1     M         0.480   0.492   0.510   1.096   1.080   0.998   0.495   0.507   0.531
2     G        -0.893  -1.393  -1.381  -1.031  -1.724  -1.684  -0.884  -1.587  -1.602
3     K        -2.720  -3.023  -2.498  -3.332  -3.715  -2.875  -2.723  -2.995  -2.326
4     G        -0.688  -0.604  -1.367  -0.785  -0.675  -1.650  -0.617  -0.504  -1.579
5     K         0.480   0.492   0.510  -0.139  -0.084   0.058   0.495   0.507   0.531
6     P         0.480   0.492   0.510   0.796   0.795   0.770   0.495   0.507   0.531
7     R        -1.293  -1.425  -1.373  -1.347  -1.565  -1.548  -1.452  -1.636  -1.588
8     G         0.480   0.492   0.510   0.158   0.184   0.284   0.495   0.507   0.531
9     L         0.480   0.492   0.510   0.438   0.466   0.497   0.495   0.507   0.531
10    N         0.480   0.492   0.510   0.667   0.687   0.672   0.495   0.507   0.531
11    S        -1.820  -1.715  -1.386  -2.105  -1.959  -1.472  -2.286  -2.095  -1.609
12    A         0.480   0.492   0.510   0.494   0.486   0.540   0.495   0.507   0.531
13    R         0.480   0.492   0.510   0.409   0.432   0.476   0.495   0.507   0.531
14    K         0.480   0.492   0.510  -0.139  -0.084   0.058   0.495   0.507   0.531
15    L         0.480   0.492   0.510   0.438   0.466   0.497   0.495   0.507   0.531
16    R         0.480   0.492   0.510   0.409   0.432   0.476   0.495   0.507   0.531
17    V        -2.657  -2.742  -2.496  -2.675  -2.719  -2.309  -2.703  -2.735  -2.324
18    H        -0.688  -0.886  -1.370   0.063  -0.202  -1.101  -0.617  -0.863  -1.584
19    R         0.480   0.492   0.510   0.409   0.432   0.476   0.495   0.507   0.531
20    R         0.480   0.492   0.510   0.409   0.432   0.476   0.495   0.507   0.531
21    N        -2.657  -2.742  -2.496  -2.347  -2.445  -2.113  -2.703  -2.735  -2.324
22    N        -2.361  -2.625  -2.493  -1.848  -2.189  -2.047  -2.286  -2.553  -2.320
23    R         0.480   0.492   0.510   0.409   0.432   0.476   0.495   0.507   0.531
24    W         0.480   0.492   0.510   1.050   1.039   0.963   0.495   0.507   0.531
25    A        -0.688  -0.886  -1.370  -0.448  -0.702  -1.447  -0.617  -0.863  -1.584
26    E        -1.651  -1.274  -1.374  -1.403  -0.834  -1.148  -2.008  -1.409  -1.589
27    N        -4.619  -4.229  -3.895  -3.948  -3.523  -3.061  -3.815  -3.388  -2.897
28    N        -4.619  -4.185  -3.896  -3.804  -3.202  -3.004  -3.815  -3.350  -2.898
29    Y         0.480   0.492   0.510   1.082   1.064   0.988   0.495   0.507   0.531
30    K         0.480   0.492   0.510  -0.139  -0.084   0.058   0.495   0.507   0.531
31    K        -1.809  -1.519  -2.482  -2.036  -1.660  -2.764  -1.591  -1.241  -2.309
32    R         0.480   0.492   0.510   0.409   0.432   0.476   0.495   0.507   0.531
33    L        -0.688  -0.886  -1.370  -0.516  -0.744  -1.527  -0.617  -0.863  -1.584
34    L         0.480   0.492   0.510   0.438   0.466   0.497   0.495   0.507   0.531
35    G         0.480   0.492   0.510   0.158   0.184   0.284   0.495   0.507   0.531
36    T         0.480   0.492   0.510   1.023   1.014   0.943   0.495   0.507   0.531
37    A         0.480   0.492   0.510   0.494   0.486   0.540   0.495   0.507   0.531
38    F        -1.293  -1.425  -1.373  -0.806  -1.007  -1.028  -1.452  -1.636  -1.588
