1     M         1.664   1.664   1.664   2.138   2.138   2.138   1.664   1.664   1.664
2     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
3     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
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12    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
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87    S         1.664   1.664   1.664   1.483   1.483   1.483   1.664   1.664   1.664
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95    L         1.664   1.664   1.664   0.959   0.959   0.959   1.664   1.664   1.664
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97    K        -0.597  -0.597  -0.597  -0.474  -0.474  -0.474  -0.597  -0.597  -0.597
98    L         1.664   1.664   1.664   0.959   0.959   0.959   1.664   1.664   1.664
99    C        -0.597  -0.597  -0.597  -0.346  -0.346  -0.346  -0.597  -0.597  -0.597
100   K        -0.597  -0.597  -0.597  -0.490  -0.490  -0.490  -0.597  -0.597  -0.597
101   V        -0.597  -0.597  -0.597  -0.967  -0.967  -0.967  -0.597  -0.597  -0.597
102   K         1.664   1.664   1.664   1.483   1.483   1.483   1.664   1.664   1.664
103   F        -0.597  -0.597  -0.597  -0.843  -0.843  -0.843  -0.597  -0.597  -0.597
104   K         1.664   1.664   1.664   1.483   1.483   1.483   1.664   1.664   1.664
105   I        -0.597  -0.597  -0.597  -1.208  -1.208  -1.208  -0.597  -0.597  -0.597
106   D        -0.597  -0.597  -0.597  -0.253  -0.253  -0.253  -0.597  -0.597  -0.597
107   Q        -0.597  -0.597  -0.597  -0.362  -0.362  -0.362  -0.597  -0.597  -0.597
108   R        -0.597  -0.597  -0.597  -0.131  -0.131  -0.131  -0.597  -0.597  -0.597
109   L        -0.597  -0.597  -0.597  -0.756  -0.756  -0.756  -0.597  -0.597  -0.597
110   D        -0.597  -0.597  -0.597  -0.131  -0.131  -0.131  -0.597  -0.597  -0.597
111   G        -0.597  -0.597  -0.597  -0.131  -0.131  -0.131  -0.597  -0.597  -0.597
112   E        -0.597  -0.597  -0.597  -0.425  -0.425  -0.425  -0.597  -0.597  -0.597
113   G        -0.597  -0.597  -0.597  -0.101  -0.101  -0.101  -0.597  -0.597  -0.597
114   N        -0.597  -0.597  -0.597  -0.506  -0.506  -0.506  -0.597  -0.597  -0.597
115   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
116   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
117   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
118   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
119   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
120   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
121   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
122   G        -0.597  -0.597  -0.597  -0.457  -0.457  -0.457  -0.597  -0.597  -0.597
123   L         1.664   1.664   1.664   0.959   0.959   0.959   1.664   1.664   1.664
124   V         1.664   1.664   1.664   1.840   1.840   1.840   1.664   1.664   1.664
125   K         1.664   1.664   1.664   1.483   1.483   1.483   1.664   1.664   1.664
126   D        -0.597  -0.597  -0.597  -0.237  -0.237  -0.237  -0.597  -0.597  -0.597
127   K         1.664   1.664   1.664   1.483   1.483   1.483   1.664   1.664   1.664
128   L        -0.597  -0.597  -0.597  -1.208  -1.208  -1.208  -0.597  -0.597  -0.597
129   I        -0.597  -0.597  -0.597  -1.208  -1.208  -1.208  -0.597  -0.597  -0.597
130   N        -0.597  -0.597  -0.597  -0.146  -0.146  -0.146  -0.597  -0.597  -0.597
131   F        -0.597  -0.597  -0.597  -0.116  -0.116  -0.116  -0.597  -0.597  -0.597
132   K        -0.597  -0.597  -0.597  -0.861  -0.861  -0.861  -0.597  -0.597  -0.597
133   K        -0.597  -0.597  -0.597  -0.506  -0.506  -0.506  -0.597  -0.597  -0.597
134   K        -0.597  -0.597  -0.597  -0.362  -0.362  -0.362  -0.597  -0.597  -0.597
135   Y        -0.597  -0.597  -0.597  -0.808  -0.808  -0.808  -0.597  -0.597  -0.597
136   N        -0.597  -0.597  -0.597  -0.506  -0.506  -0.506  -0.597  -0.597  -0.597
137   E        -0.597  -0.597  -0.597  -0.843  -0.843  -0.843  -0.597  -0.597  -0.597
138   H        -0.597  -0.597  -0.597  -0.299  -0.299  -0.299  -0.597  -0.597  -0.597
139   I         1.664   1.664   1.664   1.551   1.551   1.551   1.664   1.664   1.664
140   R         1.664   1.664   1.664   1.969   1.969   1.969   1.664   1.664   1.664
141   H        -0.597  -0.597  -0.597  -0.299  -0.299  -0.299  -0.597  -0.597  -0.597
142   I        -0.597  -0.597  -0.597  -1.208  -1.208  -1.208  -0.597  -0.597  -0.597
143   T        -0.597  -0.597  -0.597  -0.041  -0.041  -0.041  -0.597  -0.597  -0.597
144   A        -0.597  -0.597  -0.597  -0.012  -0.012  -0.012  -0.597  -0.597  -0.597
