1     M         1.671   1.690   1.833   1.931   1.971   2.195   1.898   1.926   2.197
2     V        -0.045   0.090  -0.002  -0.279  -0.063  -0.223  -0.281  -0.069  -0.218
3     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
4     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
5     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
6     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
7     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
8     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
9     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
10    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
11    F         0.661   0.699   0.677   0.851   0.906   0.846   0.468   0.532   0.421
12    Y         0.661   0.616   0.645   0.842   0.768   0.781   0.468   0.371   0.353
13    K         0.426   0.447   0.586  -0.086  -0.058   0.154  -0.008   0.022   0.226
14    V         0.426   0.446   0.585   0.074   0.086   0.312  -0.008   0.020   0.224
15    T         0.995   0.912   0.838   1.158   1.037   0.921   1.064   0.921   0.751
16    L         0.483   0.479   0.597   0.232   0.229   0.397   0.111   0.090   0.249
17    S        -1.752  -1.722  -1.645  -1.700  -1.670  -1.535  -1.319  -1.288  -1.168
18    R         1.671   1.690   1.833   1.639   1.649   1.899   1.898   1.926   2.197
19    S         1.671   1.690   1.833   1.639   1.655   1.899   1.898   1.926   2.197
20    L        -1.441  -1.412  -1.354  -1.498  -1.423  -1.381  -1.200  -1.164  -1.062
21    I         0.995   0.981   0.851   1.167   1.148   0.946   1.064   1.039   0.777
22    G         0.995   0.981   0.851   1.114   1.117   0.901   1.064   1.039   0.777
23    V        -1.130  -1.076  -1.023  -1.055  -0.971  -0.898  -1.081  -1.026  -0.925
24    P         0.350   0.237   0.093   0.688   0.522   0.312   0.349   0.178  -0.060
25    H        -1.752  -1.687  -1.645  -1.378  -1.320  -1.242  -1.319  -1.262  -1.168
26    T        -0.584  -0.472  -0.543  -0.876  -0.751  -0.797  -0.723  -0.609  -0.635
27    T         0.350   0.237   0.093   0.546   0.368   0.125   0.349   0.178  -0.060
28    K         0.350   0.446   0.127   0.428   0.541   0.092   0.349   0.486  -0.006
29    S        -1.441  -1.419  -1.344  -1.283  -1.258  -1.159  -1.200  -1.173  -1.055
30    I        -0.507  -0.475  -0.520  -0.581  -0.537  -0.565  -0.604  -0.543  -0.591
31    V        -0.079  -0.041  -0.016  -0.434  -0.330  -0.299  -0.366  -0.287  -0.248
32    K        -0.818  -0.922  -0.968  -0.854  -0.970  -1.061  -0.723  -0.837  -0.863
33    S        -0.079  -0.082  -0.038  -0.237  -0.248  -0.160  -0.366  -0.365  -0.293
34    L         0.995   1.071   0.869   0.995   1.107   0.837   1.064   1.185   0.813
35    G         0.995   0.912   0.838   1.114   1.019   0.877   1.064   0.921   0.751
36    L         1.671   1.690   1.833   1.594   1.639   1.853   1.898   1.926   2.197
37    G        -0.507  -0.586  -0.575  -0.606  -0.738  -0.779  -0.604  -0.698  -0.665
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39    R         0.995   0.981   0.851   1.000   0.960   0.767   1.064   1.039   0.777
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41    S         0.483   0.483   0.595   0.271   0.248   0.431   0.111   0.098   0.245
42    I        -0.507  -0.504  -0.537  -0.609  -0.619  -0.631  -0.604  -0.589  -0.619
43    V        -0.818  -0.808  -0.924  -0.870  -0.881  -1.064  -0.723  -0.711  -0.816
44    Y         0.995   0.999   0.845   1.311   1.328   1.127   1.064   1.069   0.764
45    K        -1.752  -1.729  -1.641  -1.462  -1.404  -1.324  -1.319  -1.293  -1.166
46    K        -0.507  -0.564  -0.553  -0.627  -0.684  -0.659  -0.604  -0.659  -0.638
47    V         0.995   1.097   0.874   0.915   1.035   0.761   1.064   1.226   0.821
48    N        -1.012  -0.968  -0.971  -0.853  -0.797  -0.773  -0.962  -0.914  -0.874
49    P         0.995   0.990   0.851   1.279   1.276   1.094   1.064   1.054   0.777
50    A        -0.818  -0.832  -0.932  -0.669  -0.713  -0.844  -0.723  -0.741  -0.825
51    I        -1.323  -1.367  -1.331  -0.941  -1.022  -0.949  -1.081  -1.117  -1.041
52    A         1.671   1.690   1.833   1.773   1.817   2.034   1.898   1.926   2.197
53    G         0.661   0.644   0.671   0.712   0.699   0.718   0.468   0.424   0.408
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55    L         0.054   0.078  -0.011  -0.087  -0.069  -0.226  -0.128  -0.129  -0.242
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57    K        -0.257  -0.223  -0.438  -0.314  -0.265  -0.580  -0.247  -0.205  -0.479
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59    K         1.671   1.690   1.833   1.464   1.511   1.720   1.898   1.926   2.197
60    E         1.671   1.690   1.833   1.736   1.795   1.997   1.898   1.926   2.197
61    L         1.671   1.690   1.833   1.594   1.639   1.853   1.898   1.926   2.197
62    V         0.995   1.071   0.869   0.918   1.005   0.761   1.064   1.185   0.813
63    K        -0.584  -0.590  -0.558  -0.866  -0.876  -0.804  -0.723  -0.721  -0.651
64    V         0.995   0.970   0.848   0.918   0.878   0.727   1.064   1.020   0.771
65    E         0.350   0.329   0.124   0.546   0.530   0.223   0.349   0.309  -0.010
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69    H        -1.130  -1.088  -1.019  -1.070  -1.007  -0.904  -1.081  -1.035  -0.922
70    E        -1.441  -1.371  -1.338  -1.487  -1.405  -1.321  -1.200  -1.136  -1.050
71    L         0.483   0.479   0.597   0.031   0.021   0.150   0.111   0.090   0.249
72    T        -0.079  -0.128  -0.045  -0.205  -0.287  -0.151  -0.366  -0.420  -0.300
73    P        -0.818  -0.846  -0.939  -0.844  -0.891  -1.010  -0.723  -0.757  -0.832
74    S        -1.441  -1.434  -1.348  -1.262  -1.247  -1.142  -1.200  -1.186  -1.058
75    Q         0.426   0.446   0.585   0.258   0.300   0.494  -0.008   0.020   0.224
76    Q        -0.701  -0.748  -0.629  -0.753  -0.836  -0.680  -0.842  -0.884  -0.729
77    R        -0.584  -0.586  -0.560  -0.831  -0.830  -0.756  -0.723  -0.709  -0.648
78    E        -1.012  -1.072  -1.010  -0.928  -1.006  -0.933  -0.962  -1.014  -0.911
79    L        -0.701  -0.748  -0.629  -0.811  -0.837  -0.688  -0.842  -0.884  -0.729
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82    S        -1.012  -1.032  -0.991  -0.882  -0.921  -0.807  -0.962  -0.971  -0.892
