1     M         1.065   1.071   1.079   1.612   1.617   1.625   1.104   1.109   1.119
2     S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
3     T        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
4     D        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
5     V        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
6     A        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
7     A        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
8     A        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
9     Q        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
10    A        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
11    Q        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
12    S        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
13    K        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
14    I        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
15    D        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
16    L        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
17    T        -0.502  -0.496  -0.471  -0.995  -0.979  -0.932  -0.688  -0.675  -0.634
18    K        -0.502  -0.496  -0.471  -0.859  -0.843  -0.798  -0.688  -0.675  -0.634
19    K         1.065   1.071   1.079   1.242   1.248   1.262   1.104   1.109   1.119
20    K        -1.419  -1.403  -1.378  -1.251  -1.212  -1.182  -1.285  -1.260  -1.219
21    N        -0.374  -0.361  -0.428  -0.152  -0.116  -0.238  -0.489  -0.467  -0.567
22    E        -0.374  -0.422  -0.441  -0.873  -0.930  -0.941  -0.489  -0.560  -0.587
23    E         1.065   1.071   1.079   0.649   0.664   0.681   1.104   1.109   1.119
24    I        -0.502  -0.496  -0.471  -0.217  -0.204  -0.169  -0.688  -0.675  -0.634
25    N        -0.502  -0.496  -0.471  -0.298  -0.285  -0.248  -0.688  -0.675  -0.634
26    K        -0.374  -0.361  -0.428  -0.165  -0.143  -0.230  -0.489  -0.467  -0.567
27    K        -1.419  -1.403  -1.378  -1.091  -1.065  -1.025  -1.285  -1.260  -1.219
28    S        -0.374  -0.361  -0.428  -0.179  -0.165  -0.289  -0.489  -0.467  -0.567
29    L         1.065   1.071   1.079   1.379   1.377   1.396   1.104   1.109   1.119
30    E         1.065   1.071   1.079   0.649   0.664   0.681   1.104   1.109   1.119
31    E        -0.374  -0.422  -0.441  -1.179  -1.286  -1.337  -0.489  -0.560  -0.587
32    D         1.065   1.071   1.079   0.649   0.649   0.681   1.104   1.109   1.119
33    D         1.065   1.071   1.079   0.649   0.649   0.681   1.104   1.109   1.119
34    E         1.065   1.071   1.079   0.649   0.664   0.681   1.104   1.109   1.119
35    F         1.065   1.071   1.079   1.438   1.443   1.454   1.104   1.109   1.119
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37    D         1.065   1.071   1.079   0.649   0.649   0.681   1.104   1.109   1.119
38    F         1.065   1.071   1.079   1.438   1.443   1.454   1.104   1.109   1.119
39    P         1.065   1.071   1.079   1.526   1.521   1.540   1.104   1.109   1.119
40    I        -1.419  -1.403  -1.378  -0.972  -0.938  -0.909  -1.285  -1.260  -1.219
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42    T        -0.374  -0.422  -0.441  -0.233  -0.307  -0.342  -0.489  -0.560  -0.587
43    W         1.065   1.071   1.079   1.438   1.443   1.454   1.104   1.109   1.119
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45    N        -1.419  -1.403  -1.378  -1.597  -1.563  -1.521  -1.285  -1.260  -1.219
46    G        -0.502  -0.496  -0.471  -0.453  -0.439  -0.400  -0.688  -0.675  -0.634
47    E        -1.419  -1.403  -1.378  -1.945  -1.833  -1.862  -1.285  -1.260  -1.219
48    T        -0.374  -0.422  -0.441  -0.165  -0.226  -0.255  -0.489  -0.560  -0.587
49    I        -0.374  -0.306  -0.418  -0.006   0.108  -0.078  -0.489  -0.384  -0.552
50    K        -1.419  -1.403  -1.378  -1.179  -1.147  -1.111  -1.285  -1.260  -1.219
51    S        -0.374  -0.422  -0.441  -0.058  -0.145  -0.161  -0.489  -0.560  -0.587
52    N        -1.419  -1.403  -1.378  -1.680  -1.684  -1.602  -1.285  -1.260  -1.219
53    A        -1.419  -1.403  -1.378  -1.091  -1.077  -1.025  -1.285  -1.260  -1.219
54    V        -1.419  -1.403  -1.378  -1.126  -1.094  -1.059  -1.285  -1.260  -1.219
55    T        -0.374  -0.422  -0.441  -0.303  -0.375  -0.431  -0.489  -0.560  -0.587
56    Q        -1.419  -1.403  -1.378  -1.496  -1.524  -1.423  -1.285  -1.260  -1.219
57    T        -1.419  -1.403  -1.378  -1.057  -1.023  -0.992  -1.285  -1.260  -1.219
58    N        -0.374  -0.361  -0.428  -0.233  -0.191  -0.339  -0.489  -0.467  -0.567
59    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