39    K         0.480   0.492   0.510  -0.139  -0.084   0.058   0.495   0.507   0.531
40    S         0.480   0.492   0.510   0.584   0.607   0.609   0.495   0.507   0.531
41    S         0.480   0.492   0.510   0.584   0.607   0.609   0.495   0.507   0.531
42    P         0.480   0.492   0.510   0.796   0.795   0.770   0.495   0.507   0.531
43    F         0.480   0.492   0.510   0.796   0.795   0.770   0.495   0.507   0.531
44    G         0.480   0.492   0.510   0.158   0.184   0.284   0.495   0.507   0.531
45    G         0.480   0.492   0.510   0.158   0.184   0.284   0.495   0.507   0.531
46    S         0.480   0.492   0.510   0.584   0.607   0.609   0.495   0.507   0.531
47    S         0.480   0.492   0.510   0.584   0.607   0.609   0.495   0.507   0.531
48    H         0.480   0.492   0.510   0.997   0.976   0.923   0.495   0.507   0.531
49    A         0.480   0.492   0.510   0.494   0.486   0.540   0.495   0.507   0.531
50    K         0.480   0.492   0.510  -0.139  -0.084   0.058   0.495   0.507   0.531
51    G         0.480   0.492   0.510   0.158   0.184   0.284   0.495   0.507   0.531
52    I         0.480   0.492   0.510   0.844   0.846   0.806   0.495   0.507   0.531
53    V         0.480   0.492   0.510   0.338   0.354   0.422   0.495   0.507   0.531
54    L        -1.293  -1.425  -1.373  -1.363  -1.581  -1.608  -1.452  -1.636  -1.588
55    E         0.480   0.492   0.510   0.742   0.741   0.729   0.495   0.507   0.531
56    K         0.480   0.492   0.510  -0.139  -0.084   0.058   0.495   0.507   0.531
57    L        -2.361  -2.192  -2.485  -1.881  -1.608  -2.357  -2.286  -2.007  -2.312
58    G         0.480   0.492   0.510   0.158   0.184   0.284   0.495   0.507   0.531
59    I        -1.820  -1.715  -1.386  -1.991  -1.915  -1.420  -2.286  -2.095  -1.609
60    E         0.480   0.492   0.510   0.742   0.741   0.729   0.495   0.507   0.531
61    S        -1.820  -1.715  -1.386  -2.105  -1.959  -1.472  -2.286  -2.095  -1.609
62    K         0.480   0.492   0.510  -0.139  -0.084   0.058   0.495   0.507   0.531
63    Q         0.480   0.492   0.510   1.017   1.004   0.938   0.495   0.507   0.531
64    P         0.480   0.492   0.510   0.796   0.795   0.770   0.495   0.507   0.531
65    N         0.480   0.492   0.510   0.667   0.687   0.672   0.495   0.507   0.531
66    S         0.480   0.492   0.510   0.584   0.607   0.609   0.495   0.507   0.531
67    A        -0.688  -0.813  -1.370  -0.501  -0.681  -1.657  -0.617  -0.768  -1.584
68    I         0.480   0.492   0.510   0.844   0.846   0.806   0.495   0.507   0.531
69    R         0.480   0.492   0.510   0.409   0.432   0.476   0.495   0.507   0.531
70    K         0.480   0.492   0.510  -0.139  -0.084   0.058   0.495   0.507   0.531
71    C         0.480   0.492   0.510   1.037   1.024   0.953   0.495   0.507   0.531
72    V         0.480   0.492   0.510   0.338   0.354   0.422   0.495   0.507   0.531
73    R         0.480   0.492   0.510   0.409   0.432   0.476   0.495   0.507   0.531
74    V         0.480   0.492   0.510   0.338   0.354   0.422   0.495   0.507   0.531
75    Q         0.480   0.492   0.510   1.017   1.004   0.938   0.495   0.507   0.531
76    L         0.480   0.492   0.510   0.438   0.466   0.497   0.495   0.507   0.531
77    I        -0.688  -0.813  -1.370  -0.045  -0.190  -1.026  -0.617  -0.768  -1.584
