1     M         1.638   1.643   1.737   1.878   1.882   2.034   1.814   1.820   1.966
2     D        -0.112  -0.185  -0.181  -0.019  -0.131  -0.155  -0.253  -0.359  -0.355
3     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
4     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
5     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
6     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
7     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
8     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
9     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
10    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
11    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
12    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
13    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
14    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
15    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
16    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
17    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
18    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
19    S        -1.236  -1.203  -1.188  -1.131  -1.110  -1.056  -1.056  -1.023  -0.968
20    I        -0.225  -0.255  -0.218  -0.248  -0.300  -0.237  -0.441  -0.481  -0.420
21    D        -0.811  -0.769  -0.768  -0.939  -0.890  -0.847  -0.851  -0.811  -0.769
22    E        -0.225  -0.251  -0.217  -0.401  -0.442  -0.400  -0.441  -0.473  -0.417
23    Q        -0.225  -0.253  -0.212  -0.392  -0.440  -0.398  -0.441  -0.477  -0.407
24    I         0.808   0.791   0.691   0.987   0.962   0.808   0.789   0.758   0.559
25    A         0.040  -0.008  -0.089  -0.026  -0.120  -0.292  -0.031  -0.101  -0.221
26    I        -0.811  -0.823  -0.769  -0.989  -0.988  -0.894  -0.851  -0.860  -0.769
27    K         1.638   1.643   1.737   1.642   1.656   1.796   1.814   1.820   1.966
28    R        -0.225  -0.214  -0.211  -0.205  -0.172  -0.191  -0.441  -0.418  -0.408
29    K        -0.811  -0.815  -0.772  -0.787  -0.791  -0.725  -0.851  -0.852  -0.772
30    E         0.808   0.797   0.682   0.629   0.620   0.453   0.789   0.768   0.543
31    L         1.638   1.643   1.737   1.457   1.462   1.610   1.814   1.820   1.966
32    Q        -0.811  -0.832  -0.771  -1.020  -1.045  -0.945  -0.851  -0.869  -0.771
33    S        -1.662  -1.654  -1.573  -1.392  -1.383  -1.260  -1.261  -1.252  -1.134
34    L         0.808   0.797   0.682   0.748   0.732   0.610   0.789   0.768   0.543
35    Q        -1.236  -1.201  -1.196  -1.101  -1.050  -1.036  -1.056  -1.021  -0.974
36    K        -1.236  -1.264  -1.200  -1.202  -1.212  -1.108  -1.056  -1.080  -0.979
37    I        -0.650  -0.692  -0.721  -0.432  -0.501  -0.557  -0.646  -0.695  -0.709
38    T        -0.811  -0.828  -0.780  -0.746  -0.750  -0.696  -0.851  -0.865  -0.780
39    S        -1.236  -1.201  -1.196  -1.348  -1.297  -1.309  -1.056  -1.021  -0.974
40    L         0.040   0.118  -0.092   0.075   0.163  -0.061  -0.031   0.078  -0.225
41    T         0.808   0.801   0.681   1.011   1.013   0.808   0.789   0.774   0.539
42    D        -0.225  -0.226  -0.208  -0.329  -0.317  -0.305  -0.441  -0.433  -0.404
43    G        -1.236  -1.216  -1.183  -1.048  -1.030  -0.965  -1.056  -1.036  -0.963
44    L         0.808   0.791   0.691   0.727   0.702   0.586   0.789   0.758   0.559
45    K        -1.236  -1.210  -1.198  -1.098  -1.063  -1.036  -1.056  -1.030  -0.977
46    I        -1.662  -1.654  -1.573  -1.541  -1.540  -1.410  -1.261  -1.252  -1.134
47    Q         0.466   0.456   0.488   0.245   0.213   0.211   0.174   0.152   0.169
48    L         1.638   1.643   1.737   1.457   1.462   1.610   1.814   1.820   1.966
49    T        -0.225  -0.229  -0.220  -0.421  -0.427  -0.431  -0.441  -0.448  -0.422
50    E         0.040   0.020  -0.117  -0.094  -0.113  -0.314  -0.031  -0.060  -0.262
51    L         0.040   0.012  -0.095   0.015  -0.027  -0.154  -0.031  -0.072  -0.229
52    N        -1.236  -1.201  -1.196  -1.221  -1.138  -1.164  -1.056  -1.021  -0.974
53    E        -1.662  -1.654  -1.573  -1.595  -1.590  -1.464  -1.261  -1.252  -1.134
54    Q        -0.811  -0.820  -0.776  -0.826  -0.838  -0.768  -0.851  -0.857  -0.777
55    I        -0.225  -0.200  -0.208  -0.388  -0.334  -0.359  -0.441  -0.401  -0.403
56    K        -1.236  -1.213  -1.186  -1.362  -1.323  -1.304  -1.056  -1.033  -0.965
57    E        -1.662  -1.654  -1.573  -1.344  -1.340  -1.211  -1.261  -1.252  -1.134
58    M         0.040   0.015  -0.106   0.321   0.278   0.060  -0.031  -0.068  -0.245
59    G        -0.225  -0.199  -0.207  -0.240  -0.199  -0.201  -0.441  -0.399  -0.402
60    M        -1.236  -1.265  -1.194  -1.256  -1.276  -1.164  -1.056  -1.081  -0.973
61    N        -0.225  -0.208  -0.219  -0.234  -0.212  -0.250  -0.441  -0.411  -0.419
62    A         0.361   0.367   0.456   0.202   0.205   0.349  -0.031  -0.023   0.106
63    D        -0.811  -0.830  -0.769  -1.052  -1.067  -0.979  -0.851  -0.867  -0.769