60    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
61    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
62    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
63    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
64    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
65    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
66    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
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68    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
69    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
70    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
71    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
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73    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
74    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
75    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
76    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
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78    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
79    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
80    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
81    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
82    -        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
83    I        -0.374  -0.422  -0.441   0.007  -0.075  -0.128  -0.489  -0.560  -0.587
84    W         1.065   1.071   1.079   1.438   1.443   1.454   1.104   1.109   1.119
85    E        -0.374  -0.422  -0.441  -0.762  -0.801  -0.798  -0.489  -0.560  -0.587
86    E         1.065   1.071   1.079   0.649   0.664   0.681   1.104   1.109   1.119
87    N        -0.374  -0.422  -0.441  -0.503  -0.622  -0.715  -0.489  -0.560  -0.587
88    W         1.065   1.071   1.079   1.438   1.443   1.454   1.104   1.109   1.119
89    D         1.065   1.071   1.079   0.649   0.649   0.681   1.104   1.109   1.119
90    D         1.065   1.071   1.079   0.649   0.649   0.681   1.104   1.109   1.119
91    V        -0.374  -0.422  -0.441  -0.006  -0.072  -0.114  -0.489  -0.560  -0.587
92    E         1.065   1.071   1.079   0.649   0.664   0.681   1.104   1.109   1.119
93    V        -0.374  -0.361  -0.428  -0.045  -0.017  -0.142  -0.489  -0.467  -0.567
94    D        -0.374  -0.422  -0.441  -1.179  -1.293  -1.337  -0.489  -0.560  -0.587
95    D         1.065   1.071   1.079   0.649   0.649   0.681   1.104   1.109   1.119
96    D         1.065   1.071   1.079   0.649   0.649   0.681   1.104   1.109   1.119
97    F         1.065   1.071   1.079   1.438   1.443   1.454   1.104   1.109   1.119
98    T         1.065   1.071   1.079   1.259   1.279   1.278   1.104   1.109   1.119
99    N        -1.419  -1.403  -1.378  -1.161  -1.130  -1.094  -1.285  -1.260  -1.219
100   E         1.065   1.071   1.079   0.649   0.664   0.681   1.104   1.109   1.119
101   L         1.065   1.071   1.079   1.379   1.377   1.396   1.104   1.109   1.119
102   K        -0.374  -0.361  -0.428  -0.165  -0.143  -0.230  -0.489  -0.467  -0.567
103   A        -0.374  -0.422  -0.441  -0.138  -0.227  -0.284  -0.489  -0.560  -0.587
104   E         1.065   1.071   1.079   0.649   0.664   0.681   1.104   1.109   1.119
105   L         1.065   1.071   1.079   1.379   1.377   1.396   1.104   1.109   1.119
106   D        -1.419  -1.403  -1.378  -1.945  -1.915  -1.862  -1.285  -1.260  -1.219
107   R        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
108   Y        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
109   K        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
110   R        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
111   E        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
112   N        -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000  -1.000     *
113   Q        -1.419  -1.403  -1.378  -1.161  -1.133  -1.094  -1.285  -1.260  -1.219
* gap fraction no less than  0.50; conservation set to M-S
  M: mean;  S: standard deviation

al2co - The parameters are:

Input alignment file - ../mafft-mac/clustal/O94742
Output conservation file - output/O94742
All 9 methods are used - true 
   1. unweighted entropy measure; 2. Henikoff entropy measure;
   3. independent count entropy measure;
   4. unweighted variance measure; 5. Henikoff variance measure;
   6. independent count variance measure;
   7. unweighted matrix-based sum-of-pairs measure;
   8. Henikoff matrix-based sum-of-pairs measure;
   9. independent count matrix-based sum-of-pairs measure;
Window size - 1
Conservation normalized to zero mean and unity variance
Gap fraction to suppress calculation -  0.50
