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97    K         1.470   1.485   1.532   1.271   1.280   1.376   1.585   1.608   1.673
98    G         0.488   0.505   0.347   0.306   0.298   0.058   0.430   0.456   0.182
99    N         1.470   1.485   1.532   1.312   1.337   1.416   1.585   1.608   1.673
100   W         1.470   1.485   1.532   1.740   1.778   1.837   1.585   1.608   1.673
101   G         1.470   1.485   1.532   1.325   1.322   1.429   1.585   1.608   1.673
102   K         0.488   0.505   0.347   0.334   0.345   0.138   0.430   0.456   0.182
103   P         0.488   0.558   0.373   0.758   0.866   0.594   0.430   0.540   0.228
104   G         0.488   0.369   0.312   0.354   0.142   0.075   0.430   0.235   0.122
105   D         1.470   1.485   1.532   1.485   1.527   1.586   1.585   1.608   1.673
106   E         0.488   0.369   0.312   0.522   0.355   0.229   0.430   0.235   0.122
107   I        -0.394  -0.358  -0.509  -0.053   0.033  -0.226  -0.436  -0.383  -0.578
108   D        -0.600  -0.572  -0.562  -0.856  -0.797  -0.798  -0.725  -0.687  -0.651
109   D         1.470   1.485   1.532   1.485   1.527   1.586   1.585   1.608   1.673
110   L        -0.394  -0.358  -0.509  -0.247  -0.149  -0.492  -0.436  -0.383  -0.578
111   I        -0.570  -0.631  -0.586  -0.403  -0.489  -0.434  -0.671  -0.747  -0.677
112   D         0.367   0.280   0.262   0.329   0.189   0.135   0.232   0.081   0.033
113   N        -0.570  -0.571  -0.566  -0.564  -0.545  -0.588  -0.671  -0.673  -0.652
114   G        -0.394  -0.358  -0.509  -0.564  -0.533  -0.744  -0.436  -0.383  -0.578
115   E        -0.394  -0.358  -0.509  -0.267  -0.185  -0.413  -0.436  -0.383  -0.578
116   I        -1.143  -1.176  -1.147  -0.794  -0.831  -0.795  -1.014  -1.042  -0.981
117   P        -1.687  -1.664  -1.596  -1.734  -1.753  -1.580  -1.303  -1.274  -1.174
118   P        -1.143  -1.176  -1.147  -0.833  -0.888  -0.825  -1.014  -1.042  -0.981
119   V        -1.687  -1.664  -1.596  -1.398  -1.405  -1.249  -1.303  -1.274  -1.174
120   F        -1.143  -1.176  -1.147  -1.049  -1.100  -1.104  -1.014  -1.042  -0.981
121   K        -1.687  -1.664  -1.596  -1.763  -1.694  -1.608  -1.303  -1.274  -1.174
122   K        -0.600  -0.647  -0.579  -0.832  -0.896  -0.754  -0.725  -0.770  -0.670
123   D        -1.143  -1.161  -1.130  -1.118  -1.150  -1.116  -1.014  -1.028  -0.964
124   R         1.470   1.485   1.532   1.601   1.626   1.700   1.585   1.608   1.673
125   R         0.488   0.369   0.312   0.646   0.455   0.362   0.430   0.235   0.122
126   G         0.150   0.201   0.239  -0.326  -0.249  -0.163  -0.147  -0.056  -0.008
127   S         1.470   1.485   1.532   1.575   1.615   1.675   1.585   1.608   1.673
128   N         1.470   1.485   1.532   1.312   1.337   1.416   1.585   1.608   1.673
129   L        -0.570  -0.602  -0.569  -0.571  -0.650  -0.583  -0.671  -0.710  -0.655
130   Q        -1.250  -1.234  -1.162  -1.153  -1.082  -1.009  -1.122  -1.099  -0.996
131   S        -1.250  -1.234  -1.162  -1.254  -1.237  -1.108  -1.122  -1.099  -0.996
132   H         0.367   0.387   0.315   0.166   0.198   0.095   0.232   0.265   0.127
133   E        -0.570  -0.585  -0.554  -0.538  -0.529  -0.495  -0.671  -0.688  -0.636
134   Q         0.367   0.417   0.322   0.439   0.552   0.352   0.232   0.314   0.139
135   K        -0.570  -0.526  -0.540  -0.686  -0.625  -0.658  -0.671  -0.609  -0.618
136   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
137   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
138   F        -0.570  -0.506  -0.550  -0.340  -0.194  -0.311  -0.671  -0.582  -0.632
139   E        -0.570  -0.526  -0.540  -0.977  -0.911  -0.927  -0.671  -0.609  -0.618
140   N        -0.570  -0.581  -0.551  -0.893  -0.936  -0.852  -0.671  -0.684  -0.632
141   V        -1.143  -1.135  -1.132  -0.813  -0.763  -0.790  -1.014  -1.002  -0.966
142   Q        -0.600  -0.647  -0.579  -0.774  -0.835  -0.727  -0.725  -0.770  -0.670
143   K        -0.600  -0.565  -0.561  -0.940  -0.867  -0.833  -0.725  -0.677  -0.647
144   E        -1.687  -1.664  -1.596  -1.720  -1.689  -1.565  -1.303  -1.274  -1.174
145   -         0.221   0.174   0.220   0.380   0.307   0.380  -0.019  -0.105  -0.041
146   -         0.221   0.174   0.220   0.057  -0.037   0.046  -0.019  -0.105  -0.041
147   -        -0.685  -0.666  -0.603  -0.943  -0.894  -0.801  -0.821  -0.792  -0.699
148   -        -0.685  -0.666  -0.603  -0.629  -0.573  -0.492  -0.821  -0.792  -0.699
149   -        -0.685  -0.666  -0.603  -0.547  -0.494  -0.412  -0.821  -0.792  -0.699
150   -        -0.685  -0.666  -0.603  -0.558  -0.513  -0.423  -0.821  -0.792  -0.699
151   -        -0.685  -0.666  -0.603  -0.864  -0.835  -0.724  -0.821  -0.792  -0.699
152   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
153   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
154   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
155   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
156   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
157   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
158   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
* gap fraction no less than  0.50; conservation set to M-S
  M: mean;  S: standard deviation

al2co - The parameters are:

Input alignment file - ../mafft-mac/clustal/P16965
Output conservation file - output/P16965
All 9 methods are used - true 
   1. unweighted entropy measure; 2. Henikoff entropy measure;
   3. independent count entropy measure;
   4. unweighted variance measure; 5. Henikoff variance measure;
   6. independent count variance measure;
   7. unweighted matrix-based sum-of-pairs measure;
   8. Henikoff matrix-based sum-of-pairs measure;
   9. independent count matrix-based sum-of-pairs measure;
Window size - 1
Conservation normalized to zero mean and unity variance
Gap fraction to suppress calculation -  0.50
