1     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
2     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
3     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
4     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
5     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
6     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
7     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
8     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
9     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
10    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
11    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
12    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
13    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
14    M        -2.208  -3.107  -3.102  -0.752  -2.341  -2.463  -2.131  -3.361  -3.377
15    Q        -2.208  -3.107  -3.102  -1.414  -2.788  -2.769  -2.131  -3.361  -3.377
16    I        -2.208  -3.107  -3.102  -1.743  -3.193  -3.199  -2.131  -3.361  -3.377
17    F         0.247   0.263   0.263   1.006   0.924   0.891   0.251   0.270   0.271
18    V         0.247   0.263   0.263   0.737   0.698   0.674   0.251   0.270   0.271
19    K         0.247   0.263   0.263  -0.782  -0.613  -0.545   0.251   0.270   0.271
20    T         0.247   0.263   0.263   0.232   0.266   0.270   0.251   0.270   0.271
21    L         0.247   0.263   0.263  -0.360  -0.254  -0.206   0.251   0.270   0.271
22    T         0.247   0.263   0.263   0.232   0.266   0.270   0.251   0.270   0.271
23    G         0.247   0.263   0.263   0.462   0.468   0.454   0.251   0.270   0.271
24    K         0.247   0.263   0.263  -0.782  -0.613  -0.545   0.251   0.270   0.271
25    T         0.247   0.263   0.263   0.232   0.266   0.270   0.251   0.270   0.271
26    I         0.247   0.263   0.263   0.183   0.233   0.230   0.251   0.270   0.271
27    T         0.247   0.263   0.263   0.232   0.266   0.270   0.251   0.270   0.271
28    L         0.247   0.263   0.263  -0.360  -0.254  -0.206   0.251   0.270   0.271
29    E         0.247   0.263   0.263   0.495   0.515   0.480   0.251   0.270   0.271
30    V         0.247   0.263   0.263   0.737   0.698   0.674   0.251   0.270   0.271
31    E         0.247   0.263   0.263   0.495   0.515   0.480   0.251   0.270   0.271
32    S         0.247   0.263   0.263   0.413   0.436   0.415   0.251   0.270   0.271
33    S         0.247   0.263   0.263   0.413   0.436   0.415   0.251   0.270   0.271
34    D         0.247   0.263   0.263   0.544   0.520   0.520   0.251   0.270   0.271
35    T         0.247   0.263   0.263   0.232   0.266   0.270   0.251   0.270   0.271
36    I         0.247   0.263   0.263   0.183   0.233   0.230   0.251   0.270   0.271
37    D         0.247   0.263   0.263   0.544   0.520   0.520   0.251   0.270   0.271
38    N         0.247   0.263   0.263   0.689   0.666   0.636   0.251   0.270   0.271
39    V         0.247   0.263   0.263   0.737   0.698   0.674   0.251   0.270   0.271
40    K         0.247   0.263   0.263  -0.782  -0.613  -0.545   0.251   0.270   0.271
41    S        -2.208  -3.107  -3.102  -1.511  -3.006  -3.053  -2.131  -3.361  -3.377
42    K         0.247   0.263   0.263  -0.782  -0.613  -0.545   0.251   0.270   0.271
43    I         0.247   0.263   0.263   0.183   0.233   0.230   0.251   0.270   0.271
44    Q         0.247   0.263   0.263   0.430   0.447   0.428   0.251   0.270   0.271
45    D         0.247   0.263   0.263   0.544   0.520   0.520   0.251   0.270   0.271
46    K         0.247   0.263   0.263  -0.782  -0.613  -0.545   0.251   0.270   0.271
47    E         0.247   0.263   0.263   0.495   0.515   0.480   0.251   0.270   0.271
48    G         0.247   0.263   0.263   0.462   0.468   0.454   0.251   0.270   0.271
49    I         0.247   0.263   0.263   0.183   0.233   0.230   0.251   0.270   0.271
50    P         0.247   0.263   0.263   0.576   0.567   0.545   0.251   0.270   0.271
51    P         0.247   0.263   0.263   0.576   0.567   0.545   0.251   0.270   0.271
52    D         0.247   0.263   0.263   0.544   0.520   0.520   0.251   0.270   0.271
