1     M         1.209   1.209   1.209   1.466   1.466   1.466   1.209   1.209   1.209
2     D        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
3     R        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
4     D        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
5     H        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
6     I        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
7     N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
8     D        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
9     H        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
10    D        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
11    H        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
12    R        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
13    M        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
14    S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
15    Y        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
16    S        -0.819  -0.819  -0.819  -0.756  -0.756  -0.756  -0.819  -0.819  -0.819
17    I        -0.819  -0.819  -0.819  -1.006  -1.006  -1.006  -0.819  -0.819  -0.819
18    N        -0.819  -0.819  -0.819  -0.691  -0.691  -0.691  -0.819  -0.819  -0.819
19    K        -0.819  -0.819  -0.819  -0.871  -0.871  -0.871  -0.819  -0.819  -0.819
20    D        -0.819  -0.819  -0.819  -1.024  -1.024  -1.024  -0.819  -0.819  -0.819
21    D         1.209   1.209   1.209   1.083   1.083   1.083   1.209   1.209   1.209
22    L         1.209   1.209   1.209   0.943   0.943   0.943   1.209   1.209   1.209
23    L        -0.819  -0.819  -0.819  -0.871  -0.871  -0.871  -0.819  -0.819  -0.819
24    L         1.209   1.209   1.209   0.943   0.943   0.943   1.209   1.209   1.209
25    M        -0.819  -0.819  -0.819  -0.628  -0.628  -0.628  -0.819  -0.819  -0.819
26    V         1.209   1.209   1.209   1.243   1.243   1.243   1.209   1.209   1.209
27    L         1.209   1.209   1.209   0.943   0.943   0.943   1.209   1.209   1.209
28    A        -0.819  -0.819  -0.819  -0.955  -0.955  -0.955  -0.819  -0.819  -0.819
29    V         1.209   1.209   1.209   1.243   1.243   1.243   1.209   1.209   1.209
30    F        -0.819  -0.819  -0.819  -0.871  -0.871  -0.871  -0.819  -0.819  -0.819
31    I        -0.819  -0.819  -0.819  -0.643  -0.643  -0.643  -0.819  -0.819  -0.819
32    P         1.209   1.209   1.209   1.152   1.152   1.152   1.209   1.209   1.209
33    P         1.209   1.209   1.209   1.152   1.152   1.152   1.209   1.209   1.209
34    V        -0.819  -0.819  -0.819  -1.024  -1.024  -1.024  -0.819  -0.819  -0.819
35    A        -0.819  -0.819  -0.819  -0.921  -0.921  -0.921  -0.819  -0.819  -0.819
36    V         1.209   1.209   1.209   1.243   1.243   1.243   1.209   1.209   1.209
37    W         1.209   1.209   1.209   1.552   1.552   1.552   1.209   1.209   1.209
38    K        -0.819  -0.819  -0.819  -0.643  -0.643  -0.643  -0.819  -0.819  -0.819
39    R         1.209   1.209   1.209   1.266   1.266   1.266   1.209   1.209   1.209
40    K         1.209   1.209   1.209   1.444   1.444   1.444   1.209   1.209   1.209
41    G         1.209   1.209   1.209   1.355   1.355   1.355   1.209   1.209   1.209
42    M        -0.819  -0.819  -0.819  -0.503  -0.503  -0.503  -0.819  -0.819  -0.819
43    F        -0.819  -0.819  -0.819  -0.518  -0.518  -0.518  -0.819  -0.819  -0.819
44    N        -0.819  -0.819  -0.819  -0.938  -0.938  -0.938  -0.819  -0.819  -0.819
45    R        -0.819  -0.819  -0.819  -0.643  -0.643  -0.643  -0.819  -0.819  -0.819
46    D         1.209   1.209   1.209   1.083   1.083   1.083   1.209   1.209   1.209
47    T        -0.819  -0.819  -0.819  -0.772  -0.772  -0.772  -0.819  -0.819  -0.819
48    L         1.209   1.209   1.209   0.943   0.943   0.943   1.209   1.209   1.209
49    L        -0.819  -0.819  -0.819  -1.006  -1.006  -1.006  -0.819  -0.819  -0.819
50    N         1.209   1.209   1.209   1.198   1.198   1.198   1.209   1.209   1.209
51    L        -0.819  -0.819  -0.819  -1.006  -1.006  -1.006  -0.819  -0.819  -0.819
52    L        -0.819  -0.819  -0.819  -1.076  -1.076  -1.076  -0.819  -0.819  -0.819
53    L         1.209   1.209   1.209   0.943   0.943   0.943   1.209   1.209   1.209
54    F        -0.819  -0.819  -0.819  -0.518  -0.518  -0.518  -0.819  -0.819  -0.819
55    L        -0.819  -0.819  -0.819  -0.854  -0.854  -0.854  -0.819  -0.819  -0.819
56    L         1.209   1.209   1.209   0.943   0.943   0.943   1.209   1.209   1.209
57    L        -0.819  -0.819  -0.819  -0.938  -0.938  -0.938  -0.819  -0.819  -0.819
58    F        -0.819  -0.819  -0.819  -0.643  -0.643  -0.643  -0.819  -0.819  -0.819
59    F         1.209   1.209   1.209   1.444   1.444   1.444   1.209   1.209   1.209
60    P         1.209   1.209   1.209   1.152   1.152   1.152   1.209   1.209   1.209
61    A        -0.819  -0.819  -0.819  -0.772  -0.772  -0.772  -0.819  -0.819  -0.819
62    I        -0.819  -0.819  -0.819  -1.006  -1.006  -1.006  -0.819  -0.819  -0.819
63    I         1.209   1.209   1.209   1.266   1.266   1.266   1.209   1.209   1.209
64    H         1.209   1.209   1.209   1.175   1.175   1.175   1.209   1.209   1.209