145   A        -0.597  -0.597  -0.597  -0.237  -0.237  -0.237  -0.597  -0.597  -0.597
146   L         1.664   1.664   1.664   0.959   0.959   0.959   1.664   1.664   1.664
147   L         1.664   1.664   1.664   0.959   0.959   0.959   1.664   1.664   1.664
148   Q         1.664   1.664   1.664   2.138   2.138   2.138   1.664   1.664   1.664
149   D         1.664   1.664   1.664   1.818   1.818   1.818   1.664   1.664   1.664
150   L         1.664   1.664   1.664   0.959   0.959   0.959   1.664   1.664   1.664
151   S        -0.597  -0.597  -0.597  -1.266  -1.266  -1.266  -0.597  -0.597  -0.597
152   Y         1.664   1.664   1.664   2.033   2.033   2.033   1.664   1.664   1.664
153   L        -0.597  -0.597  -0.597  -0.722  -0.722  -0.722  -0.597  -0.597  -0.597
154   M        -0.597  -0.597  -0.597  -0.315  -0.315  -0.315  -0.597  -0.597  -0.597
155   V        -0.597  -0.597  -0.597  -0.539  -0.539  -0.539  -0.597  -0.597  -0.597
156   L        -0.597  -0.597  -0.597  -0.967  -0.967  -0.967  -0.597  -0.597  -0.597
157   I        -0.597  -0.597  -0.597  -0.808  -0.808  -0.808  -0.597  -0.597  -0.597
158   Y        -0.597  -0.597  -0.597  -0.393  -0.393  -0.393  -0.597  -0.597  -0.597
159   P        -0.597  -0.597  -0.597  -0.086  -0.086  -0.086  -0.597  -0.597  -0.597
160   G        -0.597  -0.597  -0.597  -0.409  -0.409  -0.409  -0.597  -0.597  -0.597
161   T        -0.597  -0.597  -0.597  -0.116  -0.116  -0.116  -0.597  -0.597  -0.597
162   R        -0.597  -0.597  -0.597  -0.490  -0.490  -0.490  -0.597  -0.597  -0.597
163   L        -0.597  -0.597  -0.597  -1.208  -1.208  -1.208  -0.597  -0.597  -0.597
164   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
165   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
166   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
167   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
168   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
169   F         1.664   1.664   1.664   1.991   1.991   1.991   1.664   1.664   1.664
170   K         1.664   1.664   1.664   1.483   1.483   1.483   1.664   1.664   1.664
171   R         1.664   1.664   1.664   1.969   1.969   1.969   1.664   1.664   1.664
172   L        -0.597  -0.597  -0.597  -0.843  -0.843  -0.843  -0.597  -0.597  -0.597
173   S        -0.597  -0.597  -0.597  -1.266  -1.266  -1.266  -0.597  -0.597  -0.597
174   N        -0.597  -0.597  -0.597  -0.146  -0.146  -0.146  -0.597  -0.597  -0.597
175   I        -0.597  -0.597  -0.597  -1.208  -1.208  -1.208  -0.597  -0.597  -0.597
176   I         1.664   1.664   1.664   1.551   1.551   1.551   1.664   1.664   1.664
177   T        -0.597  -0.597  -0.597  -0.474  -0.474  -0.474  -0.597  -0.597  -0.597
178   L        -0.597  -0.597  -0.597  -1.266  -1.266  -1.266  -0.597  -0.597  -0.597
179   C        -0.597  -0.597  -0.597  -0.041  -0.041  -0.041  -0.597  -0.597  -0.597
180   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
181   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
182   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
183   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
184   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
185   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
186   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
187   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
188   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
189   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
190   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
191   R        -0.597  -0.597  -0.597  -0.026  -0.026  -0.026  -0.597  -0.597  -0.597
192   I         1.664   1.664   1.664   1.551   1.551   1.551   1.664   1.664   1.664
193   I        -0.597  -0.597  -0.597  -0.808  -0.808  -0.808  -0.597  -0.597  -0.597
194   V        -0.597  -0.597  -0.597  -0.967  -0.967  -0.967  -0.597  -0.597  -0.597
* gap fraction no less than  0.50; conservation set to M-S
  M: mean;  S: standard deviation

al2co - The parameters are:

Input alignment file - ../mafft-mac/clustal/P25584
Output conservation file - output/P25584
All 9 methods are used - true 
   1. unweighted entropy measure; 2. Henikoff entropy measure;
   3. independent count entropy measure;
   4. unweighted variance measure; 5. Henikoff variance measure;
   6. independent count variance measure;
   7. unweighted matrix-based sum-of-pairs measure;
   8. Henikoff matrix-based sum-of-pairs measure;
   9. independent count matrix-based sum-of-pairs measure;
Window size - 1
Conservation normalized to zero mean and unity variance
Gap fraction to suppress calculation -  0.50