64    S         0.040   0.000  -0.103   0.122   0.076  -0.088  -0.031  -0.090  -0.241
65    V         1.638   1.643   1.737   1.680   1.686   1.834   1.814   1.820   1.966
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67    Q        -1.236  -1.264  -1.200  -1.431  -1.477  -1.378  -1.056  -1.080  -0.979
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71    N         1.638   1.643   1.737   1.717   1.720   1.872   1.814   1.820   1.966
72    W         1.638   1.643   1.737   1.950   1.955   2.106   1.814   1.820   1.966
73    D        -0.650  -0.598  -0.717  -0.574  -0.502  -0.701  -0.646  -0.584  -0.705
74    S         0.040   0.118  -0.092   0.086   0.197  -0.124  -0.031   0.078  -0.225
75    I         0.466   0.460   0.514   0.402   0.389   0.465   0.174   0.161   0.221
76    I        -0.811  -0.832  -0.771  -0.792  -0.828  -0.736  -0.851  -0.869  -0.771
77    N        -0.811  -0.813  -0.770  -0.746  -0.742  -0.679  -0.851  -0.850  -0.770
78    N        -0.650  -0.671  -0.718  -0.541  -0.567  -0.635  -0.646  -0.669  -0.705
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80    S         0.808   0.801   0.681   0.846   0.843   0.663   0.789   0.774   0.539
81    Q        -0.225  -0.245  -0.212  -0.555  -0.595  -0.555  -0.441  -0.469  -0.409
82    A         1.638   1.643   1.737   1.620   1.615   1.773   1.814   1.820   1.966
83    S         1.638   1.643   1.737   1.612   1.627   1.766   1.814   1.820   1.966
84    L         0.040   0.000  -0.103  -0.007  -0.062  -0.196  -0.031  -0.090  -0.241
85    G        -0.225  -0.254  -0.221  -0.191  -0.250  -0.215  -0.441  -0.479  -0.423
86    L         1.638   1.643   1.737   1.457   1.462   1.610   1.814   1.820   1.966
87    L         0.040   0.020  -0.117  -0.024  -0.058  -0.243  -0.031  -0.060  -0.262
88    Q        -0.385  -0.380  -0.292  -0.481  -0.470  -0.336  -0.646  -0.638  -0.513
89    Y         0.808   0.797   0.682   1.071   1.054   0.842   0.789   0.768   0.543
90    A        -0.385  -0.380  -0.292  -0.546  -0.525  -0.400  -0.646  -0.638  -0.513
91    E         0.808   0.797   0.682   0.629   0.620   0.453   0.789   0.768   0.543
92    G        -1.236  -1.218  -1.204  -1.110  -1.079  -1.103  -1.056  -1.038  -0.982
93    D         0.808   0.797   0.682   0.906   0.890   0.724   0.789   0.768   0.543
94    Y         0.808   0.797   0.682   1.131   1.113   0.944   0.789   0.768   0.543
95    E        -0.650  -0.681  -0.721  -0.780  -0.816  -0.868  -0.646  -0.682  -0.709
96    I        -0.811  -0.817  -0.766  -0.901  -0.906  -0.833  -0.851  -0.854  -0.766
97    G         0.040   0.020  -0.117   0.370   0.335   0.127  -0.031  -0.060  -0.262
98    P        -1.236  -1.261  -1.197  -0.991  -1.029  -0.911  -1.056  -1.078  -0.975
99    W        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
100   K        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
101   D        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
102   S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
103   K        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
104   K        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
105   K        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
106   E        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
107   S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
108   E        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
109   Q        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
110   S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
111   N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
112   E        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
113   T        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
114   G        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
115   L        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
116   E        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
117   A        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
118   Q        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
119   E        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
120   N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
121   D        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
122   K        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
123   N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
124   D        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
125   E        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
126   D        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
127   N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
128   D        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
129   E        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
130   D        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
131   E        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
132   D        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
