1     M         1.189   1.189   1.189   1.286   1.286   1.286   1.189   1.189   1.189
2     L        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
3     L        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
4     D        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
5     A        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
6     Q        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
7     R        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
8     F        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
9     F        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
10    N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
11    R        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
12    S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
13    F        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
14    S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
15    I        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
16    N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
17    V        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
18    I        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
19    C        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
20    E        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
21    L        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
22    K        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
23    H        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
24    N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
25    V        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
26    N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
27    T        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
28    R        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
29    R        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
30    K        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
31    F        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
32    E        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
33    I        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
34    K        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
35    D        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
36    W        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
37    P        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
38    T        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
39    I        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
40    M        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
41    L        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
42    V        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
43    S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
44    R        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
45    N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
46    D        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
47    K        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
48    P        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
49    K        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
50    I        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
51    S        -0.834  -0.834  -0.834  -0.867  -0.867  -0.867  -0.834  -0.834  -0.834
52    S        -0.834  -0.834  -0.834  -0.787  -0.787  -0.787  -0.834  -0.834  -0.834
53    E        -0.834  -0.834  -0.834  -0.615  -0.615  -0.615  -0.834  -0.834  -0.834
54    E        -0.834  -0.834  -0.834  -0.615  -0.615  -0.615  -0.834  -0.834  -0.834
55    V         1.189   1.189   1.189   1.242   1.242   1.242   1.189   1.189   1.189
56    T        -0.834  -0.834  -0.834  -0.867  -0.867  -0.867  -0.834  -0.834  -0.834
57    H        -0.834  -0.834  -0.834  -0.724  -0.724  -0.724  -0.834  -0.834  -0.834
58    F        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
59    I        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
60    D        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
61    D        -0.834  -0.834  -0.834  -0.835  -0.835  -0.835  -0.834  -0.834  -0.834
62    Y         1.189   1.189   1.189   1.520   1.520   1.520   1.189   1.189   1.189
63    K        -0.834  -0.834  -0.834  -0.787  -0.787  -0.787  -0.834  -0.834  -0.834
64    K        -0.834  -0.834  -0.834  -0.835  -0.835  -0.835  -0.834  -0.834  -0.834
65    R         1.189   1.189   1.189   1.109   1.109   1.109   1.189   1.189   1.189
66    R         1.189   1.189   1.189   1.109   1.109   1.109   1.189   1.189   1.189
67    K         1.189   1.189   1.189   1.109   1.109   1.109   1.189   1.189   1.189
68    T         1.189   1.189   1.189   0.882   0.882   0.882   1.189   1.189   1.189
69    Q        -0.834  -0.834  -0.834  -0.615  -0.615  -0.615  -0.834  -0.834  -0.834
70    M         1.189   1.189   1.189   1.286   1.286   1.286   1.189   1.189   1.189
71    T        -0.834  -0.834  -0.834  -1.204  -1.204  -1.204  -0.834  -0.834  -0.834
72    R         1.189   1.189   1.189   1.109   1.109   1.109   1.189   1.189   1.189
73    F         1.189   1.189   1.189   1.242   1.242   1.242   1.189   1.189   1.189
74    F         1.189   1.189   1.189   1.242   1.242   1.242   1.189   1.189   1.189
