1     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
2     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
3     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
4     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
5     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
6     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
7     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
8     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
9     -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
10    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
11    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
12    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
13    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
14    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
15    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
16    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
17    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
18    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
19    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
20    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
21    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
22    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
23    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
24    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
25    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
26    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
27    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
28    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
29    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
30    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
31    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
32    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
33    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
34    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
35    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
36    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
37    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
38    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
39    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
40    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
41    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
42    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
43    M         0.514   0.517   0.539   0.898   0.899   0.875   0.529   0.532   0.562
44    Q         0.514   0.517   0.539   0.690   0.689   0.702   0.529   0.532   0.562
45    I         0.514   0.517   0.539   0.610   0.612   0.634   0.529   0.532   0.562
46    F         0.514   0.517   0.539   0.844   0.842   0.830   0.529   0.532   0.562
47    V         0.514   0.517   0.539   0.584   0.588   0.613   0.529   0.532   0.562
48    K         0.514   0.517   0.539  -0.104  -0.096   0.038   0.529   0.532   0.562
49    T         0.514   0.517   0.539   0.461   0.466   0.510   0.529   0.532   0.562
50    L         0.514   0.517   0.539   0.351   0.361   0.418   0.529   0.532   0.562
51    T         0.514   0.517   0.539   0.461   0.466   0.510   0.529   0.532   0.562
52    G         0.514   0.517   0.539   0.497   0.498   0.540   0.529   0.532   0.562
53    K         0.514   0.517   0.539  -0.104  -0.096   0.038   0.529   0.532   0.562
54    T         0.514   0.517   0.539   0.461   0.466   0.510   0.529   0.532   0.562
55    I         0.514   0.517   0.539   0.610   0.612   0.634   0.529   0.532   0.562
56    T         0.514   0.517   0.539   0.461   0.466   0.510   0.529   0.532   0.562
57    L         0.514   0.517   0.539   0.351   0.361   0.418   0.529   0.532   0.562
58    E         0.514   0.517   0.539   0.640   0.645   0.660   0.529   0.532   0.562
59    V         0.514   0.517   0.539   0.584   0.588   0.613   0.529   0.532   0.562
60    E         0.514   0.517   0.539   0.640   0.645   0.660   0.529   0.532   0.562
61    S         0.514   0.517   0.539   0.685   0.688   0.697   0.529   0.532   0.562