78    K         0.480   0.492   0.510  -0.139  -0.084   0.058   0.495   0.507   0.531
79    N         0.480   0.492   0.510   0.667   0.687   0.672   0.495   0.507   0.531
80    G         0.480   0.492   0.510   0.158   0.184   0.284   0.495   0.507   0.531
81    K         0.480   0.492   0.510  -0.139  -0.084   0.058   0.495   0.507   0.531
82    K        -1.293  -1.311  -1.383  -1.918  -1.908  -1.943  -1.452  -1.463  -1.604
83    V         0.480   0.492   0.510   0.338   0.354   0.422   0.495   0.507   0.531
84    T        -0.688  -0.813  -1.370   0.079  -0.088  -1.123  -0.617  -0.768  -1.584
85    A         0.480   0.492   0.510   0.494   0.486   0.540   0.495   0.507   0.531
86    F         0.480   0.492   0.510   0.796   0.795   0.770   0.495   0.507   0.531
87    V         0.480   0.492   0.510   0.338   0.354   0.422   0.495   0.507   0.531
88    P         0.480   0.492   0.510   0.796   0.795   0.770   0.495   0.507   0.531
89    N        -1.293  -1.425  -1.373  -0.954  -1.139  -1.144  -1.452  -1.636  -1.588
90    D         0.480   0.492   0.510   0.870   0.859   0.827   0.495   0.507   0.531
91    G         0.480   0.492   0.510   0.158   0.184   0.284   0.495   0.507   0.531
92    C         0.480   0.492   0.510   1.037   1.024   0.953   0.495   0.507   0.531
93    L         0.480   0.492   0.510   0.438   0.466   0.497   0.495   0.507   0.531
94    N         0.480   0.492   0.510   0.667   0.687   0.672   0.495   0.507   0.531
95    F         0.480   0.492   0.510   0.796   0.795   0.770   0.495   0.507   0.531
96    V         0.480   0.492   0.510   0.338   0.354   0.422   0.495   0.507   0.531
97    D         0.480   0.492   0.510   0.870   0.859   0.827   0.495   0.507   0.531
98    E         0.480   0.492   0.510   0.742   0.741   0.729   0.495   0.507   0.531
99    N         0.480   0.492   0.510   0.667   0.687   0.672   0.495   0.507   0.531
100   D         0.480   0.492   0.510   0.870   0.859   0.827   0.495   0.507   0.531
101   E         0.480   0.492   0.510   0.742   0.741   0.729   0.495   0.507   0.531
102   V         0.480   0.492   0.510   0.338   0.354   0.422   0.495   0.507   0.531
103   L         0.480   0.492   0.510   0.438   0.466   0.497   0.495   0.507   0.531
104   L         0.480   0.492   0.510   0.438   0.466   0.497   0.495   0.507   0.531
105   A        -1.293  -1.425  -1.373  -1.238  -1.467  -1.451  -1.452  -1.636  -1.588
106   G         0.480   0.492   0.510   0.158   0.184   0.284   0.495   0.507   0.531
107   F         0.480   0.492   0.510   0.796   0.795   0.770   0.495   0.507   0.531
108   G         0.480   0.492   0.510   0.158   0.184   0.284   0.495   0.507   0.531
109   R         0.480   0.492   0.510   0.409   0.432   0.476   0.495   0.507   0.531
110   K        -1.293  -1.091  -1.375  -1.918  -1.584  -1.937  -1.452  -1.144  -1.591
111   G         0.480   0.492   0.510   0.158   0.184   0.284   0.495   0.507   0.531
112   K         0.480   0.492   0.510  -0.139  -0.084   0.058   0.495   0.507   0.531
113   A         0.480   0.492   0.510   0.494   0.486   0.540   0.495   0.507   0.531
114   K         0.480   0.492   0.510  -0.139  -0.084   0.058   0.495   0.507   0.531
115   G         0.480   0.492   0.510   0.158   0.184   0.284   0.495   0.507   0.531