75    G         1.189   1.189   1.189   1.286   1.286   1.286   1.189   1.189   1.189
76    I        -0.834  -0.834  -0.834  -0.693  -0.693  -0.693  -0.834  -0.834  -0.834
77    T         1.189   1.189   1.189   0.882   0.882   0.882   1.189   1.189   1.189
78    I        -0.834  -0.834  -0.834  -0.771  -0.771  -0.771  -0.834  -0.834  -0.834
79    F        -0.834  -0.834  -0.834  -0.787  -0.787  -0.787  -0.834  -0.834  -0.834
80    T         1.189   1.189   1.189   0.882   0.882   0.882   1.189   1.189   1.189
81    L         1.189   1.189   1.189   1.042   1.042   1.042   1.189   1.189   1.189
82    I        -0.834  -0.834  -0.834  -0.803  -0.803  -0.803  -0.834  -0.834  -0.834
83    T        -0.834  -0.834  -0.834  -1.135  -1.135  -1.135  -0.834  -0.834  -0.834
84    C         1.189   1.189   1.189   1.499   1.499   1.499   1.189   1.189   1.189
85    R         1.189   1.189   1.189   1.109   1.109   1.109   1.189   1.189   1.189
86    I        -0.834  -0.834  -0.834  -0.949  -0.949  -0.949  -0.834  -0.834  -0.834
87    A        -0.834  -0.834  -0.834  -0.819  -0.819  -0.819  -0.834  -0.834  -0.834
88    M         1.189   1.189   1.189   1.286   1.286   1.286   1.189   1.189   1.189
89    K        -0.834  -0.834  -0.834  -0.851  -0.851  -0.851  -0.834  -0.834  -0.834
90    K         1.189   1.189   1.189   1.109   1.109   1.109   1.189   1.189   1.189
91    M        -0.834  -0.834  -0.834  -0.755  -0.755  -0.755  -0.834  -0.834  -0.834
92    I        -0.834  -0.834  -0.834  -0.693  -0.693  -0.693  -0.834  -0.834  -0.834
93    T        -0.834  -0.834  -0.834  -0.867  -0.867  -0.867  -0.834  -0.834  -0.834
94    A        -0.834  -0.834  -0.834  -0.771  -0.771  -0.771  -0.834  -0.834  -0.834
95    K         1.189   1.189   1.189   1.109   1.109   1.109   1.189   1.189   1.189
96    V         1.189   1.189   1.189   1.242   1.242   1.242   1.189   1.189   1.189
97    P        -0.834  -0.834  -0.834  -0.570  -0.570  -0.570  -0.834  -0.834  -0.834
98    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
99    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
100   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
101   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
102   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
103   L        -0.834  -0.834  -0.834  -1.033  -1.033  -1.033  -0.834  -0.834  -0.834
104   N        -0.834  -0.834  -0.834  -1.016  -1.016  -1.016  -0.834  -0.834  -0.834
105   T        -0.834  -0.834  -0.834  -1.016  -1.016  -1.016  -0.834  -0.834  -0.834
106   F         1.189   1.189   1.189   1.242   1.242   1.242   1.189   1.189   1.189
107   Q        -0.834  -0.834  -0.834  -0.662  -0.662  -0.662  -0.834  -0.834  -0.834
108   A        -0.834  -0.834  -0.834  -0.755  -0.755  -0.755  -0.834  -0.834  -0.834
109   N         1.189   1.189   1.189   1.286   1.286   1.286   1.189   1.189   1.189
110   Y        -0.834  -0.834  -0.834  -0.391  -0.391  -0.391  -0.834  -0.834  -0.834
111   A        -0.834  -0.834  -0.834  -0.771  -0.771  -0.771  -0.834  -0.834  -0.834
112   S        -0.834  -0.834  -0.834  -0.693  -0.693  -0.693  -0.834  -0.834  -0.834
113   R        -0.834  -0.834  -0.834  -0.884  -0.884  -0.884  -0.834  -0.834  -0.834
114   T         1.189   1.189   1.189   0.882   0.882   0.882   1.189   1.189   1.189
115   Q        -0.834  -0.834  -0.834  -0.662  -0.662  -0.662  -0.834  -0.834  -0.834
116   T         1.189   1.189   1.189   0.882   0.882   0.882   1.189   1.189   1.189
117   I        -0.834  -0.834  -0.834  -1.066  -1.066  -1.066  -0.834  -0.834  -0.834
118   T        -0.834  -0.834  -0.834  -1.135  -1.135  -1.135  -0.834  -0.834  -0.834
119   H        -0.834  -0.834  -0.834  -0.509  -0.509  -0.509  -0.834  -0.834  -0.834
120   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
121   T         1.189   1.189   1.189   0.882   0.882   0.882   1.189   1.189   1.189
122   Q        -0.834  -0.834  -0.834  -0.662  -0.662  -0.662  -0.834  -0.834  -0.834
123   K         1.189   1.189   1.189   1.109   1.109   1.109   1.189   1.189   1.189
124   S        -0.834  -0.834  -0.834  -0.819  -0.819  -0.819  -0.834  -0.834  -0.834
125   L        -0.834  -0.834  -0.834  -0.949  -0.949  -0.949  -0.834  -0.834  -0.834
126   A        -0.834  -0.834  -0.834  -0.755  -0.755  -0.755  -0.834  -0.834  -0.834
127   G        -0.834  -0.834  -0.834  -0.724  -0.724  -0.724  -0.834  -0.834  -0.834
128   S        -0.834  -0.834  -0.834  -0.835  -0.835  -0.835  -0.834  -0.834  -0.834
129   L         1.189   1.189   1.189   1.042   1.042   1.042   1.189   1.189   1.189
130   L         1.189   1.189   1.189   1.042   1.042   1.042   1.189   1.189   1.189
131   A        -0.834  -0.834  -0.834  -0.479  -0.479  -0.479  -0.834  -0.834  -0.834
132   A        -0.834  -0.834  -0.834  -0.933  -0.933  -0.933  -0.834  -0.834  -0.834
133   T         1.189   1.189   1.189   0.882   0.882   0.882   1.189   1.189   1.189
134   G         1.189   1.189   1.189   1.286   1.286   1.286   1.189   1.189   1.189
135   M         1.189   1.189   1.189   1.286   1.286   1.286   1.189   1.189   1.189
136   T        -0.834  -0.834  -0.834  -1.066  -1.066  -1.066  -0.834  -0.834  -0.834
137   L        -0.834  -0.834  -0.834  -1.204  -1.204  -1.204  -0.834  -0.834  -0.834
138   G         1.189   1.189   1.189   1.286   1.286   1.286   1.189   1.189   1.189
139   I        -0.834  -0.834  -0.834  -0.949  -0.949  -0.949  -0.834  -0.834  -0.834