62    S         0.514   0.517   0.539   0.685   0.688   0.697   0.529   0.532   0.562
63    D         0.514   0.517   0.539   0.584   0.586   0.613   0.529   0.532   0.562
64    T         0.514   0.517   0.539   0.461   0.466   0.510   0.529   0.532   0.562
65    I         0.514   0.517   0.539   0.610   0.612   0.634   0.529   0.532   0.562
66    D         0.514   0.517   0.539   0.584   0.586   0.613   0.529   0.532   0.562
67    N         0.514   0.517   0.539   0.800   0.804   0.793   0.529   0.532   0.562
68    V         0.514   0.517   0.539   0.584   0.588   0.613   0.529   0.532   0.562
69    K         0.514   0.517   0.539  -0.104  -0.096   0.038   0.529   0.532   0.562
70    S        -0.391  -0.488  -1.007  -0.024  -0.137  -0.931  -0.359  -0.490  -1.290
71    K         0.514   0.517   0.539  -0.104  -0.096   0.038   0.529   0.532   0.562
72    I         0.514   0.517   0.539   0.610   0.612   0.634   0.529   0.532   0.562
73    Q         0.514   0.517   0.539   0.690   0.689   0.702   0.529   0.532   0.562
74    D         0.514   0.517   0.539   0.584   0.586   0.613   0.529   0.532   0.562
75    K         0.514   0.517   0.539  -0.104  -0.096   0.038   0.529   0.532   0.562
76    E         0.514   0.517   0.539   0.640   0.645   0.660   0.529   0.532   0.562
77    G         0.514   0.517   0.539   0.497   0.498   0.540   0.529   0.532   0.562
78    I         0.514   0.517   0.539   0.610   0.612   0.634   0.529   0.532   0.562
79    P         0.514   0.517   0.539   0.810   0.810   0.801   0.529   0.532   0.562
80    P         0.514   0.517   0.539   0.810   0.810   0.801   0.529   0.532   0.562
81    D         0.514   0.517   0.539   0.584   0.586   0.613   0.529   0.532   0.562
82    Q         0.514   0.517   0.539   0.690   0.689   0.702   0.529   0.532   0.562
83    Q         0.514   0.517   0.539   0.690   0.689   0.702   0.529   0.532   0.562
84    R         0.514   0.517   0.539   0.564   0.569   0.596   0.529   0.532   0.562
85    L         0.514   0.517   0.539   0.351   0.361   0.418   0.529   0.532   0.562
86    I         0.514   0.517   0.539   0.610   0.612   0.634   0.529   0.532   0.562
87    F         0.514   0.517   0.539   0.844   0.842   0.830   0.529   0.532   0.562
88    A         0.514   0.517   0.539   0.770   0.773   0.768   0.529   0.532   0.562
89    G         0.514   0.517   0.539   0.497   0.498   0.540   0.529   0.532   0.562
90    K         0.514   0.517   0.539  -0.104  -0.096   0.038   0.529   0.532   0.562
91    Q         0.514   0.517   0.539   0.690   0.689   0.702   0.529   0.532   0.562
92    L         0.514   0.517   0.539   0.351   0.361   0.418   0.529   0.532   0.562
93    E         0.514   0.517   0.539   0.640   0.645   0.660   0.529   0.532   0.562
94    D         0.514   0.517   0.539   0.584   0.586   0.613   0.529   0.532   0.562
95    G         0.514   0.517   0.539   0.497   0.498   0.540   0.529   0.532   0.562
96    R         0.514   0.517   0.539   0.564   0.569   0.596   0.529   0.532   0.562
97    T         0.514   0.517   0.539   0.461   0.466   0.510   0.529   0.532   0.562
98    L         0.514   0.517   0.539   0.351   0.361   0.418   0.529   0.532   0.562
99    S         0.514   0.517   0.539   0.685   0.688   0.697   0.529   0.532   0.562
100   D         0.514   0.517   0.539   0.584   0.586   0.613   0.529   0.532   0.562
101   Y         0.514   0.517   0.539   0.760   0.762   0.760   0.529   0.532   0.562
102   N         0.514   0.517   0.539   0.800   0.804   0.793   0.529   0.532   0.562
103   I         0.514   0.517   0.539   0.610   0.612   0.634   0.529   0.532   0.562
104   Q         0.514   0.517   0.539   0.690   0.689   0.702   0.529   0.532   0.562
105   K         0.514   0.517   0.539  -0.104  -0.096   0.038   0.529   0.532   0.562
106   E         0.514   0.517   0.539   0.640   0.645   0.660   0.529   0.532   0.562
107   S         0.514   0.517   0.539   0.685   0.688   0.697   0.529   0.532   0.562
108   T         0.514   0.517   0.539   0.461   0.466   0.510   0.529   0.532   0.562
109   L         0.514   0.517   0.539   0.351   0.361   0.418   0.529   0.532   0.562
