.148   0.265   0.330   0.123
158   K        -0.711  -0.722  -0.717  -0.779  -0.811  -0.786  -0.735  -0.743  -0.718
159   D         0.362   0.435   0.303   0.269   0.383   0.168   0.265   0.382   0.158
160   Y         0.362   0.274   0.242   0.430   0.277   0.185   0.265   0.119   0.054
161   L         0.362   0.274   0.242   0.109  -0.030  -0.106   0.265   0.119   0.054
162   T        -1.490  -1.462  -1.415  -1.487  -1.448  -1.364  -1.235  -1.190  -1.112
163   S        -1.490  -1.462  -1.415  -1.591  -1.554  -1.468  -1.235  -1.190  -1.112
164   I        -1.490  -1.462  -1.415  -1.558  -1.524  -1.435  -1.235  -1.190  -1.112
165   Q        -1.490  -1.462  -1.415  -1.357  -1.311  -1.235  -1.235  -1.190  -1.112
166   T         0.068   0.092   0.145  -0.006   0.042   0.118  -0.235  -0.195  -0.114
167   E        -1.490  -1.462  -1.415  -1.345  -1.261  -1.223  -1.235  -1.190  -1.112
168   Q        -1.490  -1.462  -1.415  -1.182  -1.127  -1.061  -1.235  -1.190  -1.112
169   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
170   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
171   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
172   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
173   G        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
174   R        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
175   Q        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
176   S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
177   K        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
178   V        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
179   I         0.195   0.233   0.221  -0.081  -0.015  -0.040  -0.012   0.049   0.020
180   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
181   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
182   G        -0.843  -0.822  -0.769  -0.997  -0.977  -0.876  -0.901  -0.863  -0.781
183   K         0.195   0.253   0.225   0.040   0.131   0.086  -0.012   0.083   0.026
184   G         1.626   1.653   1.698   1.753   1.794   1.867   1.766   1.802   1.866
185   P        -0.843  -0.822  -0.769  -0.997  -0.965  -0.876  -0.901  -0.863  -0.781
186   C         0.195   0.253   0.225   0.102   0.171   0.164  -0.012   0.083   0.026
187   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
188   E         0.195   0.233   0.221   0.109   0.167   0.159  -0.012   0.049   0.020
189   F        -0.843  -0.822  -0.769  -0.749  -0.739  -0.629  -0.901  -0.863  -0.781
190   I        -0.711  -0.727  -0.717  -0.960  -0.993  -0.980  -0.735  -0.748  -0.718
191   S        -0.711  -0.727  -0.717  -0.711  -0.743  -0.704  -0.735  -0.748  -0.718
192   K         0.362   0.274   0.242   0.426   0.266   0.205   0.265   0.119   0.054
193   H         0.068   0.096   0.154  -0.037  -0.002   0.083  -0.235  -0.188  -0.097
194   I         0.362   0.274   0.242   0.188   0.033  -0.018   0.265   0.119   0.054
195   D        -0.711  -0.745  -0.738  -0.764  -0.839  -0.799  -0.735  -0.770  -0.744
196   Y         0.362   0.274   0.242   0.468   0.311   0.244   0.265   0.119   0.054
197   R         0.362   0.274   0.242   0.479   0.329   0.254   0.265   0.119   0.054
198   H        -1.490  -1.462  -1.415  -1.411  -1.383  -1.290  -1.235  -1.190  -1.112
199   A        -0.711  -0.620  -0.685  -0.702  -0.587  -0.649  -0.735  -0.607  -0.677
200   P         0.362   0.274   0.242   0.510   0.380   0.319   0.265   0.119   0.054
201   G        -1.490  -1.462  -1.415  -1.327  -1.304  -1.205  -1.235  -1.190  -1.112
202   N        -0.711  -0.722  -0.717  -0.764  -0.808  -0.769  -0.735  -0.743  -0.718
203   I         1.626   1.653   1.698   1.451   1.488   1.566   1.766   1.802   1.866
204   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
205   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
206   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
207   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
208   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
209   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
210   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
* gap fraction no less than  0.50; conservation set to M-S
  M: mean;  S: standard deviation

al2co - The parameters are:

Input alignment file - ../mafft-mac/clustal/P38204
Output conservation file - output/P38204
All 9 methods are used - true 
   1. unweighted entropy measure; 2. Henikoff entropy measure;
   3. independent count entropy measure;
   4. unweighted variance measure; 5. Henikoff variance measure;
   6. independent count variance measure;
   7. unweighted matrix-based sum-of-pairs measure;
   8. Henikoff matrix-based sum-of-pairs measure;
   9. independent count matrix-based sum-of-pairs measure;
Window size - 1
Conservation normalized to zero mean and unity variance
Gap fraction to suppress calculation -  0.50