65    A        -0.819  -0.819  -0.819  -0.955  -0.955  -0.955  -0.819  -0.819  -0.819
66    C        -0.819  -0.819  -0.819  -0.442  -0.442  -0.442  -0.819  -0.819  -0.819
67    Y         1.209   1.209   1.209   1.266   1.266   1.266   1.209   1.209   1.209
68    V        -0.819  -0.819  -0.819  -0.788  -0.788  -0.788  -0.819  -0.819  -0.819
69    V        -0.819  -0.819  -0.819  -0.788  -0.788  -0.788  -0.819  -0.819  -0.819
70    Y        -0.819  -0.819  -0.819  -0.838  -0.838  -0.838  -0.819  -0.819  -0.819
71    E        -0.819  -0.819  -0.819  -0.596  -0.596  -0.596  -0.819  -0.819  -0.819
72    T        -0.819  -0.819  -0.819  -0.659  -0.659  -0.659  -0.819  -0.819  -0.819
73    S        -0.819  -0.819  -0.819  -0.972  -0.972  -0.972  -0.819  -0.819  -0.819
74    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
75    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
76    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
77    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
78    S        -0.819  -0.819  -0.819  -0.888  -0.888  -0.888  -0.819  -0.819  -0.819
79    E        -0.819  -0.819  -0.819  -0.723  -0.723  -0.723  -0.819  -0.819  -0.819
80    R        -0.819  -0.819  -0.819  -0.772  -0.772  -0.772  -0.819  -0.819  -0.819
81    S        -0.819  -0.819  -0.819  -0.888  -0.888  -0.888  -0.819  -0.819  -0.819
82    Y        -0.819  -0.819  -0.819  -0.772  -0.772  -0.772  -0.819  -0.819  -0.819
83    D        -0.819  -0.819  -0.819  -0.904  -0.904  -0.904  -0.819  -0.819  -0.819
84    L        -0.819  -0.819  -0.819  -1.006  -1.006  -1.006  -0.819  -0.819  -0.819
85    S        -0.819  -0.819  -0.819  -0.888  -0.888  -0.888  -0.819  -0.819  -0.819
86    R         1.209   1.209   1.209   1.266   1.266   1.266   1.209   1.209   1.209
87    R        -0.819  -0.819  -0.819  -0.643  -0.643  -0.643  -0.819  -0.819  -0.819
88    H        -0.819  -0.819  -0.819  -0.972  -0.972  -0.972  -0.819  -0.819  -0.819
89    A        -0.819  -0.819  -0.819  -0.723  -0.723  -0.723  -0.819  -0.819  -0.819
90    T        -0.819  -0.819  -0.819  -0.659  -0.659  -0.659  -0.819  -0.819  -0.819
91    A        -0.819  -0.819  -0.819  -0.838  -0.838  -0.838  -0.819  -0.819  -0.819
92    P        -0.819  -0.819  -0.819  -0.854  -0.854  -0.854  -0.819  -0.819  -0.819
93    A        -0.819  -0.819  -0.819  -0.854  -0.854  -0.854  -0.819  -0.819  -0.819
94    V        -0.819  -0.819  -0.819  -0.788  -0.788  -0.788  -0.819  -0.819  -0.819
95    D        -0.819  -0.819  -0.819  -0.904  -0.904  -0.904  -0.819  -0.819  -0.819
96    R        -0.819  -0.819  -0.819  -0.888  -0.888  -0.888  -0.819  -0.819  -0.819
97    D         1.209   1.209   1.209   1.083   1.083   1.083   1.209   1.209   1.209
98    L         1.209   1.209   1.209   0.943   0.943   0.943   1.209   1.209   1.209
99    E         1.209   1.209   1.209   1.333   1.333   1.333   1.209   1.209   1.209
100   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
101   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
102   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
103   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
104   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
105   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
106   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
107   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
108   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
109   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
110   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
111   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
112   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
113   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
114   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
115   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
116   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
117   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
118   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
119   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
120   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
121   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
122   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
123   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
124   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
125   A        -0.819  -0.819  -0.819  -0.904  -0.904  -0.904  -0.819  -0.819  -0.819
126   H         1.209   1.209   1.209   1.175   1.175   1.175   1.209   1.209   1.209
127   P        -0.819  -0.819  -0.819  -0.904  -0.904  -0.904  -0.819  -0.819  -0.819
128   A        -0.819  -0.819  -0.819  -0.838  -0.838  -0.838  -0.819  -0.819  -0.819
129   E        -0.819  -0.819  -0.819  -0.788  -0.788  -0.788  -0.819  -0.819  -0.819
130   E         1.209   1.209   1.209   1.333   1.333   1.333   1.209   1.209   1.209
131   S         1.209   1.209   1.209   1.106   1.106   1.106   1.209   1.209   1.209
132   Q         1.209   1.209   1.209   1.266   1.266   1.266   1.209   1.209   1.209
133   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
134   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
135   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