110   H         0.514   0.517   0.539   0.790   0.794   0.785   0.529   0.532   0.562
111   L         0.514   0.517   0.539   0.351   0.361   0.418   0.529   0.532   0.562
112   V         0.514   0.517   0.539   0.584   0.588   0.613   0.529   0.532   0.562
113   L         0.514   0.517   0.539   0.351   0.361   0.418   0.529   0.532   0.562
114   R         0.514   0.517   0.539   0.564   0.569   0.596   0.529   0.532   0.562
115   L         0.514   0.517   0.539   0.351   0.361   0.418   0.529   0.532   0.562
116   R         0.514   0.517   0.539   0.564   0.569   0.596   0.529   0.532   0.562
117   G         0.514   0.517   0.539   0.497   0.498   0.540   0.529   0.532   0.562
118   G         0.514   0.517   0.539   0.497   0.498   0.540   0.529   0.532   0.562
119   G         0.514   0.517   0.539   0.497   0.498   0.540   0.529   0.532   0.562
120   K         0.514   0.517   0.539  -0.104  -0.096   0.038   0.529   0.532   0.562
121   K         0.514   0.517   0.539  -0.104  -0.096   0.038   0.529   0.532   0.562
122   R         0.514   0.517   0.539   0.564   0.569   0.596   0.529   0.532   0.562
123   K         0.514   0.517   0.539  -0.104  -0.096   0.038   0.529   0.532   0.562
124   K         0.514   0.517   0.539  -0.104  -0.096   0.038   0.529   0.532   0.562
125   K         0.514   0.517   0.539  -0.104  -0.096   0.038   0.529   0.532   0.562
126   V        -0.860  -0.762  -1.008  -0.779  -0.639  -1.119  -1.025  -0.881  -1.292
127   Y         0.514   0.517   0.539   0.760   0.762   0.760   0.529   0.532   0.562
128   T         0.514   0.517   0.539   0.461   0.466   0.510   0.529   0.532   0.562
129   T         0.514   0.517   0.539   0.461   0.466   0.510   0.529   0.532   0.562
130   P         0.514   0.517   0.539   0.810   0.810   0.801   0.529   0.532   0.562
131   K         0.514   0.517   0.539  -0.104  -0.096   0.038   0.529   0.532   0.562
132   K         0.514   0.517   0.539  -0.104  -0.096   0.038   0.529   0.532   0.562
133   I         0.514   0.517   0.539   0.610   0.612   0.634   0.529   0.532   0.562
134   K        -0.860  -0.930  -1.025  -1.431  -1.533  -1.548  -1.025  -1.138  -1.319
135   H         0.514   0.517   0.539   0.790   0.794   0.785   0.529   0.532   0.562
136   K         0.514   0.517   0.539  -0.104  -0.096   0.038   0.529   0.532   0.562
137   H        -0.860  -0.918  -1.020  -0.551  -0.646  -0.951  -1.025  -1.119  -1.311
138   K        -0.860  -0.770  -1.016  -1.431  -1.305  -1.547  -1.025  -0.892  -1.304
139   K         0.514   0.517   0.539  -0.104  -0.096   0.038   0.529   0.532   0.562
140   V        -2.468  -2.475  -2.590  -2.000  -2.012  -2.208  -2.245  -2.238  -2.265
141   K        -0.860  -0.762  -1.008  -1.407  -1.274  -1.498  -1.025  -0.881  -1.292
142   L         0.514   0.517   0.539   0.351   0.361   0.418   0.529   0.532   0.562
143   A         0.514   0.517   0.539   0.770   0.773   0.768   0.529   0.532   0.562
144   V         0.514   0.517   0.539   0.584   0.588   0.613   0.529   0.532   0.562
145   L         0.514   0.517   0.539   0.351   0.361   0.418   0.529   0.532   0.562
146   S        -3.039  -2.995  -2.598  -3.292  -3.214  -2.575  -2.800  -2.759  -2.273
147   Y        -0.391  -0.393  -1.001   0.009   0.003  -1.032  -0.359  -0.364  -1.279
148   Y         0.514   0.517   0.539   0.760   0.762   0.760   0.529   0.532   0.562
149   K         0.514   0.517   0.539  -0.104  -0.096   0.038   0.529   0.532   0.562
150   V         0.514   0.517   0.539   0.584   0.588   0.613   0.529   0.532   0.562
151   D        -0.860  -0.762  -1.008  -0.729  -0.597  -1.027  -1.025  -0.881  -1.292
152   A        -3.190  -3.137  -3.099  -2.582  -2.533  -2.514  -2.689  -2.635  -2.459
153   E        -1.269  -1.253  -1.031  -1.396  -1.380  -1.063  -1.690  -1.671  -1.329
154   G         0.514   0.517   0.539   0.497   0.498   0.540   0.529   0.532   0.562
155   K        -2.468  -2.326  -2.584  -2.697  -2.535  -2.619  -2.245  -2.091  -2.260
156   V        -0.391  -0.488  -1.007  -0.135  -0.249  -1.040  -0.359  -0.490  -1.290
157   T        -2.790  -2.798  -2.594  -2.806  -2.757  -2.579  -2.578  -2.567  -2.269