140   F        -0.834  -0.834  -0.834  -0.803  -0.803  -0.803  -0.834  -0.834  -0.834
141   G        -0.834  -0.834  -0.834  -0.835  -0.835  -0.835  -0.834  -0.834  -0.834
142   M         1.189   1.189   1.189   1.286   1.286   1.286   1.189   1.189   1.189
143   G         1.189   1.189   1.189   1.286   1.286   1.286   1.189   1.189   1.189
144   I         1.189   1.189   1.189   1.220   1.220   1.220   1.189   1.189   1.189
145   T         1.189   1.189   1.189   0.882   0.882   0.882   1.189   1.189   1.189
146   G         1.189   1.189   1.189   1.286   1.286   1.286   1.189   1.189   1.189
147   T        -0.834  -0.834  -0.834  -1.135  -1.135  -1.135  -0.834  -0.834  -0.834
148   C         1.189   1.189   1.189   1.499   1.499   1.499   1.189   1.189   1.189
149   W         1.189   1.189   1.189   1.541   1.541   1.541   1.189   1.189   1.189
150   S        -0.834  -0.834  -0.834  -0.835  -0.835  -0.835  -0.834  -0.834  -0.834
151   W        -0.834  -0.834  -0.834  -0.539  -0.539  -0.539  -0.834  -0.834  -0.834
152   D         1.189   1.189   1.189   1.307   1.307   1.307   1.189   1.189   1.189
153   V        -0.834  -0.834  -0.834  -0.803  -0.803  -0.803  -0.834  -0.834  -0.834
154   S        -0.834  -0.834  -0.834  -1.135  -1.135  -1.135  -0.834  -0.834  -0.834
155   S        -0.834  -0.834  -0.834  -1.135  -1.135  -1.135  -0.834  -0.834  -0.834
156   F        -0.834  -0.834  -0.834  -0.787  -0.787  -0.787  -0.834  -0.834  -0.834
157   Q        -0.834  -0.834  -0.834  -0.646  -0.646  -0.646  -0.834  -0.834  -0.834
158   E         1.189   1.189   1.189   1.350   1.350   1.350   1.189   1.189   1.189
159   L        -0.834  -0.834  -0.834  -0.933  -0.933  -0.933  -0.834  -0.834  -0.834
160   K        -0.834  -0.834  -0.834  -0.982  -0.982  -0.982  -0.834  -0.834  -0.834
161   Q        -0.834  -0.834  -0.834  -0.615  -0.615  -0.615  -0.834  -0.834  -0.834
162   R         1.189   1.189   1.189   1.109   1.109   1.109   1.189   1.189   1.189
163   L        -0.834  -0.834  -0.834  -0.933  -0.933  -0.933  -0.834  -0.834  -0.834
164   E        -0.834  -0.834  -0.834  -0.803  -0.803  -0.803  -0.834  -0.834  -0.834
165   R        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
166   R        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
167   A        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
168   N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
169   N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
170   E        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
171   F        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
172   V        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
173   V        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
174   T        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
175   N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
176   M        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
177   P        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
178   L         1.189   1.189   1.189   1.042   1.042   1.042   1.189   1.189   1.189
179   D         1.189   1.189   1.189   1.307   1.307   1.307   1.189   1.189   1.189
180   K         1.189   1.189   1.189   1.109   1.109   1.109   1.189   1.189   1.189
181   R        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
182   S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
183   Q        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
184   Q        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
185   V        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
186   V        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
187   D        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
188   S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
189   L        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
190   V        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
191   K        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
192   T        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
193   H        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
194   N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
195   S        -0.834  -0.834  -0.834  -0.787  -0.787  -0.787  -0.834  -0.834  -0.834
196   S        -0.834  -0.834  -0.834  -0.662  -0.662  -0.662  -0.834  -0.834  -0.834
197   L         1.189   1.189   1.189   1.042   1.042   1.042   1.189   1.189   1.189
198   C        -0.834  -0.834  -0.834  -0.570  -0.570  -0.570  -0.834  -0.834  -0.834
199   K        -0.834  -0.834  -0.834  -0.835  -0.835  -0.835  -0.834  -0.834  -0.834
* gap fraction no less than  0.50; conservation set to M-S
  M: mean;  S: standard deviation

al2co - The parameters are:

Input alignment file - ../mafft-mac/clustal/P34224
Output conservation file - output/P34224
All 9 methods are used - true 
   1. unweighted entropy measure; 2. Henikoff entropy measure;
   3. independent count entropy measure;
   4. unweighted variance measure; 5. Henikoff variance measure;
   6. independent count variance measure;
   7. unweighted matrix-based sum-of-pairs measure;
   8. Henikoff matrix-based sum-of-pairs measure;
   9. independent count matrix-based sum-of-pairs measure;
Window size - 1
Conservation normalized to zero mean and unity variance
Gap fraction to suppress calculation -  0.50