133   L        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
134   V        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
135   P         1.638   1.643   1.737   1.916   1.923   2.072   1.814   1.820   1.966
136   L         1.638   1.643   1.737   1.452   1.457   1.605   1.814   1.820   1.966
137   P         1.638   1.643   1.737   1.907   1.912   2.063   1.814   1.820   1.966
138   E         1.638   1.643   1.737   1.394   1.409   1.546   1.814   1.820   1.966
139   T        -1.236  -1.210  -1.198  -0.855  -0.835  -0.790  -1.056  -1.030  -0.977
140   M         0.808   0.812   0.692   0.727   0.729   0.586   0.789   0.793   0.560
141   V         0.808   0.801   0.681   0.924   0.913   0.746   0.789   0.774   0.539
142   R         1.638   1.643   1.737   1.798   1.807   1.953   1.814   1.820   1.966
143   I         0.361   0.367   0.459   0.224   0.227   0.370  -0.031  -0.022   0.112
144   R        -0.811  -0.822  -0.770  -0.709  -0.712  -0.633  -0.851  -0.859  -0.770
145   V         0.466   0.507   0.502   0.259   0.339   0.270   0.174   0.249   0.197
146   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
147   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
148   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
149   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
150   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
151   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
152   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
153   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
154   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
155   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
156   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
157   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
158   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
159   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
160   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
161   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
162   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
163   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
164   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
165   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
166   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
167   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
168   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
169   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
170   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
171   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
172   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
173   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
174   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
175   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
176   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
177   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
178   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
179   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
180   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
181   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
182   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
183   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
184   -         0.399   0.409   0.473  -0.097  -0.086   0.008   0.043   0.061   0.139
185   D         0.040   0.012  -0.095   0.092   0.047  -0.153  -0.031  -0.072  -0.229
186   G        -1.662  -1.654  -1.573  -1.496  -1.498  -1.364  -1.261  -1.252  -1.134
187   N        -0.811  -0.823  -0.765  -0.997  -1.027  -0.923  -0.851  -0.860  -0.765
188   E         1.638   1.643   1.737   1.394   1.409   1.546   1.814   1.820   1.966
189   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
190   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
191   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
192   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
193   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
194   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
195   -        -0.277  -0.254  -0.226  -0.689  -0.658  -0.602  -0.492  -0.459  -0.420
* gap fraction no less than  0.50; conservation set to M-S
  M: mean;  S: standard deviation

al2co - The parameters are:

Input alignment file - ../mafft-mac/clustal/P36162
Output conservation file - output/P36162
All 9 methods are used - true 
   1. unweighted entropy measure; 2. Henikoff entropy measure;
   3. independent count entropy measure;
   4. unweighted variance measure; 5. Henikoff variance measure;
   6. independent count variance measure;
   7. unweighted matrix-based sum-of-pairs measure;
   8. Henikoff matrix-based sum-of-pairs measure;
   9. independent count matrix-based sum-of-pairs measure;
Window size - 1
Conservation normalized to zero mean and unity variance
Gap fraction to suppress calculation -  0.50