158   K        -1.138  -1.158  -1.028  -1.519  -1.590  -1.501  -1.468  -1.509  -1.324
159   L         0.514   0.517   0.539   0.351   0.361   0.418   0.529   0.532   0.562
160   R         0.514   0.517   0.539   0.564   0.569   0.596   0.529   0.532   0.562
161   R        -0.860  -0.962  -1.024  -0.950  -1.152  -1.481  -1.025  -1.188  -1.317
162   E         0.514   0.517   0.539   0.640   0.645   0.660   0.529   0.532   0.562
163   C         0.514   0.517   0.539   0.815   0.816   0.805   0.529   0.532   0.562
164   S        -2.111  -2.103  -1.944  -1.800  -1.798  -1.666  -2.217  -2.206  -1.954
165   N        -2.111  -2.029  -1.944  -1.770  -1.676  -1.616  -2.217  -2.133  -1.954
166   P        -1.688  -1.702  -1.935  -1.195  -1.245  -1.685  -1.690  -1.727  -1.943
167   T        -1.917  -1.914  -1.938  -1.791  -1.792  -1.771  -2.023  -2.023  -1.947
168   C         0.514   0.517   0.539   0.815   0.816   0.805   0.529   0.532   0.562
169   G         0.514   0.517   0.539   0.497   0.498   0.540   0.529   0.532   0.562
170   A        -0.391  -0.547  -1.006   0.075  -0.105  -0.812  -0.359  -0.571  -1.289
171   G        -0.860  -0.762  -1.008  -0.801  -0.673  -1.062  -1.025  -0.881  -1.292
172   V        -2.239  -2.172  -1.941  -2.275  -2.185  -1.905  -2.356  -2.284  -1.951
173   F         0.514   0.517   0.539   0.844   0.842   0.830   0.529   0.532   0.562
174   L        -1.138  -1.158  -1.028  -1.007  -1.067  -1.020  -1.468  -1.509  -1.324
175   A         0.514   0.517   0.539   0.770   0.773   0.768   0.529   0.532   0.562
176   N        -1.917  -1.977  -1.937  -1.598  -1.674  -1.660  -2.023  -2.080  -1.946
177   H        -1.269  -1.250  -1.030  -1.073  -1.053  -0.788  -1.690  -1.667  -1.328
178   K        -1.260  -1.494  -1.932  -1.546  -1.833  -2.253  -1.136  -1.422  -1.939
179   D        -0.391  -0.411  -1.004  -0.153  -0.180  -1.109  -0.359  -0.387  -1.284
180   R         0.514   0.517   0.539   0.564   0.569   0.596   0.529   0.532   0.562
181   L        -1.990  -2.069  -1.942  -1.995  -2.055  -1.809  -2.134  -2.195  -1.951
182   Y         0.514   0.517   0.539   0.760   0.762   0.760   0.529   0.532   0.562
183   C         0.514   0.517   0.539   0.815   0.816   0.805   0.529   0.532   0.562
184   G         0.514   0.517   0.539   0.497   0.498   0.540   0.529   0.532   0.562
185   K        -1.269  -1.249  -1.030  -2.003  -1.976  -1.540  -1.690  -1.665  -1.327
186   C         0.514   0.517   0.539   0.815   0.816   0.805   0.529   0.532   0.562
187   H         0.514   0.517   0.539   0.790   0.794   0.785   0.529   0.532   0.562
188   S        -1.917  -1.896  -1.941  -1.989  -1.971  -1.995  -2.023  -2.014  -1.950
189   V        -0.860  -0.809  -1.013  -0.865  -0.795  -1.148  -1.025  -0.951  -1.300
190   Y        -2.239  -2.259  -1.949  -2.214  -2.226  -1.771  -2.356  -2.380  -1.959
191   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
192   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
193   -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
194   K        -0.391  -0.547  -1.006  -0.804  -0.975  -1.421  -0.359  -0.571  -1.289
195   V        -3.533  -3.495  -3.104  -3.269  -3.221  -2.710  -2.982  -2.945  -2.462
196   N        -2.943  -2.940  -2.601  -2.544  -2.570  -2.153  -2.707  -2.710  -2.275
197   A        -2.639  -2.755  -2.592  -2.224  -2.408  -2.368  -2.467  -2.550  -2.267
* gap fraction no less than  0.50; conservation set to M-S
  M: mean;  S: standard deviation

al2co - The parameters are:

Input alignment file - ../mafft-mac/clustal/P05759
Output conservation file - output/P05759
All 9 methods are used - true 
   1. unweighted entropy measure; 2. Henikoff entropy measure;
   3. independent count entropy measure;
   4. unweighted variance measure; 5. Henikoff variance measure;
   6. independent count variance measure;
   7. unweighted matrix-based sum-of-pairs measure;
   8. Henikoff matrix-based sum-of-pairs measure;
   9. independent count matrix-based sum-of-pairs measure;
Window size - 1
Conservation normalized to zero mean and unity variance
Gap fraction to suppress calculation -  0.50