83    N        -0.818  -0.914  -0.954  -0.460  -0.617  -0.755  -0.723  -0.829  -0.849
84    P        -0.257  -0.349  -0.487   0.073  -0.080  -0.317  -0.247  -0.369  -0.544
85    G         1.671   1.690   1.833   1.736   1.788   1.997   1.898   1.926   2.197
86    F         1.671   1.690   1.833   1.910   1.937   2.173   1.898   1.926   2.197
87    I        -1.012  -0.974  -0.987  -0.991  -0.962  -0.997  -0.962  -0.924  -0.889
88    V         0.350   0.308   0.110   0.320   0.258  -0.026   0.349   0.286  -0.033
89    E        -0.079  -0.095  -0.052  -0.197  -0.217  -0.175  -0.366  -0.389  -0.311
90    K         0.350   0.248   0.100   0.298   0.187  -0.028   0.349   0.193  -0.048
91    R        -0.622  -0.662  -0.588  -0.714  -0.786  -0.676  -0.748  -0.784  -0.681
92    T        -1.132  -1.098  -1.030  -1.343  -1.310  -1.189  -1.067  -1.032  -0.927
93    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
94    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
95    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
96    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
97    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
98    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
99    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
100   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
101   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
102   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
103   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
104   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
105   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
106   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
107   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
108   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
109   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
110   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
111   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
112   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
113   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
114   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
115   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
116   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
117   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
118   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
119   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
120   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
121   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
122   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
123   -        -0.035  -0.035  -0.028   0.173   0.176   0.148  -0.237  -0.240  -0.253
124   -         0.773   0.789   0.762   0.887   0.915   0.868   0.678   0.702   0.599
125   -        -0.035   0.031  -0.003  -0.206  -0.104  -0.182  -0.237  -0.137  -0.212
126   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
127   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
128   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
129   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
130   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
131   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
132   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
133   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
134   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
135   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
136   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
137   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
138   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
139   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
140   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
141   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
142   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
143   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
144   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
145   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
146   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
147   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
148   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
149   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
150   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
151   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
152   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
153   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
154   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
155   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
156   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
157   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
158   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
159   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
160   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
161   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
162   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
163   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
164   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
165   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
166   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
167   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
168   I        -1.468  -1.423  -1.364  -1.307  -1.245  -1.198  -1.214  -1.169  -1.069
169   D        -1.468  -1.433  -1.358  -1.304  -1.287  -1.168  -1.214  -1.178  -1.064
* gap fraction no less than  0.50; conservation set to M-S
  M: mean;  S: standard deviation

al2co - The parameters are:

Input alignment file - ../mafft-mac/clustal/P20084
Output conservation file - output/P20084
All 9 methods are used - true 
   1. unweighted entropy measure; 2. Henikoff entropy measure;
   3. independent count entropy measure;
   4. unweighted variance measure; 5. Henikoff variance measure;
   6. independent count variance measure;
   7. unweighted matrix-based sum-of-pairs measure;
   8. Henikoff matrix-based sum-of-pairs measure;
   9. independent count matrix-based sum-of-pairs measure;
Window size - 1
Conservation normalized to zero mean and unity variance
Gap fraction to suppress calculation -  0.50