53    Q         0.247   0.263   0.263   0.430   0.447   0.428   0.251   0.270   0.271
54    Q         0.247   0.263   0.263   0.430   0.447   0.428   0.251   0.270   0.271
55    R         0.247   0.263   0.263   0.166   0.197   0.216   0.251   0.270   0.271
56    L         0.247   0.263   0.263  -0.360  -0.254  -0.206   0.251   0.270   0.271
57    I         0.247   0.263   0.263   0.183   0.233   0.230   0.251   0.270   0.271
58    F         0.247   0.263   0.263   1.006   0.924   0.891   0.251   0.270   0.271
59    A         0.247   0.263   0.263   0.673   0.655   0.623   0.251   0.270   0.271
60    G         0.247   0.263   0.263   0.462   0.468   0.454   0.251   0.270   0.271
61    K         0.247   0.263   0.263  -0.782  -0.613  -0.545   0.251   0.270   0.271
62    Q         0.247   0.263   0.263   0.430   0.447   0.428   0.251   0.270   0.271
63    L         0.247   0.263   0.263  -0.360  -0.254  -0.206   0.251   0.270   0.271
64    E         0.247   0.263   0.263   0.495   0.515   0.480   0.251   0.270   0.271
65    D         0.247   0.263   0.263   0.544   0.520   0.520   0.251   0.270   0.271
66    G         0.247   0.263   0.263   0.462   0.468   0.454   0.251   0.270   0.271
67    R         0.247   0.263   0.263   0.166   0.197   0.216   0.251   0.270   0.271
68    T         0.247   0.263   0.263   0.232   0.266   0.270   0.251   0.270   0.271
69    L         0.247   0.263   0.263  -0.360  -0.254  -0.206   0.251   0.270   0.271
70    S         0.247   0.263   0.263   0.413   0.436   0.415   0.251   0.270   0.271
71    D         0.247   0.263   0.263   0.544   0.520   0.520   0.251   0.270   0.271
72    Y         0.247   0.263   0.263   0.912   0.862   0.815   0.251   0.270   0.271
73    N         0.247   0.263   0.263   0.689   0.666   0.636   0.251   0.270   0.271
74    I         0.247   0.263   0.263   0.183   0.233   0.230   0.251   0.270   0.271
75    Q         0.247   0.263   0.263   0.430   0.447   0.428   0.251   0.270   0.271
76    K         0.247   0.263   0.263  -0.782  -0.613  -0.545   0.251   0.270   0.271
77    E         0.247   0.263   0.263   0.495   0.515   0.480   0.251   0.270   0.271
78    S         0.247   0.263   0.263   0.413   0.436   0.415   0.251   0.270   0.271
79    T         0.247   0.263   0.263   0.232   0.266   0.270   0.251   0.270   0.271
80    L         0.247   0.263   0.263  -0.360  -0.254  -0.206   0.251   0.270   0.271
81    H         0.247   0.263   0.263   1.022   0.959   0.903   0.251   0.270   0.271
82    L         0.247   0.263   0.263  -0.360  -0.254  -0.206   0.251   0.270   0.271
83    V         0.247   0.263   0.263   0.737   0.698   0.674   0.251   0.270   0.271
84    L         0.247   0.263   0.263  -0.360  -0.254  -0.206   0.251   0.270   0.271
85    R         0.247   0.263   0.263   0.166   0.197   0.216   0.251   0.270   0.271
86    L         0.247   0.263   0.263  -0.360  -0.254  -0.206   0.251   0.270   0.271
87    R         0.247   0.263   0.263   0.166   0.197   0.216   0.251   0.270   0.271
88    G         0.247   0.263   0.263   0.462   0.468   0.454   0.251   0.270   0.271
89    G         0.247   0.263   0.263   0.462   0.468   0.454   0.251   0.270   0.271
90    I         0.247   0.263   0.263   0.183   0.233   0.230   0.251   0.270   0.271
91    I         0.247   0.263   0.263   0.183   0.233   0.230   0.251   0.270   0.271
92    E         0.247   0.263   0.263   0.495   0.515   0.480   0.251   0.270   0.271
93    P         0.247   0.263   0.263   0.576   0.567   0.545   0.251   0.270   0.271
94    S         0.247   0.263   0.263   0.413   0.436   0.415   0.251   0.270   0.271
95    L         0.247   0.263   0.263  -0.360  -0.254  -0.206   0.251   0.270   0.271
96    K         0.247   0.263   0.263  -0.782  -0.613  -0.545   0.251   0.270   0.271
97    A         0.247   0.263   0.263   0.673   0.655   0.623   0.251   0.270   0.271
98    L         0.247   0.263   0.263  -0.360  -0.254  -0.206   0.251   0.270   0.271
99    A         0.247   0.263   0.263   0.673   0.655   0.623   0.251   0.270   0.271
100   S         0.247   0.263   0.263   0.413   0.436   0.415   0.251   0.270   0.271
101   K         0.247   0.263   0.263  -0.782  -0.613  -0.545   0.251   0.270   0.271