116   D         0.480   0.492   0.510   0.870   0.859   0.827   0.495   0.507   0.531
117   I         0.480   0.492   0.510   0.844   0.846   0.806   0.495   0.507   0.531
118   P         0.480   0.492   0.510   0.796   0.795   0.770   0.495   0.507   0.531
119   G         0.480   0.492   0.510   0.158   0.184   0.284   0.495   0.507   0.531
120   V         0.480   0.492   0.510   0.338   0.354   0.422   0.495   0.507   0.531
121   R         0.480   0.492   0.510   0.409   0.432   0.476   0.495   0.507   0.531
122   F         0.480   0.492   0.510   0.796   0.795   0.770   0.495   0.507   0.531
123   K         0.480   0.492   0.510  -0.139  -0.084   0.058   0.495   0.507   0.531
124   V         0.480   0.492   0.510   0.338   0.354   0.422   0.495   0.507   0.531
125   V         0.480   0.492   0.510   0.338   0.354   0.422   0.495   0.507   0.531
126   K         0.480   0.492   0.510  -0.139  -0.084   0.058   0.495   0.507   0.531
127   V         0.480   0.492   0.510   0.338   0.354   0.422   0.495   0.507   0.531
128   S        -1.293  -1.425  -1.373  -1.175  -1.396  -1.440  -1.452  -1.636  -1.588
129   G         0.480   0.492   0.510   0.158   0.184   0.284   0.495   0.507   0.531
130   V         0.480   0.492   0.510   0.338   0.354   0.422   0.495   0.507   0.531
131   S        -1.651  -1.719  -1.388  -1.927  -2.128  -1.656  -2.008  -2.100  -1.612
132   L         0.480   0.492   0.510   0.438   0.466   0.497   0.495   0.507   0.531
133   L        -1.293  -1.425  -1.373  -1.293  -1.486  -1.485  -1.452  -1.636  -1.588
134   A         0.480   0.492   0.510   0.494   0.486   0.540   0.495   0.507   0.531
135   L         0.480   0.492   0.510   0.438   0.466   0.497   0.495   0.507   0.531
136   W        -1.293  -1.425  -1.373  -0.642  -0.879  -1.015  -1.452  -1.636  -1.588
137   K        -1.293  -1.425  -1.373  -1.733  -1.861  -1.616  -1.452  -1.636  -1.588
138   E         0.480   0.492   0.510   0.742   0.741   0.729   0.495   0.507   0.531
139   K         0.480   0.492   0.510  -0.139  -0.084   0.058   0.495   0.507   0.531
140   K         0.480   0.492   0.510  -0.139  -0.084   0.058   0.495   0.507   0.531
141   E         0.480   0.492   0.510   0.742   0.741   0.729   0.495   0.507   0.531
142   K         0.480   0.492   0.510  -0.139  -0.084   0.058   0.495   0.507   0.531
143   P         0.480   0.492   0.510   0.796   0.795   0.770   0.495   0.507   0.531
144   R         0.480   0.492   0.510   0.409   0.432   0.476   0.495   0.507   0.531
145   S        -1.293  -1.425  -1.373  -1.175  -1.396  -1.440  -1.452  -1.636  -1.588
* gap fraction no less than  0.50; conservation set to M-S
  M: mean;  S: standard deviation

al2co - The parameters are:

Input alignment file - ../mafft-mac/clustal/P0CX30
Output conservation file - output/P0CX30
All 9 methods are used - true 
   1. unweighted entropy measure; 2. Henikoff entropy measure;
   3. independent count entropy measure;
   4. unweighted variance measure; 5. Henikoff variance measure;
   6. independent count variance measure;
   7. unweighted matrix-based sum-of-pairs measure;
   8. Henikoff matrix-based sum-of-pairs measure;
   9. independent count matrix-based sum-of-pairs measure;
Window size - 1
Conservation normalized to zero mean and unity variance
Gap fraction to suppress calculation -  0.50