136   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
137   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
138   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
139   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
140   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
141   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
142   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
143   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
144   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
145   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
146   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
147   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
148   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
149   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
150   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
151   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
152   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
153   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
154   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
155   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
156   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
157   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
158   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
159   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
160   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
161   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
162   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
163   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
164   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
165   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
166   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
167   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
168   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
169   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
170   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
171   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
172   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
173   A         1.209   1.209   1.209   1.175   1.175   1.175   1.209   1.209   1.209
174   Q        -0.819  -0.819  -0.819  -0.854  -0.854  -0.854  -0.819  -0.819  -0.819
175   P         1.209   1.209   1.209   1.152   1.152   1.152   1.209   1.209   1.209
176   P         1.209   1.209   1.209   1.152   1.152   1.152   1.209   1.209   1.209
177   A         1.209   1.209   1.209   1.175   1.175   1.175   1.209   1.209   1.209
178   Y         1.209   1.209   1.209   1.266   1.266   1.266   1.209   1.209   1.209
179   D        -0.819  -0.819  -0.819  -0.788  -0.788  -0.788  -0.819  -0.819  -0.819
180   E         1.209   1.209   1.209   1.333   1.333   1.333   1.209   1.209   1.209
181   D        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
182   D        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
183   E        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
184   A        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
185   G        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
186   A        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
187   D        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
188   V        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
189   P        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
190   L        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
191   M        -0.819  -0.819  -0.819  -0.628  -0.628  -0.628  -0.819  -0.819  -0.819
192   D         1.209   1.209   1.209   1.083   1.083   1.083   1.209   1.209   1.209
193   N         1.209   1.209   1.209   1.198   1.198   1.198   1.209   1.209   1.209
194   K         1.209   1.209   1.209   1.444   1.444   1.444   1.209   1.209   1.209
195   Q        -0.819  -0.819  -0.819  -0.659  -0.659  -0.659  -0.819  -0.819  -0.819
196   Q         1.209   1.209   1.209   1.266   1.266   1.266   1.209   1.209   1.209
197   L        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
198   S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
199   S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
200   G        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
201   R        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
202   T        -0.819  -0.819  -0.819  -0.723  -0.723  -0.723  -0.819  -0.819  -0.819
* gap fraction no less than  0.50; conservation set to M-S
  M: mean;  S: standard deviation

al2co - The parameters are:

Input alignment file - ../mafft-mac/clustal/P14359
Output conservation file - output/P14359
All 9 methods are used - true 
   1. unweighted entropy measure; 2. Henikoff entropy measure;
   3. independent count entropy measure;
   4. unweighted variance measure; 5. Henikoff variance measure;
   6. independent count variance measure;
   7. unweighted matrix-based sum-of-pairs measure;
   8. Henikoff matrix-based sum-of-pairs measure;
   9. independent count matrix-based sum-of-pairs measure;
Window size - 1
Conservation normalized to zero mean and unity variance
Gap fraction to suppress calculation -  0.50