102   Y        -2.208  -3.107  -3.102  -0.924  -2.399  -2.442  -2.131  -3.361  -3.377
103   N         0.247   0.263   0.263   0.689   0.666   0.636   0.251   0.270   0.271
104   C         0.247   0.263   0.263   0.689   0.666   0.636   0.251   0.270   0.271
105   D        -3.334  -3.303  -3.102  -2.866  -3.236  -2.940  -3.719  -3.656  -3.378
106   K         0.247   0.263   0.263  -0.782  -0.613  -0.545   0.251   0.270   0.271
107   S        -7.398  -6.484  -6.468  -5.988  -5.178  -5.192  -6.498  -5.350  -5.203
108   V        -3.841  -2.943  -3.100  -3.801  -2.817  -3.013  -4.513  -3.119  -3.375
109   C         0.247   0.263   0.263   0.689   0.666   0.636   0.251   0.270   0.271
110   R         0.247   0.263   0.263   0.166   0.197   0.216   0.251   0.270   0.271
111   K         0.247   0.263   0.263  -0.782  -0.613  -0.545   0.251   0.270   0.271
112   C         0.247   0.263   0.263   0.689   0.666   0.636   0.251   0.270   0.271
113   Y         0.247   0.263   0.263   0.912   0.862   0.815   0.251   0.270   0.271
114   A         0.247   0.263   0.263   0.673   0.655   0.623   0.251   0.270   0.271
115   R         0.247   0.263   0.263   0.166   0.197   0.216   0.251   0.270   0.271
116   L         0.247   0.263   0.263  -0.360  -0.254  -0.206   0.251   0.270   0.271
117   P         0.247   0.263   0.263   0.576   0.567   0.545   0.251   0.270   0.271
118   P         0.247   0.263   0.263   0.576   0.567   0.545   0.251   0.270   0.271
119   R         0.247   0.263   0.263   0.166   0.197   0.216   0.251   0.270   0.271
120   A         0.247   0.263   0.263   0.673   0.655   0.623   0.251   0.270   0.271
121   T         0.247   0.263   0.263   0.232   0.266   0.270   0.251   0.270   0.271
122   N         0.247   0.263   0.263   0.689   0.666   0.636   0.251   0.270   0.271
123   C         0.247   0.263   0.263   0.689   0.666   0.636   0.251   0.270   0.271
124   R         0.247   0.263   0.263   0.166   0.197   0.216   0.251   0.270   0.271
125   K         0.247   0.263   0.263  -0.782  -0.613  -0.545   0.251   0.270   0.271
126   R        -3.841  -2.986  -3.101  -4.764  -3.499  -3.900  -4.513  -3.183  -3.376
127   K         0.247   0.263   0.263  -0.782  -0.613  -0.545   0.251   0.270   0.271
128   C         0.247   0.263   0.263   0.689   0.666   0.636   0.251   0.270   0.271
129   G         0.247   0.263   0.263   0.462   0.468   0.454   0.251   0.270   0.271
130   H         0.247   0.263   0.263   1.022   0.959   0.903   0.251   0.270   0.271
131   T         0.247   0.263   0.263   0.232   0.266   0.270   0.251   0.270   0.271
132   N         0.247   0.263   0.263   0.689   0.666   0.636   0.251   0.270   0.271
133   Q         0.247   0.263   0.263   0.430   0.447   0.428   0.251   0.270   0.271
134   L         0.247   0.263   0.263  -0.360  -0.254  -0.206   0.251   0.270   0.271
135   R         0.247   0.263   0.263   0.166   0.197   0.216   0.251   0.270   0.271
136   P         0.247   0.263   0.263   0.576   0.567   0.545   0.251   0.270   0.271
137   K         0.247   0.263   0.263  -0.782  -0.613  -0.545   0.251   0.270   0.271
138   K         0.247   0.263   0.263  -0.782  -0.613  -0.545   0.251   0.270   0.271
139   K         0.247   0.263   0.263  -0.782  -0.613  -0.545   0.251   0.270   0.271
140   L         0.247   0.263   0.263  -0.360  -0.254  -0.206   0.251   0.270   0.271
141   K         0.247   0.263   0.263  -0.782  -0.613  -0.545   0.251   0.270   0.271
* gap fraction no less than  0.50; conservation set to M-S
  M: mean;  S: standard deviation

al2co - The parameters are:

Input alignment file - ../mafft-mac/clustal/P0CH09
Output conservation file - output/P0CH09
All 9 methods are used - true 
   1. unweighted entropy measure; 2. Henikoff entropy measure;
   3. independent count entropy measure;
   4. unweighted variance measure; 5. Henikoff variance measure;
   6. independent count variance measure;
   7. unweighted matrix-based sum-of-pairs measure;
   8. Henikoff matrix-based sum-of-pairs measure;
   9. independent count matrix-based sum-of-pairs measure;
Window size - 1
Conservation normalized to zero mean and unity variance
Gap fraction to suppress calculation -  0.50
